สืบค้นงานวิจัย
การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪
Chomcheun Siripunkaw - มหาวิทยาลัยมหิดล
ชื่อเรื่อง: การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪
ชื่อเรื่อง (EN): (Elephas maximus)‬
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Chomcheun Siripunkaw
บทคัดย่อ: ในปัจจุบันเทคนิคทางอณูชีววิทยาสามารถนำมาประยุกต์อย่างกว้างขวางและเอื้อประโยชน์ในการศึกษา เชิงนิเวศวิทยาของสิ่งมีชีวิตนานาชนิด รวมถึงสิ่งมีชีวิตที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ด้วย งานวิจัยนี้มุ่งเน้นการศึกษาความ หลากหลายทางพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ (microsatellite) เพื่อนำมาประยุกต์ในการจำแนกช้างแต่ละตัว ทั้งนี้เพื่อเป็นฐานข้อมูลในการศึกษาเชิงนิเวศวิทยาและการอนุรักษ์ช้างป่าของไทยต่อไป การศึกษานี้ได้ใช้เทคนิค การเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วยวิธี polymerase chain reaction (PCR) และได้นำไพรเมอร์ (primers) ที่ใช้ในการเพิ่ม จำนวนชิ้นดีเอ็นเอ ของไมโครแซทเทลไลท์ ซึ่งเคยใช้ในการศึกษาช้างแอฟริกัน (Loxodonta Africana) จำนวน 8 ตำแหน่ง (loci)ได้แก่ LafMS01, LafMS02, LafMS03, LafMS04, FH48, FH60, FH94, and FH102 มาทดสอบ ความเป็นไปได้ในการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ ในตำแหน่งเดียวกันนี้ในช้างไทย (Elephas maximus) ซึ่งเป็นช้างเลี้ยงจำนวน 20 เชือก ทั้งนี้พบว่าไพรเมอร์ดังกล่าวมีความสามารถในการเพิ่ม ปริมาณสารพันธุกรรมที่สกัดจากตัวอย่างเลือดช้างและจากตัวอย่างมูลช้าง 98% และ 63% ตามลำดับ ทำให้สามารถ คาดคะเนได้ว่า primer annealing site หรือตำแหน่งจับที่จำเพาะของไพรเมอร์กับดีเอ็นเอตั้งต้น (DNA template)ได้ ถูกอนุรักษ์ไว้ตลอดช่วงเวลา 5 ล้านปีนับตั้งแต่ช้างสองสายพันธุ์นี้ได้แยกวิวัฒนาการออกจากกัน ในการศึกษานี้ได้ ประเมินความแปรผันทางพันธุกรรม โดยพิจารณาจากจำนวนอัลลีล (allele) ที่พบและค่าแสดงจำนวนลูกผสม (heterozygosity) จากข้อมูลการศึกษาสารพันธุกรรมจากเลือดพบว่าตำแหน่ง FH102 มีความแปรผันทางพันธุกรรม สูงสุด และรองมาคือตำแหน่ง LafMS03, FH94, FH60, LafMS01, LafMS02, FH48 และ LafMS04 ตามลำดับ ซึ่ง ถ้าพิจารณาเลือกไมโครแซทเทลไลท์ตำแหน่งที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงจำนวน 4 ตำแหน่ง (FH102, LafMS03, FH94, และ FH60) มาทำการจีโนไทป์ (genotyping) ขนาดของอัลลีลโดยใช้สารพันธุกรรมจากมูลช้าง จะมีโอกาสจีโนไทป์ได้อย่างแม่นยำ56% และมีจำนวนชนิดจีโนไทป์ได้สูงสุด 55,296 ชนิด อย่างไรก็ตามสารพันธุ กรรมที่สกัดได้จากมูลช้างนั้นมักจะมีคุณภาพและปริมาณต่ำ ซึ่งมักจะก่อให้เกิดความผิดพลาดในการจีโนไทป์สูง ดังนั้นเทคนิคทางอณูชีววิทยาในการสกัดและเพิ่มปริมาณสารพันธุ-กรรม (PCR) น่าจะสามารถเพิ่มประสิทธิภาพ การใช้ไมโครแซทเทลไลท์เหล่านี้ในการศึกษาทรัพยากรสัตว์ป่าได้ดียิ่งขึ้นต่อไป
บทคัดย่อ (EN): Microsatellites are now being widely used as highly informative genetic markers for studying molecular ecology in various organisms, including in endangered species. This research intends to use highly polymorphic microsatellite loci to generate markers for individual identification of the Asian elephant with sufficient reliability for application in future ecological study of wild the Asian elephant. The study simply took the advantages of using 8 pairs of cross-species primers that had been developed from African elephant (LafMS01, LafMS02, LafMS03, LafMS04, FH48, FH60, FH94, and FH102) for trial of Polymerase Chain Reaction (PCR) on the captive Asian elephant without the need of developing species-specific primers. The potential of cross-species primers was supported with their efficiencies of amplifying orthologous loci of 98% from DNA derived from blood samples and 63% from DNA derived from dung samples. Thus it is possible to infer that microsatellite primer binding sites of these loci have been conserved through 5 million years of evolutionary divergence. The genotyping results of amplified microsatellite fragment sizes using DNA derived from blood as templates were used for evaluation of microsatellite polymorphism. The most polymorphic loci, ranked from the most polymorphic to the least were as follows: FH102 (with 9 existing alleles, H0 of 0.85 and 32 available genotypes), LafMS03 (with 7 existing alleles, H0 of 0.75 and 18 available genotypes), FH94 (with 6 existing alleles, H0 of 0.70 and 12 available genotypes), LafMS01 (with 4 existing alleles, H0 of 0.70 and 5 available genotypes), FH60 (with 5 existing alleles, H0 of 0.65 and 8 available genotypes), LafMS02 (with exiting alleles of 3, H0 of 0.40 and 4 available genotypes), FH48 (with 3 existing alleles, H0 of 0.056 and 3 available genotypes), and LafMS04 (with existing alleles of 3 and H0 of 0.05 and 3 available genotypes). Genotyping using 4 loci-genotyping, a multi-locus genotyping approach, of FH102, LafMS03, FH94 and FH60, reveal the possibility in obtaining correct genotyping of DNA derived from dung samples of 56% and enable 55,296 available genotypes. However, the improvement of molecular techniques in order to aid extraction yield and increase PCR efficiency will increase the reliability of genotyping which uses microsatellite markers for non-invasive genotyping to study this freeranging animal
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=126&RecId=1051&obj_id=1393
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): Microsatellites (Genetics)
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยมหิดล
รายละเอียด: ในปัจจุบันเทคนิคทางอณูชีววิทยาสามารถนำมาประยุกต์อย่างกว้างขวางและเอื้อประโยชน์ในการศึกษา เชิงนิเวศวิทยาของสิ่งมีชีวิตนานาชนิด รวมถึงสิ่งมีชีวิตที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ด้วย งานวิจัยนี้มุ่งเน้นการศึกษาความ หลากหลายทางพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ (microsatellite) เพื่อนำมาประยุกต์ในการจำแนกช้างแต่ละตัว ทั้งนี้เพื่อเป็นฐานข้อมูลในการศึกษาเชิงนิเวศวิทยาและการอนุรักษ์ช้างป่าของไทยต่อไป การศึกษานี้ได้ใช้เทคนิค การเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วยวิธี polymerase chain reaction (PCR) และได้นำไพรเมอร์ (primers) ที่ใช้ในการเพิ่ม จำนวนชิ้นดีเอ็นเอ ของไมโครแซทเทลไลท์ ซึ่งเคยใช้ในการศึกษาช้างแอฟริกัน (Loxodonta Africana) จำนวน 8 ตำแหน่ง (loci)ได้แก่ LafMS01, LafMS02, LafMS03, LafMS04, FH48, FH60, FH94, and FH102 มาทดสอบ ความเป็นไปได้ในการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมของไมโครแซทเทลไลท์ ในตำแหน่งเดียวกันนี้ในช้างไทย (Elephas maximus) ซึ่งเป็นช้างเลี้ยงจำนวน 20 เชือก ทั้งนี้พบว่าไพรเมอร์ดังกล่าวมีความสามารถในการเพิ่ม ปริมาณสารพันธุกรรมที่สกัดจากตัวอย่างเลือดช้างและจากตัวอย่างมูลช้าง 98% และ 63% ตามลำดับ ทำให้สามารถ คาดคะเนได้ว่า primer annealing site หรือตำแหน่งจับที่จำเพาะของไพรเมอร์กับดีเอ็นเอตั้งต้น (DNA template)ได้ ถูกอนุรักษ์ไว้ตลอดช่วงเวลา 5 ล้านปีนับตั้งแต่ช้างสองสายพันธุ์นี้ได้แยกวิวัฒนาการออกจากกัน ในการศึกษานี้ได้ ประเมินความแปรผันทางพันธุกรรม โดยพิจารณาจากจำนวนอัลลีล (allele) ที่พบและค่าแสดงจำนวนลูกผสม (heterozygosity) จากข้อมูลการศึกษาสารพันธุกรรมจากเลือดพบว่าตำแหน่ง FH102 มีความแปรผันทางพันธุกรรม สูงสุด และรองมาคือตำแหน่ง LafMS03, FH94, FH60, LafMS01, LafMS02, FH48 และ LafMS04 ตามลำดับ ซึ่ง ถ้าพิจารณาเลือกไมโครแซทเทลไลท์ตำแหน่งที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงจำนวน 4 ตำแหน่ง (FH102, LafMS03, FH94, และ FH60) มาทำการจีโนไทป์ (genotyping) ขนาดของอัลลีลโดยใช้สารพันธุกรรมจากมูลช้าง จะมีโอกาสจีโนไทป์ได้อย่างแม่นยำ56% และมีจำนวนชนิดจีโนไทป์ได้สูงสุด 55,296 ชนิด อย่างไรก็ตามสารพันธุ กรรมที่สกัดได้จากมูลช้างนั้นมักจะมีคุณภาพและปริมาณต่ำ ซึ่งมักจะก่อให้เกิดความผิดพลาดในการจีโนไทป์สูง ดังนั้นเทคนิคทางอณูชีววิทยาในการสกัดและเพิ่มปริมาณสารพันธุ-กรรม (PCR) น่าจะสามารถเพิ่มประสิทธิภาพ การใช้ไมโครแซทเทลไลท์เหล่านี้ในการศึกษาทรัพยากรสัตว์ป่าได้ดียิ่งขึ้นต่อไป
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Chomcheun Siripunkaw. "การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪(Elephas maximus)‬". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2546

Chomcheun Siripunkaw. "การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪(Elephas maximus)‬". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2546. Print.



TARR Wordcloud:
การประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมของตำแหน่งไมโครแซทเทลไลท์ในช้างไทย ‪
Chomcheun Siripunkaw
มหาวิทยาลัยมหิดล
2546
การประมาณค่าพารามิเตอร์ทางพันธุกรรมและการค้นหาเครื่องหมาย ดีเอ็นเอไมโครแซทเทลไลท์ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะการเจริญเติบโต ของกุ้งกุลาด า (Penaeus monodon Fabricius) การอนุรักษ์และการจัดการช้างในประเทศไทย การประเมินความยั่งยืนของการปลูกข้าวหอมมะลิของประเทศไทย ในประเทศไทย การพัฒนาเครื่องหมายทางพันธุกรรมของหอยเป๋าฮื้อเขตร้อนในประเทศไทย การประเมินปริมาณน้ำที่เพิ่มเติมให้กับแหล่งน้ำบาดาลของลุ่มน้ำในประเทศไทย ลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อ Toxoplasma gondii จากไก่เลี้ยงปล่อยในประเทศไทย การประเมินความเสี่ยงเชิงปริมาณของเชื้อ Vibrio parahaemolyticus ในกุ้งแช่แข็งไทย การประเมินศักยภาพและเทคโนโลยีการผลิตเชื้อเพลิงเหลวจากมวลชีวภาพในประเทศไทย การประเมินคุณภาพของน้ำผึ้งไทยและการพัฒนาเจลลิปสติกจากน้ำผึ้ง
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair