สืบค้นงานวิจัย
การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์ - กรมการข้าว
ชื่อเรื่อง: การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
ชื่อเรื่อง (EN): Development of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: วราพงษ์ ชมาฤกษ์
บทคัดย่อ:   สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) หรือ สวก. ได้สนับสนุนทุนวิจัยโครงการ “การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย” แก่กรมการข้าว โดยมี นายวราพงษ์ ชมาฤกษ์ เป็นหัวหน้าโครงการ มีวัตถุประสงค์เพื่อจัดทำฐานข้อมูลความแปรผันของลำดับนิวคลีโอไทด์ในระดับจีโนม (SNP database) เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรม การจัดทำลายพิมพ์เอกลักษณ์พันธุกรรมข้าวไทย และการสร้างแผนที่พันธุกรรมและการค้นหาตำแหน่งยีนที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลัก เปปไทด์ต้านมะเร็ง เปปไทด์ต้านแบคทีเรีย และสารเมทาโบไลท์ออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่สำคัญในเมล็ดข้าว       จากการศึกษาวิจัยพบว่า การวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมเพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของตัวอย่างพันธุ์ข้าวพื้นเมืองและพันธุ์ข้าวรับรองจำนวน 100 พันธุ์/สายพันธุ์ สามารถวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ได้ทั้งสิ้น 72,720,019,025 bp และเมื่อนำไปวางตำแหน่งเข้ากับข้อมูลจีโนมของข้าว สามารถวางตำแหน่งได้คิดเป็นร้อยละ 97.34 จากนั้นนำไปวิเคราะห์หาตำแหน่งเครื่องหมายโมเลกุลชนิดสนิปส์ (SNPs) ได้จำนวน 446,339 ตำแหน่ง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเครื่องหมายสนิปส์ชนิด transition SNPs คิดเป็นร้อยละ 72.28 และเครื่องหมายสนิปส์ที่มีตำแหน่งบริเวณที่เป็นยีนของข้าวจาปอนิกามีอยู่ จำนวน 67,366 ตำแหน่งที่วางตำแหน่งตรงบริเวณยีน จำนวน 18,038 ยีน พันธุ์ข้าวที่มีจำนวนเครื่องหมายสนิปส์มากที่สุด คือ พันธุ์พานเงิน ซึ่งมีเครื่องหมายสนิปส์ จำนวน 85,538 ตำแหน่ง ส่วนพันธุ์ข้าวที่พบเครื่องหมายสนิปส์น้อยที่สุด คือ พันธุ์เจ๊กกระโดด ที่พบเครื่องหมายสนิปส์ จำนวน 25,028 ตำแหน่ง เมื่อทำการสกัดโปรตีนด้วยเทคนิค Lowry จากตัวอย่างข้าว จำนวน 100 พันธุ์/สายพันธุ์พบว่า ปริมาณโปรตีนที่สกัดได้จะแตกต่างกันในช่วงระหว่าง 0.18 – 0.77 เปอร์เซ็นต์โดยน้ำหนัก โดยพันธุ์ข้าวที่มีปริมาณโปรตีนสูงสูด คือ พันธุ์เหลืองตา ส่วนพันธุ์สายพันธุ์ข้าวที่มีปริมาณโปรตีนน้อยที่สุด คือ ขาวแตงโม IR9764-45-2-2 และพิษณุโลก 60-2 จากนั้นย่อยตัวอย่างโปรตีนด้วยเอนไซม์ทริปซินแล้วนำเอาเปบไทด์มาวิเคราะห์ เพื่อทำนายลำดับกรดอะมิโนและระบุชนิดของโปรตีนด้วยเทคนิค shortgun proteomics พบว่า มีโปรตีนทั้งสิ้น จำนวน 408 ชนิดในข้าวไทยทั้ง 100 พันธุ์/สายพันธุ์ ซึ่งโปรตีนส่วนใหญ่จะทำหน้าที่เกี่ยวข้องกับกลไกภายในเซลล์และเมตาบอริซึมของเซลล์ ในการศึกษาเปบไทด์ที่มีฤทธิ์ต้านแบคทีเรียและต้านมะเร็งได้ทำการสกัดโปรตีนจากตัวอย่างเมล็ดข้าวไทยจำนวน 120 พันธุ์/สายพันธุ์ จากนั้นทำการย่อยโปรตีนด้วยเอนไซม์ เปบซินและทริปซินได้เป็นโปรตีนไฮโดรไลเสท แล้วทำการทดสอบฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งด้วยโปรตีนไฮโดรไลเสทจากตัวอย่างข้าว 10 พันธุ์ ผลการทดสอบในเบื้องต้นยังไม่พบว่าสารละลายโปรตีนไฮโดรไลเสทในอัตราความเข้มข้นที่ใช้ทดสอบจะมีผลต่ออัตราการรอดชีวิตของเซลล์มะเร็ง สำหรับการศึกษา  เมแทบอไลต์ออกฤทธิ์ทางชีวภาพในเมล็ดข้าวไทย ได้ทำการวิเคราะห์หาปริมาณสารหอม 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) ปริมาณกรดเฟอรูลิก ปริมาณสารแอนโทไซยานิน ปริมาณสารแกมม่าออไรซานอล ปริมาณวิตามินอี ปริมาณสารประกอบฟีนอลิกอย่างง่ายและสเตอรอลบางชนิด       ในตัวอย่างข้าวจำนวน 120 พันธุ์/สายพันธุ์พบว่า มีสารหอม 2AP ในข้าวเพียง 33 พันธุ์/สายพันธุ์จากทั้งหมด 120 พันธุ์/สายพันธุ์ที่นำมาวิเคราะห์ โดยปริมาณสาร 2AP มีความแตกต่างกันระหว่าง 0.07 – 3.17 µg/g โดยพันธุ์ที่มีปริมารสารหอม 2AP สูงสุดคือ พันธุ์ข้าวหอม ปริมาณสารแอนโทไซยานินที่พบในตัวอย่างพันธุ์/สายพันธุ์ข้าวที่นำมาวิเคราะห์มีเพียง 3 พันธุ์เท่านั้น คือ พันธุ์ข้าวกล่ำหอม ก่ำเลี้ยว และขาวคัด โดยมีปริมาณสารแอนโทไซยานิน 1,674.49 832.46 และ 16.82 µg/g ตามลำดับ ปริมาณกรดเฟอรูลิกในตัวอย่างข้าวที่นำมาวิเคราะห์จะอยู่ระหว่าง 0.96 – 6.63 µg/g โดยพันธุ์ที่มีปริมาณกรดเฟอรูลิกสูงสุด คือ ข้าวพันธุ์ขาวคัด ปริมาณวิตามินอีรวมที่พบในตัวอย่างข้าวจะอยู่ระหว่าง 20.61 – 169.34 µg/g โดยพบมากที่สุดในข้าวพันธุ์เม็ดมะเขือ ปริมาณสารแกมม่าออไรซานอลที่พบจะอยู่ระหว่าง 542.12 – 2,111.66 µg/g โดยพบมากที่สุดในข้าวพันธุ์หมากบิด สารประกอบฟีนอลิกอย่างง่ายที่พบ และทราบโครงสร้างแน่นอนมี จำนวน 11 สาร แต่ที่พบในข้าวเกือบทุกพันธุ์/สายพันธุ์คือ 2-methoxy-4-vinylphenol ซึ่งมีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระ นอกจากนี้ในรำข้าวเกือบทุกพันธุ์จะพบสารสเตอรอลที่ทราบโครงสร้างแน่นอนจำนวน 5 ชนิด แต่ที่พบมากที่สุดคือสาร g-sitosterol ประโยชน์ที่จะได้รับของโครงการนี้ คือ นักวิจัย นักวิชาการ สามารถนำองค์ความรู้ที่ได้ไปประยุกต์ใช้ในการพัฒนาชุดเครื่องหมายดีเอ็นเอ และฐานข้อมูลสนิปส์ของข้าวไทย เพื่อใช้ประโยชน์ในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวของประเทศ
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: กรมการข้าว
คำสำคัญ: ฐานข้อมูลรูปแบบความแปรผันของลำดับนิวคลีโอไทด์
คำสำคัญ (EN): SNP Database
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". กรมการข้าว. 2560

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". กรมการข้าว. 2560. Print.



TARR Wordcloud:
การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์
กรมการข้าว
13 กันยายน 2560
กรมการข้าว
แป้งข้าวก่ำดัดแปรและผลิตภัณฑ์จากข้าวก่ำเพื่อประโยชน์ด้านสุขภาพ เชิงป้องกัน ข้าวให้พลังงานผสานคุณค่าอาหาร การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย การติดตามตรวจสอบสารกลุ่มโพลีไซคลิกอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอนในอากาศริมถนนโดยใช้ใบไม้ในเขตจังหวัดนนทบุรี ความสัมพันธ์ของพันธุ์ข้าวส่งเสริมบางพันธุ์ต่อปริมาณประชากรของ โครงการพัฒนาฐานข้อมูลข้าวเหนียวเพื่อความมั่นคงทางอาหาร คุณภาพเมล็ดข้าวเมื่อปลูกในดินเค็มและน้ำกร่อยที่ระดับความอุดมสมบูรณ์ต่างกัน ผลการตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่นที่เกิดจากความเค็มในสายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวไทย คุณภาพข้าวสุกจากการผสมข้าว กข 23 และ ชัยนาท 1 ในขาวดอกมะลิ 105 การประยุกต์ใช้ไอโซโทปเทคนิคในการศึกษาประสิทธิภาพของการใส่ปุ๋ยเพื่อการปลูก ข้าวในพื้นที่ภาคกลางของประเทศไทย
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair