สืบค้นงานวิจัย
การปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง แคลเซียม สไปรูแลน ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีนชนิด D ของ HSV-1 โดยใช้ genetic algorithm
ชุติมา สนธิรอต - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง แคลเซียม สไปรูแลน ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีนชนิด D ของ HSV-1 โดยใช้ genetic algorithm
ชื่อเรื่อง (EN): Structural optimization of Calcium-spirulan (Ca-SP) target on glycoprotein-D (gD) of HSV-1 by genetic algorithm
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ชุติมา สนธิรอต
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Chutima Sonthirod
บทคัดย่อ: เนื่องจากการติดเชื้อ Herpes simplex virus 1 (HSV-1)แพร่ระบาดไปทั่วโลก มีรายงานว่าประชากรทั่ว โลกติดเชื้อไวรัสนี้ 45% ถึง 98% ทำให้การค้นคว้าตัวยับยั้งใหม่ๆที่มาจากสารธรรมชาติเป็นสิ่งจำเป็น ในบรรดาสารยับยั้งที่มาจากธรรมชาติ sulfated polysaccharides ซึ่งเป็นตัวเลียนแบบของสาย heparan sulfate (HS) มีความสามารถในการยับยั้งไวรัสในกระบวนการเกาะติดเซลล์ ดังนั้นในงานวิจัยนี้ Ca- spirulan (Ca-SP) หนึ่งในสารนี้ที่สกัดจาก Spirulina platennsis ได้ถูกนำมาใช้ และในงานนี้มี เป้าหมายในการปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง Ca-SP ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีน ชนิด D ของ HSV-1 โปรแกรม Hyperchem และ Discovery Studio (DS) visualizer ถูกใช้เพื่อสร้าง โครงสร้างสามมิติ (3D) โปรแกรม Autodock Vina ถูกใช้หาตำแหน่งการจับของมันบน ไกลโค โปรตีนชนิด D (gD) จากการทดลองพบว่า SP จับกับ amino acid ที่มีฤทธิ์เป็นเบส โดยเฉพาะ arginine (Arg) และ lysine (Lys) ด้วยค่าพลังงานการจับเท่ากับ -6.5 kcal/mol ในตำแหน่ง S1 หลังจากการรัน 120 โครโมโซม ใน 20 รุ่น พบว่า Genetic algorithm (GA) สามารถรายงาน โครงสร้าง SP ที่มีรูปแบบซัลเฟตแบบใหม่(-7.1kcal/mol) และมีค่าพลังงานการจับแข็งแรงกว่าเมื่อ เทียบกับตัวที่ไม่ได้มีการปรับปรุง (-6.0 kcal/mol) เมื่อมีการศึกษาเชิงลึกของการจับกันระหว่าง SP แล gD พบว่า amino acid ที่มีความสำคัญในการจับคือ Arg 130,Lys 122 และ Arg 229 และเมื่อทำ การเติม แคลเซียม ในโครงสร้าง Ca-SP พบว่า แคลเซียม มีผลกระทบต่อการจับกันระหว่าง Ca-SP และ gD น้อย จากผลการทดลองแสดงให้เห็นถึงทางเลือกใหม่ในการยับยั้งเชื้อ HSV-1 โดยใช้ sulfate polysaccharides ที่มีรูปแบบเฉพาะ
บทคัดย่อ (EN): Herpes simplex virus 1 (HSV-1) infection is commonly pandemic, with 45% to 98% of the world population. The novel antivirals derived from natural sources to inhibit HSV- 1 were discovered. Among these antiviral substances, naturally occurring sulfated polysaccharides, which are mimetic for heparan sulfate (HS) chains, can inhibit viruses by interfering with the virus attachment to cells. Therefore, Ca-spirulan (Ca-SP) isolated from Spirulina platennsis was selected. This work attempted to optimize structure of Ca-SP base on sulfate pattern as anti-HSV-1 focusing to its envelope glycoprotein-D (gD), their structures were prepared by Hyperchem and Discovery Studio Visualizer program. From binding site identification using molecular docking by Autodock Vina program, we found that SP bound with a group of basic amino acid by hydrogen bonding in gD, especially arginine (Arg) and lysine (Lys). The result showed with -6.5 kcal/mol of binding free energy in S1 position. By evolving 120 chromosomes in 20 generations, the Genetic Algorithm (GA) reported new sulfate pattern of SP that posses stronger binding affinity (-7.1 kcal/mol) when compare with non-optimized SP (-6.0 kcal/mol). In part of studying interaction between the good binding affinity and gD we found that the essential amino acid were Arg 130, Lys122 and Arg 229. When calcium was added into Ca-SP, the results showed that calcium atoms have mild effect in mode of binding between Ca-SP and gD, suggesting the possible way to inhibit HSV-1 by blocking viral entry with a specific sulfate pattern of sulfate polysaccharides.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=54&RecId=12745&obj_id=36473
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ (EN): Genetic algorithm
เจ้าของลิขสิทธิ์: โครงการพัฒนาเครือข่ายระบบห้องสมุดในประเทศไทย
รายละเอียด: เนื่องจากการติดเชื้อ Herpes simplex virus 1 (HSV-1)แพร่ระบาดไปทั่วโลก มีรายงานว่าประชากรทั่ว โลกติดเชื้อไวรัสนี้ 45% ถึง 98% ทำให้การค้นคว้าตัวยับยั้งใหม่ๆที่มาจากสารธรรมชาติเป็นสิ่งจำเป็น ในบรรดาสารยับยั้งที่มาจากธรรมชาติ sulfated polysaccharides ซึ่งเป็นตัวเลียนแบบของสาย heparan sulfate (HS) มีความสามารถในการยับยั้งไวรัสในกระบวนการเกาะติดเซลล์ ดังนั้นในงานวิจัยนี้ Ca- spirulan (Ca-SP) หนึ่งในสารนี้ที่สกัดจาก Spirulina platennsis ได้ถูกนำมาใช้ และในงานนี้มี เป้าหมายในการปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง Ca-SP ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีน ชนิด D ของ HSV-1 โปรแกรม Hyperchem และ Discovery Studio (DS) visualizer ถูกใช้เพื่อสร้าง โครงสร้างสามมิติ (3D) โปรแกรม Autodock Vina ถูกใช้หาตำแหน่งการจับของมันบน ไกลโค โปรตีนชนิด D (gD) จากการทดลองพบว่า SP จับกับ amino acid ที่มีฤทธิ์เป็นเบส โดยเฉพาะ arginine (Arg) และ lysine (Lys) ด้วยค่าพลังงานการจับเท่ากับ -6.5 kcal/mol ในตำแหน่ง S1 หลังจากการรัน 120 โครโมโซม ใน 20 รุ่น พบว่า Genetic algorithm (GA) สามารถรายงาน โครงสร้าง SP ที่มีรูปแบบซัลเฟตแบบใหม่(-7.1kcal/mol) และมีค่าพลังงานการจับแข็งแรงกว่าเมื่อ เทียบกับตัวที่ไม่ได้มีการปรับปรุง (-6.0 kcal/mol) เมื่อมีการศึกษาเชิงลึกของการจับกันระหว่าง SP แล gD พบว่า amino acid ที่มีความสำคัญในการจับคือ Arg 130,Lys 122 และ Arg 229 และเมื่อทำ การเติม แคลเซียม ในโครงสร้าง Ca-SP พบว่า แคลเซียม มีผลกระทบต่อการจับกันระหว่าง Ca-SP และ gD น้อย จากผลการทดลองแสดงให้เห็นถึงทางเลือกใหม่ในการยับยั้งเชื้อ HSV-1 โดยใช้ sulfate polysaccharides ที่มีรูปแบบเฉพาะ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ชุติมา สนธิรอต. "การปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง แคลเซียม สไปรูแลน ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีนชนิด D ของ HSV-1 โดยใช้ genetic algorithmStructural optimization of Calcium-spirulan (Ca-SP) target on glycoprotein-D (gD) of HSV-1 by genetic algorithm". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2553

ชุติมา สนธิรอต. "การปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง แคลเซียม สไปรูแลน ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีนชนิด D ของ HSV-1 โดยใช้ genetic algorithmStructural optimization of Calcium-spirulan (Ca-SP) target on glycoprotein-D (gD) of HSV-1 by genetic algorithm". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2553. Print.



TARR Wordcloud:
การปรับปรุงรูปแบบกลุ่มซัลเฟต บนโครงสร้าง แคลเซียม สไปรูแลน ที่มีฤทธิ์ต่อต้าน ไกลโคโปรตีนชนิด D ของ HSV-1 โดยใช้ genetic algorithm
ชุติมา สนธิรอต
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
2553
การหาพืชเศรษฐกิจที่เหมาะสมต่อการเพาะปลูกโดยใช้วิธี Genetic Algorithm กรณีศึกษาลุ่มน้ำมูลตอนบน จังหวัดนครราชสีมา การประยุกต์ใช้เทคนิค FMEA ในการปรับปรุงกระบวนการออกแบบและพัฒนาแม่พิมพ์ขึ้นรูปแก้วที่ใช้บนโต๊ะอาหาร การศึกษากลไกลการยับยั้งเชื้อไวรัสก่อโรคเริมชนิดที่ 1 และ 2 ในหลอดทดลอง โดยสมุนไพรบนที่สูงบางชนิด การศึกษาการปรับปรุงพันธุ์ปทุมมาโดยการผสมข้ามชนิดระหว่างพืชในกลุ่ม Eucurcuma และ Paracurcuma การใช้กระบวนการ AIC ในการปรับปรุงสภาพและสิ่งแวดล้อมการทำงานเพื่อลดความเมื่อยล้าของกลุ่มจักสานผักตบชวา การศึกษารูปแบบการไหลเวียนของน้ำบริเวณอ่าวไทยตอนบนโดยใช้แบบจำลองทางคณิตศาสตร์ การใช้ผักผสมเป็นแหล่งของแคลเซียมในข้าวตัง การเปรียบเทียบดัชนีชี้วัด 4 ชนิดในการประเมินกลุ่มผู้สัมผัสแมงกานีสชนิดเรื้อรัง ธาตุเหล็กที่ใช้ประโยชน์ได้ในอาหารที่มีข้าวเป็นองค์ประกอบหลักที่เติมแหล่งโปรตีนจากสัตว์ชนิดต่าง ๆ ผลของการใช้ยาสีฟันที่มีส่วนผสมของไตรโคลซาน/โคโพลิเมอร์ระหว่างการคงสภาพปริทันต์ในผู้ป่วยเบาหวานชนิดที่ 2
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair