สืบค้นงานวิจัย
Detection of runs of homozygosity in Norwegian Red: Density, criteria and genotyping quality control
Hillestad B. - ไม่ระบุหน่วยงาน
ชื่อเรื่อง (EN): Detection of runs of homozygosity in Norwegian Red: Density, criteria and genotyping quality control
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Hillestad B.
บทคัดย่อ (EN): Runs of homozygosity (ROH) are long, homozygote segments of an individual’s genome, traceable to the parents and might be identical by descent. Due to the lack of standards for quality control of genotyping and criteria to define ROH, Norwegian Red was used to find the effects of SNP density, genotyping quality control and ROH criteria on the detection of ROH. A total of 384 bulls were genotyped with the Illumina HD-chip containing 777,962 SNP markers. A total of 22 data subsets were derived to examine the effects of SNP density, quality control of genotyping and ROH criteria. ROH was detected by PLINK. High SNP density led to increased resolution, fewer false-positive ROH segment, and made it possible to detect shorter ROH. Considering the ROH criteria, we demonstrated that allowing for heterozygote SNP could generate false positives. Furthermore, genotyping quality control should be tuned towards keeping as many SNP as possible, also low minor allele frequency SNP, as otherwise many ROH segments will be lost. © 2018, © 2018 Informa UK Limited, trading as Taylor & Francis Group.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): en
เอกสารแนบ (EN): https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-85050922579&doi=10.1080%2f09064702.2018.1501088&partnerID=40&md5=78609e71338becce6cd324036a68570a
เผยแพร่โดย (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): SNP density
เจ้าของลิขสิทธิ์ (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Hillestad B.. "Detection of runs of homozygosity in Norwegian Red: Density, criteria and genotyping quality control". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.

Hillestad B.. "Detection of runs of homozygosity in Norwegian Red: Density, criteria and genotyping quality control". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.. Print.



TARR Wordcloud:
Detection of runs of homozygosity in Norwegian Red: Density, criteria and genotyping quality control
Hillestad B.
มหาวิทยาลัยมหิดล
ไม่ระบุวันที่เผยแพร่
QUALITY CONTROL IN LONGAN PROCESSING Water quality control in a closed re-circulating system of Pacific white shrimp (Penaeus vannamei) postlarvae co-cultured with immobilized Spirulina mat External Quality Assessment Scheme for HIV-1 Drug Resistance Genotyping in Thailand Quality of vitamin k antagonist control and 1-year outcomes in patients with atrial fibrillation: A global perspective from the GARFIELD-AF registry RES_MINOR_NAME Detection, identification and characterization of enteric bacterial pathogens in a case-control study of acute diarrhea in Thailand Estimation of density of biodiesel Biological control of tomato leaf blight disease by high cell density culture of antagonistic Bacillus subtilis HPTLC simultaneous quantification of triterpene acids for quality control of Plantago major L. and evaluation of their cytotoxic and antioxidant activities Re-assessing the relationship between sporozoite dose and incubation period in Plasmodium vivax malaria: A systematic re-analysis
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair