สืบค้นงานวิจัย
การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง
สุรีพร เกตุงาม - มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
ชื่อเรื่อง: การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง
ชื่อเรื่อง (EN): Development of EST-microsatellite and assessment of genetic diversity of Doritis germplasm
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: สุรีพร เกตุงาม
ผู้ร่วมงาน / ผู้ร่วมวิจัย:
  1. ชัชวาล จัทราสุริยารัตน์
  2. ทินน์ พรหมโชติ
คำสำคัญ:
  1. เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์
  2. กล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง
  3. การตรวจสอบสายพันธุ์
  4. การปรับปรุงพันธุ์
  5. กล้วยไม้
บทคัดย่อ: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมาย EST-microsatellite จากฐานข้อมูลของยีนที่มี การแสดงออกเพื่อใช้ในกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง ตรวจสอบการถ่ายโอนของเครื่องหมาย G-microsatellite ของกล้วยไม้สกุลต่าง ๆ ในกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง และเพื่อประเมินศักยภาพของเครื่องหมาย microsatellite ดังกล่าวในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง และตรวจสอบเอกลักษณ์ ของกล้วยไม้ลูกผสมระหว่างกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งกับกล้วยไม้ต่างสกุล จากการค้นหาข้อมูลลําดับเบสของยีน ที่มีการแสดงออกจากฐานข้อมูล EST ของกล้วยไม้จํานวน 8,009 ลําดับเบส ข้อมูล mRNA ของกล้วยไม้ สายพันธุ์อื่น ๆ จํานวน 88 ลําดับเบส และข้อมูล mRNA ของกล้วยไม้สกุล Doritis จํานวน 14 ลําดับเบส ออกแบบไพรเมอร์ EST-microsatellite ได้ทั้งหมด จํานวน 177 คู่ โดยพบไพรเมอร์ที่มีลําดับเบสซ้ํา 2 เบสสูงสุด คิดเป็น 38.42 เปอร์เซ็นต์รองลงมาคือลําดับเบสซ้ํา 1 เบส (33.90 เปอร์เซ็นต์) และลําดับ เบสซ้ํา 3 เบส (22.03 เปอร์เซ็นต์) โดยมีรูปแบบของเบสซ้ําที่พบส่วนใหญ่แบบ (TC/GA)n (A/T)n และ (CGG/CCG)n ตามลําดับ เลือกไพรเมอร์ EST-microsatellite จํานวน 100 คู่ และสืบค้นไพรเมอร์ G-microsatellite ของกล้วยไม้สกุลอื่น ๆ รวมจํานวน 35 คู่ มาทดสอบการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอใน กล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง พบว่า ไพรเมอร์ EST-microsatellite จํานวน 25 คู่และไพรเมอร์ G-microsatellite จํานวน 8 คู่ สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งได้และนําไปใช้ในการประเมินความ หลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง จํานวน 24 ตัวอย่าง อัลลีลของไมโครแซทเทลไลท์ที่ แสดงความแตกต่างระหว่างกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งที่นํามาศึกษา มีจํานวน 92 อัลลีล ซึ่งได้มาจากเครื่องหมาย ไมโครแซทเทลไลท์จํานวน 20 เครื่องหมาย ประกอบด้วย เครื่องหมาย EST-microsatellite จํานวน 13 เครื่องหมาย (57 อัลลีล) และ เครื่องหมาย G-microsatellite จํานวน 7 เครื่องหมาย (35 อัลลีล) ค่า PIC ของเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์มีค่าตั้งแต่ 0.124 - 0.844 เฉลี่ยเท่ากับ 0.620 ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทางพันธุกรรม (Dice’s similarity) ของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง 24 ตัวอย่าง มีค่า ตั้งแต่ 0.19-0.70 การจัดกลุ่มทางพันธุกรรมด้วยวิธี UPGMA และ PCA ให้ผลสอดคล้องกัน โดยสามารถ จัดกลุ่มเชื้อพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง จํานวน 24 ตัวอย่าง ได้ 2 กลุ่มใหญ่ การตรวจสอบ เอกลักษณของกล ์ ้วยไม้ลูกผสมระหว่างกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งกับสกุลฟาแลนอปซีส และ กล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง กับสกุลเข็ม โดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จํานวน 32 เครื่องหมาย ประกอบด้วย เครื่องหมาย EST-microsatellite ที่พัฒนาได้จากการศึกษาครั้งนี้จํานวน 25 เครื่องหมาย และ เครื่องหมาย G-microsatellite จํานวน 8 เครื่องหมาย พบว่า มีเครื่องหมาย EST-microsatellite จํานวน 6 เครื่องหมาย (A48 B34 B27 B28 B2 และ B41) และ G-microsatellite จํานวน 4 เครื่องหมาย (KNU-CC-32 KNU-CC-71 PGB209 และ PGCT17) ที่สามารถตรวจสอบเอกลักษณ์ของกล้วยไม้ลูกผสม ระหว่างกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง กับสกุลฟาแลนอปซีสได้และมีเครื่องหมาย EST-microsatellite จํานวน 3 เครื่องหมาย (A48, B9 และ B28) และ G-microsatellite จํานวน 1 เครื่องหมาย (KNU-CC-55) ที่สามารถตรวจสอบเอกลักษณ์ของกล้วยไม้ลูกผสมระหว่างกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง กับสกุลเข็มได้อย่างชัดเจน เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์ที่พัฒนาได้จากการศึกษาครั้งนี้จะเป็นประโยชน์ในการศึกษาพันธุกรรม และการปรับปรุงพันธุ์กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งเชิงพาณิชย์ได้ในอนาคต คําสําคญั : กลวยไม ้ ้สกุลม้าวงิ่ เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์ยีนที่แสดงออก การถ่ายโอน ความ หลากหลายทางพันธุกรรม การตรวจสอบสายพันธุ์ลูกผสม
บทคัดย่อ (EN): The research was aimed to generate new EST-microsatellite markers from EST database for Doritis orchid, to examine the transferability of genomic microsatellite markers from other orchids in Doritis and to evaluate their potential of those markers for genetic diversity assessment and hybrid identification of Doritis. Eight thousand and nine ESTs and 88 mRNA sequences belonged to family Orchidaceae and 14 Doritis mRNA sequences were collected and analyzed for microsatellite. A total of 177 ESTmicrosatellite were identified. Of these microsatellites, 38.42% were di-nucleotide repeats, followed by mono- (33.90%) and tri-nucleotide repeat (22.03%), respectively. (TC/GA)n, (A/T)n and (CGG/CCG)n predominated in dimers, monomers and trimers, respectively One hundred novel EST-microsatellite and 35 public G-microsatellites primer pairs were tested for DNA amplification in Doritis, of these 25 novel ESTmicrosatellite and public 8 G-microsatellites primer pairs were successfully amplified and used for genetic diversity assessment in 24 Doritis accessions. A total of 92 polymorphic alleles were generated from 20 microsatellites markers which consisted of 13 EST-microsatellite (57 alleles) and 7 G-microsatellite (35 alleles) markers. The average of polymorphic content (PIC) value was 0.620 and ranged from 0.124 - 0.844. Dice’s genetic similarity coefficient among 24 Doritis accessions ranged from 0.19-0.70. Cluster analysis based on unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) and principal component analysis (PCA) clearly grouped 24 Doritis accessions into two major clusters. Hybrid progeny from 2 intergeneric crosses, Doritis sp. x Phalanenopsis sp. and Doritis sp. and Ascocentrum sp., were identified using 32 microsatellite markers including novel 25 EST-microsatellite and public 8 G-microsatellite markers. Six EST-microsatellite markers (A48, B34, B27, B28, B2 and B41) and 4 G-microsatellite markers (KNU-CC-32, KNU-CC-71, PGB209 and PGCT17) were able to distinguish hybrid from the crosses between Doritis sp. x Phalanenopsis sp. whereas 3 EST-microsatellite (A48, B9 and B28) and one G-microsatellite markers (KNU-CC-55) were able to identify hybrid between the crosses between Doritis sp. X Ascocentrum sp. Theses microsatellite markers developed in this study enrich the current resource of molecular markers which would facilitate further genetic studies and molecular breeding of commercial Doritis in future.
วิธีการจ้างทำงานวิจัย: ได้รับทุนวิจัย
ปีเริ่มต้นงานวิจัย: 2553-10-01
ปีสิ้นสุดงานวิจัย: 2555-09-30
ลิขสิทธิ์: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

สุรีพร เกตุงาม. "การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งDevelopment of EST-microsatellite and assessment of genetic diversity of Doritis germplasm". มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี. 2555

สุรีพร เกตุงาม. "การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งDevelopment of EST-microsatellite and assessment of genetic diversity of Doritis germplasm". มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี. 2555. Print.



TARR Wordcloud:
การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง
สุรีพร เกตุงาม
มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
30 กันยายน 2555
การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST เพื่อวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของพืชสกุล Curcuma ความหลากหลายและความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของตุ๊กแกบ้าน (Gekko gecko) ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้โดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์ การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบและลูกผสมด้วยเครื่องหมายดีเอ็นเอ โครงการพัฒนาฐานข้อมูลข้าวเหนียวเพื่อความมั่นคงทางอาหาร การพัฒนาสายพันธุ์กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งเพื่อเพิ่มศักยภาพในเชิงพาณิชย์ ความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลากระพงขาวจากทะเลสาบสงขลาและทะเลอันดามันโดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอ การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิดไมโครแซทเทลไลท์ในกล้วยไม้สกุลแวนด้าในประเทศไทย การตรวจสอบลายพิมพ์ดีเอ็นเอของโคลนพันธุ์ยูคาลิปตัสโดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์

แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair