สืบค้นงานวิจัย
Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses
Salter S.J. - ไม่ระบุหน่วยงาน
ชื่อเรื่อง (EN): Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Salter S.J.
บทคัดย่อ (EN): The study of microbial communities has been revolutionised in recent years by the widespread adoption of culture independent analytical techniques such as 16S rRNA gene sequencing and metagenomics. One potential confounder of these sequence-based approaches is the presence of contamination in DNA extraction kits and other laboratory reagents. Results: In this study we demonstrate that contaminating DNA is ubiquitous in commonly used DNA extraction kits and other laboratory reagents, varies greatly in composition between different kits and kit batches, and that this contamination critically impacts results obtained from samples containing a low microbial biomass. Contamination impacts both PCR-based 16S rRNA gene surveys and shotgun metagenomics. We provide an extensive list of potential contaminating genera, and guidelines on how to mitigate the effects of contamination. Conclusions: These results suggest that caution should be advised when applying sequence-based techniques to the study of microbiota present in low biomass environments. Concurrent sequencing of negative control samples is strongly advised. © 2014 Salter et al.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): en
เอกสารแนบ (EN): https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-84920644670&doi=10.1186%2fs12915-014-0087-z&partnerID=40&md5=d791583ab9e4c832b65837c4b55df66e
เผยแพร่โดย (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): Sequence Analysis, DNA
เจ้าของลิขสิทธิ์ (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Salter S.J.. "Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.

Salter S.J.. "Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.. Print.



TARR Wordcloud:
Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses
Salter S.J.
มหาวิทยาลัยมหิดล
ไม่ระบุวันที่เผยแพร่
Re-evaluation of the taxonomic status of Hackelochloa (Poaceae) based on anatomical and phenetic analyses Prevalence of Helicobacter in laboratory mice in Thailand Phylogenetic Relationships and rDNA-ITS Sequence Analyses of Oidium heveae, a Powdery Mildew of Rubber Tree Molecular characterization and genetic relationship of marigolds (Tagetes spp.) based on simple sequence repeat markers Bromatological and sensory analyses of a snack based corn flour and cassava root fortified with Moringa to combat the malnutrition COMMUNITY-BASED PARTICIPATORY ACTION RESEARCH (CPAR) ON RUBBER-BASED FARMING SYSTEM IN THE PHILIPPINES Novel method for the determination of tetracycline antibiotics in bovine milk based on digital-image-based colorimetry Biochemical and genetic analyses of the oomycete Pythium insidiosum provide new insights into clinical identification and urease-based evolution of metabolismrelated traits การตรวจหาเชื้อมาลาเรียจากฟิล์มเลือดด้วยเทคนิค Real-time Nucleic Acid Sequence-based Amplification และ Molecular beacon Genetic Linkage Map of Cassava (Manihot esculenta Crantz) Based on Rubber Tree and Cassava Simple Sequence Repeat Markers
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair