สืบค้นงานวิจัย
การถอดรหัสจีโนมในไมโทคอนเดรียของปูแสม 3 ชนิดในสกุล Episesarma (E. mederi, E. versicolor และ E. singaporense) และการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุชนิดและวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม เพื่อการจัดการทรัพยากรที่ยั่งยืน
ประดิษฐ์ แสงทอง - มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ชื่อเรื่อง: การถอดรหัสจีโนมในไมโทคอนเดรียของปูแสม 3 ชนิดในสกุล Episesarma (E. mederi, E. versicolor และ E. singaporense) และการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุชนิดและวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม เพื่อการจัดการทรัพยากรที่ยั่งยืน
ชื่อเรื่อง (EN): Complete nucleotide sequences of vinegar crabs of the genus Episesarma (E. mederi, E. versicolor and E. singaporense): Development of molecular markers for species identification and genetic divergent analysis for sustainable resource menagement
บทคัดย่อ: ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดในไมโตคอนเดรียจีโนมของปูในสกุล episesarmaจำนวน 3 ชนิด ประกอบด้วย E. mederi, E. versicolor and E. singaporenseถูกวิเคราะห์และพบว่าขนาดของจีโนมในปูแสม E. mederi, E. versicolor and E. singaporense มีขนาด 15643, 15662 and 15634 ตามลำดับ องค์ประกอบของจีโนมประกอบด้วยยีนกำหนดรหัสของโปรตีน 13 ชนิด ไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอ 2 ชนิด ทรานสเฟอร์อาร์เอ็นเอ 22 ชนิด นอกจากนั้นยังมีส่วนที่ไม่ได้กำหนดรหัสขนาดใหญ่อีก 1 บริเวณซึ่งทำหน้าที่เป็นบริเวณควบคุม ลำดับการจัดเรียงตัวของยีนในไมโทคอนเดรียจีโนมที่พบในปูแสมสกุล Epirsesarma แต่ละชนิดไม่แตกต่างกัน แต่แตกต่างจากการจัดเรียงตัวรูปแบบปกติที่พบได้ทั่วไปในสิ่งมีชวิตกลุ่มกุ้ง ปู กั้ง ที่เรียกว่า pancrustacean ground patternโดยพบว่ามีการสลับตำแหน่งของยีน tRNA 2 ชนิดคือ tRNAIle และ tRNAGln นอกจากนี้ ปูแสมก้ามขาว (E. versicolor) ที่มีถิ่นอาศัยตลอดแนวชายฝั่งทะเลอันดามันถูกนำมาวิเคราะห์ความผันแปรภายในชนิดและโครงสร้างประชากรของโดยอาศัยลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของบริเวณ control region โดยปูตัวอย่งาจำนวน 72 ตัวถูกเก็บตัวอย่างจากจังหวัดสตูล ตรัง กระบี่ พังงา และระนอง ผลการวิเคราะห์ analysis of molecular variance (AMOVA) พบว่าความผันแปรทางพันธุกรรมส่วนใหญ่ที่พบเป็นเกิดขึ้นระหว่างตัวอย่างภายในประชากรและไม่พบว่ามีโครงสร้างประชากรตลอดแนวชายฝั่งทะเลอันดามันของปูชนิดนี้ ผลการวิเคราะห์ mismatch distribution พบว่าการขยายตัวของประชากรปูแสมก้ามขาวในเขตแนวชายฝั่งทะเลอันดามันไม่เป็นไปตามแบบจำลอง sudden expansion แต่เกิดขึ้นในรูปแบบที่มีทิศทางคือ มีการขยายตัวจากทิศใต้ไปทิศเหนือ และเกิดขึ้นในช่วงเวลาประมาณ 10000 ปีที่ผ่านมาก ผลที่ได้ทั้งหมดแสดงให้เห็นว่า ปูแสมก้ามขาวในแนวชายฝั่งทะเลอันดามันควรบริหารจัดการในลักษณะที่เป็นประชากรเดียว ซึ่งผลที่ได้จากการวิจัยในครั้งนี้ได้ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ในการเพิ่มประสิทธิภาพในการอนุรักษ์สิ่งมีชีวิตชนิดนี้ต่อไป ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดในไมโตคอนเดรียจีโนมของปูในสกุล episesarmaจำนวน 3 ชนิด ประกอบด้วย E. mederi, E. versicolor and E. singaporenseถูกวิเคราะห์และพบว่าขนาดของจีโนมในปูแสม E. mederi, E. versicolor and E. singaporense มีขนาด 15643, 15662 and 15634 ตามลำดับ องค์ประกอบของจีโนมประกอบด้วยยีนกำหนดรหัสของโปรตีน 13 ชนิด ไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอ 2 ชนิด ทรานสเฟอร์อาร์เอ็นเอ 22 ชนิด นอกจากนั้นยังมีส่วนที่ไม่ได้กำหนดรหัสขนาดใหญ่อีก 1 บริเวณซึ่งทำหน้าที่เป็นบริเวณควบคุม ลำดับการจัดเรียงตัวของยีนในไมโทคอนเดรียจีโนมที่พบในปูแสมสกุล Epirsesarma แต่ละชนิดไม่แตกต่างกัน แต่แตกต่างจากการจัดเรียงตัวรูปแบบปกติที่พบได้ทั่วไปในสิ่งมีชวิตกลุ่มกุ้ง ปู กั้ง ที่เรียกว่า pancrustacean ground patternโดยพบว่ามีการสลับตำแหน่งของยีน tRNA 2 ชนิดคือ tRNAIle และ tRNAGln นอกจากนี้ ปูแสมก้ามขาว (E. versicolor) ที่มีถิ่นอาศัยตลอดแนวชายฝั่งทะเลอันดามันถูกนำมาวิเคราะห์ความผันแปรภายในชนิดและโครงสร้างประชากรของโดยอาศัยลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของบริเวณ control region โดยปูตัวอย่งาจำนวน 72 ตัวถูกเก็บตัวอย่างจากจังหวัดสตูล ตรัง กระบี่ พังงา และระนอง ผลการวิเคราะห์ analysis of molecular variance (AMOVA) พบว่าความผันแปรทางพันธุกรรมส่วนใหญ่ที่พบเป็นเกิดขึ้นระหว่างตัวอย่างภายในประชากรและไม่พบว่ามีโครงสร้างประชากรตลอดแนวชายฝั่งทะเลอันดามันของปูชนิดนี้ ผลการวิเคราะห์ mismatch distribution พบว่าการขยายตัวของประชากรปูแสมก้ามขาวในเขตแนวชายฝั่งทะเลอันดามันไม่เป็นไปตามแบบจำลอง sudden expansion แต่เกิดขึ้นในรูปแบบที่มีทิศทางคือ มีการขยายตัวจากทิศใต้ไปทิศเหนือ และเกิดขึ้นในช่วงเวลาประมาณ 10000 ปีที่ผ่านมาก ผลที่ได้ทั้งหมดแสดงให้เห็นว่า ปูแสมก้ามขาวในแนวชายฝั่งทะเลอันดามันควรบริหารจัดการในลักษณะที่เป็นประชากรเดียว ซึ่งผลที่ได้จากการวิจัยในครั้งนี้ได้ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ในการเพิ่มประสิทธิภาพในการอนุรักษ์สิ่งมีชีวิตชนิดนี้ต่อไป
บทคัดย่อ (EN): Complete mitochondrial genome sequences of three Episesarma speices: E. mederi, E. versicolor and E. singaporense,were determined. Genome sizes of E. mederi, E. versicolor and E. singaporense are 15,643, 15,662 and 15,634 bp., respectively. These genomes contains 13 protein coding genes, 2 ribosomal RNA genes, 22 transfer RNA genes and 1 large control region. All of mitochondrial genes in these genomes are arranged in the same direction that is slightly different from the order of mitochondrial genes in the genomes of other pancrustacean species. The difference is possibly caused by a translocation between mt-tRNAIle and mt-tRNAGln. Intraspecific variation and population genetic structure of the E. versicolor living along the Andaman SeaCoast were identified based on variations of complete sequences of the mitochondrial DNA control region (mtDNA CR). The mtDNA CR sequences of 72 crabs collected from Satun, Trang, Krabi, Phang Nga and Ranong were analyzed. The AMOVA results showedthat most of the E. versicolor’s genetic variation was within-population variation, indicating a lack of population genetic structure of this species. The results of a mismatch distribution analysis presented an inconsistency between this species’ population expansion and thesudden expansion model; however, they agreed with the model presenting northward-direction expansion along the Andaman Sea Coast that happened around 10000 years ago. All of the results above suggested that the desired resource management plan should be capable of maintaining genetic diversity of a single population of this species living along the Andaman Sea Coast of Thailand. Complete mitochondrial genome sequences of three Episesarma speices: E. mederi, E. versicolor and E. singaporense,were determined. Genome sizes of E. mederi, E. versicolor and E. singaporense are 15,643, 15,662 and 15,634 bp., respectively. These genomes contains 13 protein coding genes, 2 ribosomal RNA genes, 22 transfer RNA genes and 1 large control region. All of mitochondrial genes in these genomes are arranged in the same direction that is slightly different from the order of mitochondrial genes in the genomes of other pancrustacean species. The difference is possibly caused by a translocation between mt-tRNAIle and mt-tRNAGln. Intraspecific variation and population genetic structure of the E. versicolor living along the Andaman SeaCoast were identified based on variations of complete sequences of the mitochondrial DNA control region (mtDNA CR). The mtDNA CR sequences of 72 crabs collected from Satun, Trang, Krabi, Phang Nga and Ranong were analyzed. The AMOVA results showedthat most of the E. versicolor’s genetic variation was within-population variation, indicating a lack of population genetic structure of this species. The results of a mismatch distribution analysis presented an inconsistency between this species’ population expansion and thesudden expansion model; however, they agreed with the model presenting northward-direction expansion along the Andaman Sea Coast that happened around 10000 years ago. All of the results above suggested that the desired resource management plan should be capable of maintaining genetic diversity of a single population of this species living along the Andaman Sea Coast of Thailand.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
คำสำคัญ: การระบุชนิด
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ประดิษฐ์ แสงทอง. "การถอดรหัสจีโนมในไมโทคอนเดรียของปูแสม 3 ชนิดในสกุล Episesarma (E. mederi, E. versicolor และ E. singaporense) และการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุชนิดและวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม เพื่อการจัดการทรัพยากรที่ยั่งยืนComplete nucleotide sequences of vinegar crabs of the genus Episesarma (E. mederi, E. versicolor and E. singaporense): Development of molecular markers for species identification and genetic divergent analysis for sustainable resource menagement". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2555

ประดิษฐ์ แสงทอง. "การถอดรหัสจีโนมในไมโทคอนเดรียของปูแสม 3 ชนิดในสกุล Episesarma (E. mederi, E. versicolor และ E. singaporense) และการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุชนิดและวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม เพื่อการจัดการทรัพยากรที่ยั่งยืนComplete nucleotide sequences of vinegar crabs of the genus Episesarma (E. mederi, E. versicolor and E. singaporense): Development of molecular markers for species identification and genetic divergent analysis for sustainable resource menagement". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2555. Print.



TARR Wordcloud:
การถอดรหัสจีโนมในไมโทคอนเดรียของปูแสม 3 ชนิดในสกุล Episesarma (E. mederi, E. versicolor และ E. singaporense) และการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุชนิดและวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม เพื่อการจัดการทรัพยากรที่ยั่งยืน
ประดิษฐ์ แสงทอง
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
30 กันยายน 2555
การถอดรหัสพันธุกรรมของจีโนมไมโทคอนเดรีย ของจระเข้ไทย (Crocodylus siamensis) และการเปรียบเทียบจีโนมในนิวเคลียสของจระเข้ไทยกับจระเข้น้ำเค็ม (Crocodylus porosus) การศึกษาหาความหลากหลายในระดับรหัสพันธุกรรมใน Arthrospira โดยวิธีการเปรียบเทียบจีโนม: ก้าวแรกสู่การหาตำแหน่งจีโนมเครื่องหมายสำหรับการจัดจำแนกสายพันธุ์ แบบบูรณาการ การวิเคราะห์จีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของแก่นตะวัน (Helianthus tuberosus L.) โดยใช้ ISSR markers ระบบการให้อาหารที่เหมาะสมสำหรับการอนุบาลตัวอ่อนของปูแสม Episesarma singaporense (Tweedie, 1936) การศึกษาจีโนมเปรียบเทียบระหว่างมันสำปะหลังและยางพาราเพื่อระบุเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับการปรับปรุงพันธุ์ที่ตอบสนองความต้องการภาคเกษตรกรรมและอุตสาหกรรม การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัส ที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่ การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่ การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมและการจำแนกชนิดพันธุ์ปาล์มน้ำมัน ด้วยเครื่องหมายโมเลกุล การคัดเลือกและการระบุชนิดของเชื้อราที่ผลิตเอนไซม์เซลลูเลสจากวัสดุเหลือทิ้งทางการเกษตร ความหลากหลายของราเอนโดไฟท์ในพืชสมุนไพรและพืชชนิดอื่น และการนำไปใช้ประโยชน์
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair