สืบค้นงานวิจัย
การวิเคราะห์ลักษณะและความแปรผันของไมโครแซเทลไลต์ในจีโนมของกุ้งกุลาดำและความเป็นไปได้ในการใช้จำแนกพันธุกรรม : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์
ศิราวุธ กลิ่นบุหงา - จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ชื่อเรื่อง: การวิเคราะห์ลักษณะและความแปรผันของไมโครแซเทลไลต์ในจีโนมของกุ้งกุลาดำและความเป็นไปได้ในการใช้จำแนกพันธุกรรม : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์
ชื่อเรื่อง (EN): Characterization of microsatellite sequences in the black tiger prawn (Penaeus monodon) genome, polymorphism tests and thei
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ศิราวุธ กลิ่นบุหงา
บทคัดย่อ: กุ้งชุมพรและตราดจากอ่าวไทย) ผลการศึกษาพบว่ากุ้งกุลาดำในประเทศไทยยังมีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูง (มีค่าอัลลีลอยู่ในช่วง 19 ถึง 30 และค่าเฮเทอโรไซโกซิตี้อยู่ในช่วง 0.49 ถึง 0.95) และมีความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกุ้งอันดามันและตราด (P<.0001) แต่ไม่พบความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างอันดามันกับชุมพร (P>.05) นอกจากนี้เครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ที่ตำแหน่ง CUPmo18 และ Di25 สามารถแยกความแตกต่างภายในกุ้งจากอ่าวไทยคือกุ้งชุมพรและกุ้งตราด (P<.0001) แต่ไม่พบความแตกต่างทางพันธุกรรมภายในประชากรกุ้งจากอันดามัน ผลงานวิจัยนี้ให้ข้อมูลพื้นฐานทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำในประเทศไทย ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาปรับปรุงพันธุ์กุ้งกุลาดำของไทยและต่อนโยบายการประมงให้มีการเพิ่มความระมัดระวัง เพื่อไม่ให้มีการปนเปื้อนระหว่างกลุ่มประชากรที่มีพันธุกรรมแตกต่างกันอันจะทำให้สูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมและอาจทำลายลักษณะทางพันธุกรรมที่เป็นประโยชน์ได้ นอกจากนี้เครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์สามารถนำไปจำแนกครอบครัวกุ้งในโปรแกรมคัดพันธุ์และทำแผนที่จีโนม
บทคัดย่อ (EN): Microsatellites are tandemly repetitive DNA sequences with very short nucleotide motifs (1-6 bp). They are abundant and distributed throughout the eukaryotic genome. Variation in the numbers of repeating units has been demonstrated and microsatellite polymorphisms can be assayed by the polymerase chain reaction (PCR). Microsatellite are being employed as genetic markers in a variate of organisms. The level of microsatellite polymorphism varies greatly among loci but is usually higher than that of allozymes and other DNA markers. In this study, we isolated and characterized microsatellites from the genomic libraries of the black tiger shrimp (Penaeus monodon). The genomic libraries were screened for tri- and tetranucleotice repeats (GAA)[subscript n], (GATA)[subscript n], (CAT)[subscript n], (ATG)[subscript n], (GGAT)[subscript n], (GGAA)[subscript n], (TCAG)[subscript n], (CACC)[subscript n], (CATA)[subscript n] and several positive clones were isolated. From the nucleotide sequence data of those positive clones, 335 microsatellite arrays were isolated. The repeats (GAA)[subscript n], (GATA)[subscript n], (CAT)[subscript n], (ATG)[subscript n] were found at the high frequency while the other sequence types were rare or not exist. The predominant category of P. monodon microsatellites was perfect repeats (55.2%) while imperfect and compound repeats were found at the lesser extent (28.1 and 16.7% respectively). A range of repeat number was 4-94 repeats with most of the repeats in the range of 5-40 repeats. Primers were designed for several microsatellite loci and 26 pair of primers produce scorable PCR products. Analysis of polymorphism revealed that most of the microsatellite loci were highly polymorphic with average allele per locus of 17.4 and average heterozygosity of 0.63. Five microsatellite loci (CUPmol, CUPmo2, CUPmo18, Di25 and Di27) were used for determination of genetic variation and differentiation of Thai P. monodon from five geographic locations (Chumphon, Trad, Phangnga, Satun and Trang). The number of alleles across the 5 loci ranged from 19-30 alleles and heterozygosities ranged from 0.49-0.95. The average heterozygosity across all investigated samples was 0.78 indicating high genetic diversity in this species. Geographic heterogeneity analysis of the results from the 2 loci, CUPmo18 and Di25, significant differences among the Gulf of Thailand (Trad and Chumphon) but not the Andaman samples. Comparison between regions revealed significant genetic differentiation between the Andaman and Trad P. monodon (P<0.001) whereas those from Chumphon and the Andaman were genetically similar (P>0.05). Our study provides a basic knowledge that is useful for genetic improvement and management of this species. Enhancing of natural populations with hatchery-reared larvae without any consideration on the characteristics of P. mondon gene pool should be concerned. Microsatellites were also applied for family identification in selective breeding program and genome mapping.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://thailis-db.car.chula.ac.th/CU_DC/August2005/Research/Anchalee(char).pdf
เผยแพร่โดย: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
คำสำคัญ: กุ้งกุลาดำ
เจ้าของลิขสิทธิ์: จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
รายละเอียด: Microsatellites are tandemly repetitive DNA sequences with very short nucleotide motifs (1-6 bp). They are abundant and distributed throughout the eukaryotic genome. Variation in the numbers of repeating units has been demonstrated and microsatellite polymorphisms can be assayed by the polymerase chain reaction (PCR). Microsatellite are being employed as genetic markers in a variate of organisms. The level of microsatellite polymorphism varies greatly among loci but is usually higher than that of allozymes and other DNA markers. In this study, we isolated and characterized microsatellites from the genomic libraries of the black tiger shrimp (Penaeus monodon). The genomic libraries were screened for tri- and tetranucleotice repeats (GAA)[subscript n], (GATA)[subscript n], (CAT)[subscript n], (ATG)[subscript n], (GGAT)[subscript n], (GGAA)[subscript n], (TCAG)[subscript n], (CACC)[subscript n], (CATA)[subscript n] and several positive clones were isolated. From the nucleotide sequence data of those positive clones, 335 microsatellite arrays were isolated. The repeats (GAA)[subscript n], (GATA)[subscript n], (CAT)[subscript n], (ATG)[subscript n] were found at the high frequency while the other sequence types were rare or not exist. The predominant category of P. monodon microsatellites was perfect repeats (55.2%) while imperfect and compound repeats were found at the lesser extent (28.1 and 16.7% respectively). A range of repeat number was 4-94 repeats with most of the repeats in the range of 5-40 repeats. Primers were designed for several microsatellite loci and 26 pair of primers produce scorable PCR products. Analysis of polymorphism revealed that most of the microsatellite loci were highly polymorphic with average allele per locus of 17.4 and average heterozygosity of 0.63. Five microsatellite loci (CUPmol, CUPmo2, CUPmo18, Di25 and Di27) were used for determination of genetic variation and differentiation of Thai P. monodon from five geographic locations (Chumphon, Trad, Phangnga, Satun and Trang). The number of alleles across the 5 loci ranged from 19-30 alleles and heterozygosities ranged from 0.49-0.95. The average heterozygosity across all investigated samples was 0.78 indicating high genetic diversity in this species. Geographic heterogeneity analysis of the results from the 2 loci, CUPmo18 and Di25, significant differences among the Gulf of Thailand (Trad and Chumphon) but not the Andaman samples. Comparison between regions revealed significant genetic differentiation between the Andaman and Trad P. monodon (P0.05). Our study provides a basic knowledge that is useful for genetic improvement and management of this species. Enhancing of natural populations with hatchery-reared larvae without any consideration on the characteristics of P. mondon gene pool should be concerned. Microsatellites were also applied for family identification in selective breeding program and genome mapping.
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ศิราวุธ กลิ่นบุหงา. "การวิเคราะห์ลักษณะและความแปรผันของไมโครแซเทลไลต์ในจีโนมของกุ้งกุลาดำและความเป็นไปได้ในการใช้จำแนกพันธุกรรม : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์Characterization of microsatellite sequences in the black tiger prawn (Penaeus monodon) genome, polymorphism tests and thei". จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. 2543

ศิราวุธ กลิ่นบุหงา. "การวิเคราะห์ลักษณะและความแปรผันของไมโครแซเทลไลต์ในจีโนมของกุ้งกุลาดำและความเป็นไปได้ในการใช้จำแนกพันธุกรรม : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์Characterization of microsatellite sequences in the black tiger prawn (Penaeus monodon) genome, polymorphism tests and thei". จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. 2543. Print.



TARR Wordcloud:
การวิเคราะห์ลักษณะและความแปรผันของไมโครแซเทลไลต์ในจีโนมของกุ้งกุลาดำและความเป็นไปได้ในการใช้จำแนกพันธุกรรม : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์
ศิราวุธ กลิ่นบุหงา
จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
2543
รายงายผลการวิจัยฉบับสมบูรณ์การพัฒนาผลิตภัณฑ์ไข่เค็มไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี การประเมินค่าอัตราพันธุกรรมในอัตราการเจริญเติบโต ของหอยตะโกรมกรามขาว Crassostrea belcheri, Sowerby 1871 : รายงานฉบับสมบูรณ์ การใช้สูตรอาหารสังเคราะห์ในการเพิ่มผลผลิตของเห็ดฟาง การศึกษาสภาพการใช้เครื่องจักรกลเกษตร ในเขตพื้นที่ จ.ปทุมธานี ปัจจัยทางนิเวศวิทยาที่มีผลต่อการเจริญเติบโต ของกุ้งกุลาดำ, Penaeus monodon fabricius (ปัจจัยทางกายภาพ) การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำ โดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอ ด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย : รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์ รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์ยุทธวิธีการผลิตปลานิลรุ่นเชิงคุณภาพสำหรับการเลี้ยงในกระชังอย่างยั่งยืน : อุปกรณ์คัดขนาดลูกปลานิล ความหลาหลายทางพันธุกรรมและการอนุรักษ์พันธุ์มะเกว๋น (ปีที่1) คุณภาพอาหารปลาสวยตามระยะเวลาหลังการผลิตในบรรจุภัณฑ์ต่างลักษณะ รายงานการวิจัยความหลากหลายของไลเคน เห็ด และราขนาดใหญ่ในพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืช อพ.สธ. เขื่อนน้้าพุง การไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair