สืบค้นงานวิจัย
การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั้งจีโนมในข้อมูลพูลดีเอ็นเอ
วรวรรธน์ เอ่งฉ้วน - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั้งจีโนมในข้อมูลพูลดีเอ็นเอ
ชื่อเรื่อง (EN): The genome-wide association study of epistasis in pooled DNA
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: วรวรรธน์ เอ่งฉ้วน
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Worrawat Engchuan
บทคัดย่อ: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมของทั้งจีโนมเป็นการศึกษาความสัมพันธ์กันระหว่างพันธุกรรมกับลักษณะ ของการเกิดโรคโดยอาศัยข้อมูลซิงเกิลนิวคลิโอไทด์โพลิมอฟอซึม หรือ SNP โดยเป้าหมายหลักในการ ทำการวิเคราะห์คือ การระบุตัวบ่งชี้ทางพันธุกรรมที่มีผลต่อการเกิดโรค อย่างไรก็ตามต้นทุนในการ วิเคราะห์ดังกล่าวนั้นยังคงสูงอยุ่มาก ทำให้กลุ่มวิจัยหลายๆกลุ่มไม่สามารถทำการวิเคราะห์ได้ จึงมี แนวคิดของการทำพูลดีเอ็นเอขึ้นมา ซึ่งเทคนิคพูลดีเอ็นเอจะทำการรวมสารพันธุกรรมของกลุ่มตัวอย่าง ไว้ด้วยกันก่อนที่จะเริ่มทำการวิเคราะห์จีโนม ดังนั้นการใช้เทคนิคพูลดีเอ็นเอในการวิเคราะห์จีโนมนั้น จะช่วยลดต้นทุนของการศึกษาลงอย่างมาก ทั้งในแง่ของการลดจำนวนการใช้ไมโครอะเรย์และการลด ปริมาณของสารพันธุกรรมที่ใช้ แต่เนื่องจากเทคนิคพูลดีเอ็นเอสามารถให้ข้อมูลแก่นักวิจัยได้เพียงแค่ระดับ ของอัลลีล ทำให้เราไม่สามารถทำการวิเคราะห์หาการปฏิสัมพันธ์กันของ SNP ซึ่งต้องการข้อมูลใน ระดับจีโนไทป์ได้ ดังนั้นงานวิจัยชิ้นนี้จึงมุ่งเน้นท่จะพัฒนาวิธีการเพื่อช่วยในการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนม ในระดับการหาปฏิสัมพันธ์กันของ SNP โดยอาศัยหลักการจำลอง Monte Carlo เข้ามาเพื่อช่วยในการ ประมาณโอกาสในการเกิดของการปฏิสัมพันธ์จากข้อมูลพูลดีเอ็นเอ หลักการที่พัฒนาขึ้นมาได้ถูกนำไป ทดสอบกับข้อมูลที่จำลองขึ้นมา และผลการทดสอบแสดงให้เห็นว่า วิธีการดังกล่าวสามารถนำไปใช้ใน การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมในระดับการหาปฏิสัมพันธ์กันของ SNP ในข้อมูลที่ได้รับจากเทคนิคพูลดีเอ็นเอ ได้อย่างมีประสิทธิผลและมีความถูกต้องใกล้เคียงกับผลการทดลองจากข้อมูลจีโนไทป์ปกติ
บทคัดย่อ (EN): Genome-wide association study (GWAS) is a powerful method for studying genetic association using single nucleotide polymorphisms (SNP) as genetic markers. One of the main goals in finding genetic association is to uncover the interactions between genetic markers that may influence the phenotype or disease status. However, the cost of a large scale GW AS is still prohibitive. DNA pooling technique can be used to reduce the cost of GW AS by reducing the number of micro array and sample usage. The key limitation of DNA pooling is that it can provide only allele data. Thus the loss of genotype information limits the use of DNA pooling to only single locus analysis. This research proposes MDRpool, a method for detecting epistatic interactions in pooled DNA genome-wide association study. The basic idea is based on the Monte Carlo simulation which is used for extracting plausible genotype information and diplotype configurations from the relative allele frequencies of pooled data. The method was tested using a simulated dataset with a known SNP interaction. The result indicates that MDRpool can detect epistatic interactions from pooled DNA data with classification accuracy comparable to the individual genotyping approach.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=54&RecId=12471&obj_id=35786
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ (EN): Pooled DNA
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
รายละเอียด: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมของทั้งจีโนมเป็นการศึกษาความสัมพันธ์กันระหว่างพันธุกรรมกับลักษณะ ของการเกิดโรคโดยอาศัยข้อมูลซิงเกิลนิวคลิโอไทด์โพลิมอฟอซึม หรือ SNP โดยเป้าหมายหลักในการ ทำการวิเคราะห์คือ การระบุตัวบ่งชี้ทางพันธุกรรมที่มีผลต่อการเกิดโรค อย่างไรก็ตามต้นทุนในการ วิเคราะห์ดังกล่าวนั้นยังคงสูงอยุ่มาก ทำให้กลุ่มวิจัยหลายๆกลุ่มไม่สามารถทำการวิเคราะห์ได้ จึงมี แนวคิดของการทำพูลดีเอ็นเอขึ้นมา ซึ่งเทคนิคพูลดีเอ็นเอจะทำการรวมสารพันธุกรรมของกลุ่มตัวอย่าง ไว้ด้วยกันก่อนที่จะเริ่มทำการวิเคราะห์จีโนม ดังนั้นการใช้เทคนิคพูลดีเอ็นเอในการวิเคราะห์จีโนมนั้น จะช่วยลดต้นทุนของการศึกษาลงอย่างมาก ทั้งในแง่ของการลดจำนวนการใช้ไมโครอะเรย์และการลด ปริมาณของสารพันธุกรรมที่ใช้ แต่เนื่องจากเทคนิคพูลดีเอ็นเอสามารถให้ข้อมูลแก่นักวิจัยได้เพียงแค่ระดับ ของอัลลีล ทำให้เราไม่สามารถทำการวิเคราะห์หาการปฏิสัมพันธ์กันของ SNP ซึ่งต้องการข้อมูลใน ระดับจีโนไทป์ได้ ดังนั้นงานวิจัยชิ้นนี้จึงมุ่งเน้นท่จะพัฒนาวิธีการเพื่อช่วยในการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนม ในระดับการหาปฏิสัมพันธ์กันของ SNP โดยอาศัยหลักการจำลอง Monte Carlo เข้ามาเพื่อช่วยในการ ประมาณโอกาสในการเกิดของการปฏิสัมพันธ์จากข้อมูลพูลดีเอ็นเอ หลักการที่พัฒนาขึ้นมาได้ถูกนำไป ทดสอบกับข้อมูลที่จำลองขึ้นมา และผลการทดสอบแสดงให้เห็นว่า วิธีการดังกล่าวสามารถนำไปใช้ใน การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมในระดับการหาปฏิสัมพันธ์กันของ SNP ในข้อมูลที่ได้รับจากเทคนิคพูลดีเอ็นเอ ได้อย่างมีประสิทธิผลและมีความถูกต้องใกล้เคียงกับผลการทดลองจากข้อมูลจีโนไทป์ปกติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

วรวรรธน์ เอ่งฉ้วน. "การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั้งจีโนมในข้อมูลพูลดีเอ็นเอThe genome-wide association study of epistasis in pooled DNA". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2552

วรวรรธน์ เอ่งฉ้วน. "การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั้งจีโนมในข้อมูลพูลดีเอ็นเอThe genome-wide association study of epistasis in pooled DNA". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2552. Print.



TARR Wordcloud:
การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ทั้งจีโนมในข้อมูลพูลดีเอ็นเอ
วรวรรธน์ เอ่งฉ้วน
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
2552
การวิเคราะห์ลำดับเบสดีเอ็นเอไมโทคอนเดรียที่มีความหลากหลายสูงบริเวณที่ 1 สำหรับงานนิติวิทยาศาสตร์ในประชากรประเทศไทย การวิเคราะห์และการออกแบบกำแพงกันดิน เครื่องมือค้นหาแบบเมตาเสริชโดยใช้ตรรกศาสตร์คลุมเครือและการจัดกลุ่มข้อมูลด้วยเนื้อหาของข้อมูล การวิเคราะห์ความผันผวนของมูลค่าการส่งออกข้าวหอมมะลิไทย การปรับปรุง Line code 2b1q ในการเข้ารหัสเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการรับส่งข้อมูล ฐานข้อมูลเครื่องทุ่นแรงในงานเกษตรกรรมท้องถิ่น การวิเคราะห์เชิงเศรษฐศาสตร์ของการผลิตหอยเป๋าฮื้อในประเทศไทย การวิเคราะห์งบการเงินของธุรกิจสกัดน้ำมันปาล์ม ในประเทศไทย การวิเคราะห์ศักยภาพการใช้คอมพิวเตอร์ของสหกรณ์การเกษตรในจังหวัดกำแพงเพชร ความเชื่อมโยงระหว่างการพัฒนามนุษย์กับการเจริญเติบโตและการพัฒนาเศรษฐกิจ : การศึกษาข้อมูลภาคตัดขวางและข้อมูลอนุกรมเวลาประเทศต่าง ๆ ทั่วโลกโดยใช้เทคนิคแบบผสมผสาน
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair