สืบค้นงานวิจัย
การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่
กุลชนา เกศสุวรรณ์ - กรมการข้าว
ชื่อเรื่อง: การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่
ชื่อเรื่อง (EN): A Genome-wide transcriptome analysis reveals the differentially expressed genes (DEGs) in panicles of hybrids and parents
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: กุลชนา เกศสุวรรณ์
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Kulchana Ketsuwan
บทคัดย่อ: งานวิจัยนี้ใช้เทคนิค Next Generation Sequencing (NGS): SOLiD System Sequencing Platform ในการวิเคราะห์ลำดับเบสและสังเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสทางพันธุกรรม (transcription) ที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีน (gene expression) ที่แตกต่างกันระหว่างลูกผสมเทียบกับสายพันธุ์พ่อแม่ เรียกว่า Differentially Expressed Genes (DEGs) ใช้ตัวอย่างช่อดอกจากข้าว 5 สายพันธุ์ ได้แก่สายพันธุ์ลูกผสม 2 สายพันธุ์ PTT06001 (H1) และ PTT06008 (H2) สายพันธุ์พ่อ 2 สายพันธุ์ CK81 (P1) และ CK120 (P2) สายพันธุ์แม่ IR79156 (M) พบว่าด้วยเทคนิคนี้เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์และนำไปเทียบ (mapped) ข้าวพันธุ์อ้างอิง ข้อมูลข้าวสายพันธุ์ P2 สามารถ mapped ได้สูงสุดจำนวน 9,747,077 reads รองมา คือ H1, P1, H2 และ M เท่ากับ 7,386,061, 5,361,077 , 5,196,982 และ 2,244,306 reads ตามลำดับ จำนวน DEGs ที่แสดงออกแบบ up-regulated มากกว่า 2 เท่า 100 อันดับแรก เมื่อเปรียบเทียบระหว่าง M กับ H1, P1 กับ H1, M กับ P1, M กับ H2, P2 กับ H2, M กับ P2 เท่ากับ 2,902 , 1,604, 3,168, 3,068, 1,171 และ 3,031 ยีนตามลำดับ DEGs ที่แสดงออกแบบ up-regulated มากกว่า 10 เท่า 100 อันดับแรกเมื่อเปรียบเทียบระหว่าง M กับ H1, P1 กับ H1, M กับ P1, M กับ H2, P2 กับ H2, M กับ P2 เท่ากับ 155, 30, 254, 173, 49 และ 207 ยีนตามลำดับ นอกจากนี้ putative gene ที่แสดงออกมากโดยวิเคราะห์ จากจำนวน copy ของ mRNA ที่ตรวจพบสูงที่สุดเรียงลำดับ 100 ยีนแรก พบว่ายีนที่มีการแสดงออกแบบ up-regulated มากที่สุดคือ Os02g0655700 (amino acid permease-like protein) เกี่ยวข้องกับการเคลื่อนย้ายกรดอมิโนเข้าสู่เซลล์ ในขณะที่ยีนที่มีการแสดงออกแบบ down-regulated ยีนที่มี copy ของ mRNA สูงที่สุดใน H1 คือ Os11g0264300 (RWP-RK domain, putative) เกี่ยวข้องกับ nitrogen controlled development และ Os08g022100 (conserved hypothetical protein) ใน H2 ผลที่ได้ดังกล่าวเป็นเพียงตัวอย่างข้อมูลพื้นฐานสำหรับนักปรับปรุงพันธุ์ ในการคัดเลือกยีนที่สนใจ (candidate gene) ในการปรับปรุงพันธุ์ข้าว โดยเฉพาะข้าวลูกผสม ที่จำเป็นต้องใช้ศักยภาพความดีเด่นเหนือพ่อแม่เป็นวัตถุประสงค์หลักในการปรับปรุงพันธุ์ เพื่อให้ได้ลูกผสมที่มีศักยภาพในการให้ผลผลิตสูง
บทคัดย่อ (EN): Next Generation Sequencing (NGS): SOLiD System Sequencing Platform was applied to investigate the whole transcriptome of two hybrids (PTT06001H; H1 and PTT06008H: H2), two paternal lines (CK81; P1 and CK120; P2), and one maternal line (IR79156; M). The data sets were aligned against the reference, precisely, the total numbers of the individual rice panicles. Samples aligned with Nipponbare ranking from the highest were as follows, P2 (9,747,077 reads), H1 (7,386,061 reads), P1 (5,361,077 reads), H2 (5,196,982 reads), and M (2,244,306 reads), respectively. The differentially expressed genes (DEGs) were identified and found that 2902, 1604, 3168, 3068, 1171, and 3031 genes were up-regulated (> 2 fold) between M vs. H1, P1 vs. H1, M vs.P1, M vs. H2, P2 vs. H2, and M vs.P2, respectively. We further examined the up-regulated DEGs (>10 fold) which showed that 155, 30, 254, 173, 49, and 207 genes were up-regulated in the combination of M vs. H1, P1 vs. H1, M vs. P1, M vs. H2, P2 vs. H2, M vs. P2, respectively. The most highly expressed gene, among the top 100 high up-regulately expressed genes, was Os02g0655700 (encodes an amino acid permease-like protein). In addition, the most highly down-regulately expressed genes in H1 was Os11g0264300 (RWP-RK domain, putative) and Os08g0222100 (conserved hypothetical protein) in H2. The details of DEGs among hybrids and their parents provide a baseline for understanding the mechanisms of heterosis focusing on particular genes, which showed overdominance compared with parents. This may aid the gene prediction in offsprings by selecting appropriate female and male parents for hybridization.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://anchan.lib.ku.ac.th/agnet/bitstream/001/5942/1/2557BRRD-p.198-212.pdf
เผยแพร่โดย: กรมการข้าว
คำสำคัญ: ความดีเด่นเหนือพ่อแม่
คำสำคัญ (EN): Heterosis
เจ้าของลิขสิทธิ์: กรมการข้าว
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

กุลชนา เกศสุวรรณ์. "การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่A Genome-wide transcriptome analysis reveals the differentially expressed genes (DEGs) in panicles of hybrids and parents". กรมการข้าว. ม.ป.ป.

กุลชนา เกศสุวรรณ์. "การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่A Genome-wide transcriptome analysis reveals the differentially expressed genes (DEGs) in panicles of hybrids and parents". กรมการข้าว. ม.ป.ป.. Print.



TARR Wordcloud:
การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัสที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน ในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่
กุลชนา เกศสุวรรณ์
กรมการข้าว
ไม่ระบุวันที่เผยแพร่
กรมการข้าว
การวิเคราะห์ข้อมูลการถอดรหัส ที่ส่งผลต่อการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันในช่อดอกจากจีโนมข้าวลูกผสมและพันธุ์พ่อแม่ การศึกษาโครงสร้าง complementary DNA และการแสดงออกของยีน Insulin like growth factor-I ในกุ้งขาว (Litopenaeus vannamei) คุณภาพข้าวสุกจากการผสมข้าว กข 23 และ ชัยนาท 1 ในขาวดอกมะลิ 105 การพัฒนาช่อดอกของสายพันธุ์เรณูเป็นหมัน (สายพันธุ์ A) และสายพันธุ์แก้การเป็นหมัน (สายพันธุ์ R) ในการผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าวลูกผสม การศึกษารูปแบบความเชื่อมโยงในจีโนมของลักษณะทางกายวิภาคของรากข้าว การวิเคราะห์จีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของแก่นตะวัน (Helianthus tuberosus L.) โดยใช้ ISSR markers ความแตกต่างทางพันธุกรรมและการระบุเครื่องหมายโมเลกุลของความต้านทานโรคโคนเน่าของแก่นตะวัน ศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมาสาเหตุโรคแตกพุ่มฝอยของงา ศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมา สาเหตุโรคแตกพุ่มฝอยของงา การประยุกต์ใช้ข้อมูลจากดาวเทียม VIIRS เพื่อศึกษาการทำประมงประกอบแสงไฟในน่านน้ำไทย
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair