สืบค้นงานวิจัย
การแยกและศึกษายีนดีเอ็นเอเมทิลทรานสเฟอเรสในข้าว
Prapapan Teerawanichpan - มหาวิทยาลัยมหิดล
ชื่อเรื่อง: การแยกและศึกษายีนดีเอ็นเอเมทิลทรานสเฟอเรสในข้าว
ชื่อเรื่อง (EN): (Oryza Sativa L.)‬
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Prapapan Teerawanichpan
บทคัดย่อ: ข้าวเป็นพืชเศรษฐกิจของประเทศไทย ความเข้าใจในกระบวนการควบคุมการแสดงออกของยีนจะนำไปสู่ ความสามารถในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้มีลักษณะตามต้องการได้ ดีเอ็นเอ เมทิลเลชั่น เป็นกลไกหนึ่งในการ ควบคุมการแสดงออกของยีนโดยมีเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสเป็นเอ็นไซม์ที่ทำหน้าที่ในการเติมหมู่เมทิล ให้กับสายดีเอ็นเอ ในงานวิจัยนี้ได้ทำการแยกยีนจาก BAC genomic libraries ของข้าวได้ 2 ยีน และให้ชื่อว่า OsMET1-1 และ OsMET1-2 OsMET1-1 มี open reading frame ขนาด 4,566 nucleotides และประกอบไป ด้วย 12 exons และ11 introns ในขณะที่ OsMET1-2 มี open reading frame ขนาด 4,452 nucleotides และ ประกอบไปด้วย 11 exons และ 10 introns. แม้ว่า โดยรวมแล้ว OsMET1-1 และ OsMET1-2 จะมีลำดับเบสที่ คล้ายคลึงกัน แต่ exon แรกกลับมีความเหมือนกันเพียงแค่ 24% identity เท่านั้นและไม่ปรากฎ intron ที่ 3 ของ OsMET1-1 ใน OsMET1-2 อีกด้วย OsMET1-1 และ OsMET1-2 มี regulatory domain ยาว 2/3 ส่วน และ catalytic domain ยาว 1/3 ส่วน Domains ที่สำคัญซึ่งพบใน เอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสอื่น ๆ สามารถ พบได้ใน OsMET1-1 และ OsMET1-2 เช่นกัน. การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนแสดงให้เห็นว่า เอ็นไซม์ ดี เอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของข้าว มีความเหมือนกับเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของพืชอื่น ๆ มาก (56- 75% identity), แต่มีความคล้ายคลึงกับเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของสัตว์เพียงระดับหนึ่งเท่านั้น (~24% identity) การทำ Genomic blot และการสืบค้นจากฐานข้อมูล genome ของข้าว พบว่า มี 1 copy ของ OsMET1-1 บนโครโมโซมที่ 3 และมี 1 copy ของ OsMET1-2 บนโครโมโซมที่ 7 การศึกษาการแสดงออกของ ยีนโดย Ribonuclease protection assay พบว่า OsMET1-1 และ OsMET1-2 มีการแสดงออกสูงบริเวณเนื้อเยื่อ กำลังมีการเจริญเติบโต โดยที่ระดับการแสดงออกของ OsMET1-2 สูงกว่า OsMET1-1 ประมาณ 7-12 เท่า ใน แคลลัส, รากและดอกอ่อนของข้าว. ในการวิจัยครั้งนี้, ได้มีการวิเคราะห์การมีส่วนร่วมของเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของข้าวในกระบวนการ gene silencing โดยการทำ RNA interference เพื่อไปลดการ แสดงออกของ เอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสในแคลลัสของข้าวที่มีการ silencing ของยีน uidA ผลการ ทดลองพบว่า การไปลดการแสดงออกของ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสซึ่งมีหน้าที่ในการรักษาระดับ ดีเอ็นเอ เมทิล เลชั่น ในเซลล์ที่แบ่งตัวใหม่ มีผลทำให้ มีการแสดงออกของ uidA อีกครั้งในแคลลัสของข้าว
บทคัดย่อ (EN): Cytosine-5 DNA methylation is an epigenetic process that can contribute to tissue and developmental stage-specific regulation of gene expression, genome defense mechanisms, genomic imprinting, chromosome X inactivation, and sex determination. A deep understanding of gene regulation system, including DNA methylation, is likely to help in the manipulation of rice to improve both quality and quantity. Cytosine-5 DNA methyltransferase (DNA MTase) is an enzyme capable of transferring a methyl group from S-adenosyl-L-methionine to cytosine residues of DNA double helix. In this research, two genomic clones (OsMET1-1, AF 462029 and OsMET1-2, AY230205), each encoding a DNA MTase, were isolated from rice BAC libraries. OsMET1-1 has an open reading frame of 4,566 nucleotides with twelve exons and eleven introns, while OsMET1-2 has an open reading frame of 4,494 nucleotides with eleven exons and ten introns. Although OsMET1-1 and OsMET1-2 have high sequence similarity overall, they share only 24% identity in exon 1, and the intron 3 of OsMET1-1 is absent from OsMET1-2. In comparison with other eukaryotic DNA MTases of Dnmt1/MET l class, the derived amino acid sequences of OsMET1-1 and OsMET1-2 suggest that they are comprised of two-third regulatory domain and one-third of catalytic domain. Most functional domains identified for other MTases were present in the rice MET1 sequences. Amino acid sequence comparison indicated high similarity (56-75% identity) of rice MET1s to other plant MET1 sequences, but limited similarity (~24% identity) to animal Dnmt1. Genomic blot and database analysis indicated the presence of a single copy of OsMET1-1 (on chromosome 3) and single copy of OsMET1-2 (on chromosome 7). Ribonuclease protection assays revealed expression of both OsMET1-1 and OsMET1-2 in highly dividing cells, but the steady state level of OsMET1-2 was 7-12 folds higher than that of OsMET1-1 in callus, root and inflorescence. The functional involvement of the rice DNA MTases in gene silencing was investigated using an RNAi strategy. Inverted repeat constructs of either the N- or C-terminal regions of OsMET1-1 were supertransformed into calli derived from a rice line bearing a silenced 35S-uidA-nos transgene. Restoration of uidA expression in the bombarded calli was consistent with the inactivation of maintenance methylation and with previous evidence for the involvement of methylation in silencing of this line
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=126&RecId=1225&obj_id=731
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): genetics
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยมหิดล
รายละเอียด: ข้าวเป็นพืชเศรษฐกิจของประเทศไทย ความเข้าใจในกระบวนการควบคุมการแสดงออกของยีนจะนำไปสู่ ความสามารถในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้มีลักษณะตามต้องการได้ ดีเอ็นเอ เมทิลเลชั่น เป็นกลไกหนึ่งในการ ควบคุมการแสดงออกของยีนโดยมีเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสเป็นเอ็นไซม์ที่ทำหน้าที่ในการเติมหมู่เมทิล ให้กับสายดีเอ็นเอ ในงานวิจัยนี้ได้ทำการแยกยีนจาก BAC genomic libraries ของข้าวได้ 2 ยีน และให้ชื่อว่า OsMET1-1 และ OsMET1-2 OsMET1-1 มี open reading frame ขนาด 4,566 nucleotides และประกอบไป ด้วย 12 exons และ11 introns ในขณะที่ OsMET1-2 มี open reading frame ขนาด 4,452 nucleotides และ ประกอบไปด้วย 11 exons และ 10 introns. แม้ว่า โดยรวมแล้ว OsMET1-1 และ OsMET1-2 จะมีลำดับเบสที่ คล้ายคลึงกัน แต่ exon แรกกลับมีความเหมือนกันเพียงแค่ 24% identity เท่านั้นและไม่ปรากฎ intron ที่ 3 ของ OsMET1-1 ใน OsMET1-2 อีกด้วย OsMET1-1 และ OsMET1-2 มี regulatory domain ยาว 2/3 ส่วน และ catalytic domain ยาว 1/3 ส่วน Domains ที่สำคัญซึ่งพบใน เอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสอื่น ๆ สามารถ พบได้ใน OsMET1-1 และ OsMET1-2 เช่นกัน. การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนแสดงให้เห็นว่า เอ็นไซม์ ดี เอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของข้าว มีความเหมือนกับเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของพืชอื่น ๆ มาก (56- 75% identity), แต่มีความคล้ายคลึงกับเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของสัตว์เพียงระดับหนึ่งเท่านั้น (~24% identity) การทำ Genomic blot และการสืบค้นจากฐานข้อมูล genome ของข้าว พบว่า มี 1 copy ของ OsMET1-1 บนโครโมโซมที่ 3 และมี 1 copy ของ OsMET1-2 บนโครโมโซมที่ 7 การศึกษาการแสดงออกของ ยีนโดย Ribonuclease protection assay พบว่า OsMET1-1 และ OsMET1-2 มีการแสดงออกสูงบริเวณเนื้อเยื่อ กำลังมีการเจริญเติบโต โดยที่ระดับการแสดงออกของ OsMET1-2 สูงกว่า OsMET1-1 ประมาณ 7-12 เท่า ใน แคลลัส, รากและดอกอ่อนของข้าว. ในการวิจัยครั้งนี้, ได้มีการวิเคราะห์การมีส่วนร่วมของเอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสของข้าวในกระบวนการ gene silencing โดยการทำ RNA interference เพื่อไปลดการ แสดงออกของ เอ็นไซม์ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสในแคลลัสของข้าวที่มีการ silencing ของยีน uidA ผลการ ทดลองพบว่า การไปลดการแสดงออกของ ดีเอ็นเอ เมทิลทรานเฟอเรสซึ่งมีหน้าที่ในการรักษาระดับ ดีเอ็นเอ เมทิล เลชั่น ในเซลล์ที่แบ่งตัวใหม่ มีผลทำให้ มีการแสดงออกของ uidA อีกครั้งในแคลลัสของข้าว
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Prapapan Teerawanichpan. "การแยกและศึกษายีนดีเอ็นเอเมทิลทรานสเฟอเรสในข้าว(Oryza Sativa L.)‬". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2546

Prapapan Teerawanichpan. "การแยกและศึกษายีนดีเอ็นเอเมทิลทรานสเฟอเรสในข้าว(Oryza Sativa L.)‬". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2546. Print.



TARR Wordcloud:
การแยกและศึกษายีนดีเอ็นเอเมทิลทรานสเฟอเรสในข้าว
Prapapan Teerawanichpan
มหาวิทยาลัยมหิดล
2546
การจัดเรียงตัวของยีนและการเกิดดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นบนโปรโมเตอร์ในพืชที่ผ่านกระบวนการถ่ายยีน การศึกษาคุณสมบัติของยีนมะเร็งของไวรัส HPV16 : ความหลากหลายของยีน แหล่งที่อยู่และหน้าที่การกระตุ้นการแสดงออกของยีน การโคลนยีน polyketide synthase จากรา Xylaria sp. BCC 1067 การแยกให้บริสุทธิ์, การโคลนและแสดงออกของยีน, และการศึกษาทางจลนศาสตร์ของเอนไซม์ลูซิเฟอเรสจากแทคทีเรีย วิบริโอ แคมเบลลิอาย การศึกษาความหลากหลายของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ reduced polyketides จากราที่แยกได้ในประเทศไทย การตรวจสอบและการควบคุมเชื้อรา Colletotrichum spp. สาเหตุโรคแอนแทรคโนสของมะม่วงที่ดื้อต่อสารป้องกันกำจัดเชื้อราคาร์เบนดาซิม การจำแนกยีนที่เกี่ยวกับการสังเคราะห์ทรานซ์ซีเอตินในลำไย การยับยั้งการเจริญของราก่อโรคพืชโดยสารเมแทบอไลท์ต่อต้านราที่สร้างจากแบคทีเรียปฏิปักษ์ ผลของสารสกัดหยาบแยกส่วนจากใบมะกรูดต่อการแสดงออกของยีนวิล์มทูเมอร์วันและโปรตีนวิล์มทูเมอร์วันในเซลล์มะเร็ง การศึกษาบทบาทของยีนต่อการเจริญของเชื้อราเพ็นนิซิเลี่ยมมาร์เนฟฟิไอ
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair