สืบค้นงานวิจัย
Population parameters underlying an ongoing soft sweep in southeast asian malaria parasites
Anderson T.J.C. - ไม่ระบุหน่วยงาน
ชื่อเรื่อง (EN): Population parameters underlying an ongoing soft sweep in southeast asian malaria parasites
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Anderson T.J.C.
บทคัดย่อ (EN): Multiple kelch13 alleles conferring artemisinin resistance (ART-R) are currently spreading through Southeast Asian malaria parasite populations, providing a unique opportunity to observe an ongoing soft selective sweep, investigate why resistance alleles have evolved multiple times and determine fundamental population genetic parameters for Plasmodium. We sequenced kelch13 (n= 1,876), genotyped 75 flanking SNPs, and measured clearance rate (n= 3,552) in parasite infections from Western Thailand (2001-2014). We describe 32 independent coding mutations including common mutations outside the kelch13 propeller associated with significant reductions in clearance rate. Mutations were first observed in 2003 and rose to 90% by 2014, consistent with a selection coefficient of ∼0.079. ART-R allele diversity rose until 2012 and then dropped as one allele (C580Y) spread to high frequency. The frequency with which adaptive alleles arise is determined by the rate of mutation and the population size. Two factors drive this soft sweep: (1) multiple kelch13 amino-acid mutations confer resistance providing a large mutational target-we estimate the target is 87-163bp. (2) The population mutation parameter (H = 2Nel) can be estimated from the frequency distribution of ART-R alleles and is ∼5.69, suggesting that short term effective population size is 88 thousand to 1.2 million. This is 52-705 times greater than Ne estimated from fluctuation in allele frequencies, suggesting that we have previously underestimated the capacity for adaptive evolution in Plasmodium. Our central conclusions are that retrospective studies may underestimate the complexity of selective events and the Ne relevant for adaptation for malaria is considerably higher than previously estimated. © 2016 The Author.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): en
เอกสารแนบ (EN): https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-85014952620&doi=10.1093%2fmolbev%2fmsw228&partnerID=40&md5=9d2ebaf6da40f184c5171278ddd0f0eb
เผยแพร่โดย (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): Thailand
เจ้าของลิขสิทธิ์ (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Anderson T.J.C.. "Population parameters underlying an ongoing soft sweep in southeast asian malaria parasites". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.

Anderson T.J.C.. "Population parameters underlying an ongoing soft sweep in southeast asian malaria parasites". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.. Print.



TARR Wordcloud:
Population parameters underlying an ongoing soft sweep in southeast asian malaria parasites
Anderson T.J.C.
มหาวิทยาลัยมหิดล
ไม่ระบุวันที่เผยแพร่
Population structure shapes copy number variation in malaria parasites Hitting a moving target: A model for malaria elimination in the presence of population movement Parasites and asthma Effects of malaria parasite density on blood cell parameters Origin of robustness in generating drug-resistant malaria parasites High-Resolution Single-Cell Sequencing of Malaria Parasites Genetic analysis of Thai cattle reveals a Southeast Asian indicine ancestry Longitudinal genomic surveillance of Plasmodium falciparum malaria parasites reveals complex genomic architecture of emerging artemisinin resistance Variable number of tandem repeats of 9 Plasmodium vivax genes among Southeast Asian isolates Modulation of malaria phenotypes by pyruvate kinase (pklr) variants in a Thai population
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair