สืบค้นงานวิจัย
Two-phase importance sampling for inference about transmission trees
Numminen E. - ไม่ระบุหน่วยงาน
ชื่อเรื่อง (EN): Two-phase importance sampling for inference about transmission trees
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Numminen E.
บทคัดย่อ (EN): There has been growing interest in the statistics community to develop methods for inferring transmission pathways of infectious pathogens from molecular sequence data. For many datasets, the computational challenge lies in the huge dimension of the missing data. Here, we introduce an importance sampling scheme in which the transmission trees and phylogenies of pathogens are both sampled from reasonable importance distributions, alleviating the inference. Using this approach, arbitrary models of transmission could be considered, contrary to many earlier proposed methods. We illustrate the scheme by analysing transmissions of Streptococcus pneumoniae from household to household within a refugee camp, using data in which only a fraction of hosts is observed, but which is still rich enough to unravel the within-household transmission dynamics and pairs of households between whom transmission is plausible. We observe that while probability of direct transmission is low even for the most prominent cases of transmission, still those pairs of households are geographically much closer to each other than expected under random proximity. © 2014 The Author(s) Published by the Royal Society. All rights reserved.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): en
เอกสารแนบ (EN): https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-84908136656&doi=10.1098%2frspb.2014.1324&partnerID=40&md5=9a36fd61e4a326903617c3834e7f26e3
เผยแพร่โดย (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): Streptococcus
เจ้าของลิขสิทธิ์ (EN): มหาวิทยาลัยมหิดล
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Numminen E.. "Two-phase importance sampling for inference about transmission trees". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.

Numminen E.. "Two-phase importance sampling for inference about transmission trees". ไม่ระบุหน่วยงาน. ม.ป.ป.. Print.



TARR Wordcloud:
Two-phase importance sampling for inference about transmission trees
Numminen E.
มหาวิทยาลัยมหิดล
ไม่ระบุวันที่เผยแพร่
Online respondent-driven sampling for studying contact patterns relevant for the spread of close-contact pathogens: A pilot study in Thailand Comparison of contact patterns relevant for transmission of respiratory pathogens in Thailand and The Netherlands using respondent-driven sampling Vertical transmission and concurrent infection of multiple bacterial pathogens in naturally infected red tilapia (Oreochromis spp.) Elimination of mother-to-child transmission of HIV - Thailand Vector bionomics and malaria transmission along the Thailand-Myanmar border: a baseline entomological survey Who acquires infection from whom and how? Disentangling multi-host and multimode transmission dynamics in the ‘elimination’ era Chemical Control of Chinese Taxillus on Rubber Trees General Situation of Diseases on Rubber Trees in China Spatial variations in dengue transmission in schools in Thailand The Importance of Degree Of Freedom (DF) in Biological Experiments
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair