สืบค้นงานวิจัย
การค้นหากลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์แป้งในมันสำปะหลังด้วยเทคนิค Suppression subtractive hybridization.
Jaruswan Warakanont - มหาวิทยาลัยมหิดล
ชื่อเรื่อง: การค้นหากลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์แป้งในมันสำปะหลังด้วยเทคนิค Suppression subtractive hybridization.
ชื่อเรื่อง (EN): Uncovering genes involved in cassava starch biosynthesis through suppression subtractive hybridization
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Jaruswan Warakanont
บทคัดย่อ: ในความพยายามที่จะค้นหากลุ่มยีนที่ทำหน้าที่เกี่ยวข้องในวิถีชีวสังเคราะห์แป้งในมัน สำปะหลัง เทคนิค Suppression Subtractive Hybridization (SSH) ได้ถูกนำมาเปรียบเทียบกลุ่ม ยีนทั้งหมดใน transcriptome ของมันสำปะหลังที่ปลูกในฤดูฝนและในฤดูแล้ง เนื่องจากปริมาณน้ำที่ พืชได้รับในช่วงแรกของการเจริญเติบโตส่งผลกระทบโดยตรงต่อคุณภาพและปริมาณของแป้ง ดังนั้น ในการทดลองนี้ห้องสมุด cDNA จากเทคนิค SSH ได้ถูกสร้างขึ้นจากรากสะสมอาหารของต้นมัน สำปะหลังที่ปลูกในฤดูฝนเรียกว่า wet-subtracted library และที่ปลูกในฤดูแล้งเรียกว่า drysubtracted library เพื่อค้นหายีนที่มีระดับการแสดงออกที่แตกต่างในสภาวะแวดล้อมดังกล่าว ยีนที่ ทำหน้าที่ต่างๆเช่น transcription factor, signal transduction, hormone response, defense response, transporter และ chaperone ได้ถูกค้นพบ นอกจากนี้ยังมียีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่และยีน ที่มีลำดับอะมิโนไม่ตรงกับโปรตีนอื่น ยีนเหล่านี้มีความเป็นไปได้ที่จะเป็นยีนจำเพาะของมัน สำปะหลัง ยีนจำนวนหนึ่งจากยีนทั้งหมดได้ถูกคัดเลือกมาศึกษาการแสดงออก ในรากฝอย และใน รากสะสมอาหารของพืชที่ปลูกในฤดูฝนและฤดูแล้งที่อายุ 3, 6, 9 และ 12 เดือน ในจำนวนนี้มียีน 5 ยีน จาก wet-subtracted library ได้ถูกพิสูจน์ว่ามีการแสดงออกมากในรากสะสมอาหารของพืชที่ ปลูกในฤดูฝน ได้แก่ ยีนถอดรหัสโปรตีน AtbZIP60, CCR4-NOT complex, neuronal nitric oxide synthase protein inhibitor, RAV-like DNA binding protein และ regulator of gene silencing-calmodulin-like protein นอกจากนั้นยังพบว่าทั้ง 5 ยีนดังกล่าวและยีน NAP57 ยังมี การแสดงออกมากในรากฝอยด้วย ดังนั้นจึงมีความเป็นไปได้ที่ยีนเหล่านี้จะทำหน้าที่เกี่ยวข้องกับการ เจริญเติบโตและการพัฒนาของรากสะสมอาหาร ในส่วนของ dry-subtracted library ยีน ARP1, aquaporin, ยีนที่มีลำดับอะมิโนไม่ตรงกับโปรตีนชนิดอื่น D28H4 และ low molecular weight heat-shock protein ได้ถูกพิสูจน์ว่ามีการแสดงออกมากในรากสะสมอาหารของพืชที่ปลูกในฤดูแล้ง และมีความเป็นไปได้ที่จะนำไปใช้ในการพัฒนามันสำปะหลังหรือพืชอื่นให้มีความทนแล้งมากขึ้น ทั้งนี้ความรู้ที่ได้จากการทดลองนี้จะเป็นประโยชน์ต่อการนำไปสู่การพัฒนาพันธุ์มันสำปะหลังให้มี คุณภาพและปริมาณแป้งดีตรงตามความต้องการของภาคอุตสาหกรรมในอนาคต
บทคัดย่อ (EN): In an effort to understand the genetic control of starch biosynthesis in cassava, the efficient functional genomic tool, Suppression Subtractive Hybridization, was chosen to investigate the cassava transcriptome. Based on the fact that the initial water supply is documented as one of the main factors affecting the starch quality and yield, the experiment was carried out by subtracting the good starch-producing crop represented by the 6 months-old cassava storage roots grown in the wet season from the poor starch-producing one represented by those grown in the dry season. Two subtracted cDNA libraries were constructed and approximately a thousand clones were subjected to PCR-based differential screening. Hundreds of clones gave positive differential screening results. A number of them were selected to determine the sequence. Several functional proteins, unknown proteins, hits with low significant similarity, and no homology hits were found to be up-regulated in both subtracted libraries. The functional proteins were involved in several physiological processes such as transcription factors, signal transduction proteins, hormone responding proteins, defense responding proteins, cell wall-associated proteins, transporters, and chaperones. The unknown function proteins, hits with low significance, and no hits were good candidates for cassava specific or novel functional proteins. Some of the identified transcripts were subjected to expression profile analysis by semi-quantitative RT-PCR technique with fibrous roots and storage roots (at 3, 6, 9 and 12 months old) grown in wet and dry crops as experimental samples. The genes from the wet subtracted library: AtbZIP60, CCR4- NOT complex, neuronal nitric oxide synthase protein inhibitor, RAV-like DNA binding protein and regulator of gene silencing-calmodulin-like protein were up-regulated in all ages of the wet crop samples while low expression levels were detected or absent in the dry crop samples. Interestingly, these 5 genes and NAP57 were highly expressed in the fibrous roots and could potentially play roles in storage root growth and development. In the dry library, genes coding for ARP1, aquaporin, D28H4, and low molecular weight heat shock protein were proved to be differentially expressed in drought condition and are therefore good candidates for future exploitation in drought improvement. The knowledge gained from this study provides more insights into the starch biosynthesis process and water stress response of the cassava plant.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=126&RecId=5694&obj_id=5508
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยมหิดล
คำสำคัญ (EN): Suppression subtractive hybridization
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยมหิดล
รายละเอียด: ในความพยายามที่จะค้นหากลุ่มยีนที่ทำหน้าที่เกี่ยวข้องในวิถีชีวสังเคราะห์แป้งในมัน สำปะหลัง เทคนิค Suppression Subtractive Hybridization (SSH) ได้ถูกนำมาเปรียบเทียบกลุ่ม ยีนทั้งหมดใน transcriptome ของมันสำปะหลังที่ปลูกในฤดูฝนและในฤดูแล้ง เนื่องจากปริมาณน้ำที่ พืชได้รับในช่วงแรกของการเจริญเติบโตส่งผลกระทบโดยตรงต่อคุณภาพและปริมาณของแป้ง ดังนั้น ในการทดลองนี้ห้องสมุด cDNA จากเทคนิค SSH ได้ถูกสร้างขึ้นจากรากสะสมอาหารของต้นมัน สำปะหลังที่ปลูกในฤดูฝนเรียกว่า wet-subtracted library และที่ปลูกในฤดูแล้งเรียกว่า drysubtracted library เพื่อค้นหายีนที่มีระดับการแสดงออกที่แตกต่างในสภาวะแวดล้อมดังกล่าว ยีนที่ ทำหน้าที่ต่างๆเช่น transcription factor, signal transduction, hormone response, defense response, transporter และ chaperone ได้ถูกค้นพบ นอกจากนี้ยังมียีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่และยีน ที่มีลำดับอะมิโนไม่ตรงกับโปรตีนอื่น ยีนเหล่านี้มีความเป็นไปได้ที่จะเป็นยีนจำเพาะของมัน สำปะหลัง ยีนจำนวนหนึ่งจากยีนทั้งหมดได้ถูกคัดเลือกมาศึกษาการแสดงออก ในรากฝอย และใน รากสะสมอาหารของพืชที่ปลูกในฤดูฝนและฤดูแล้งที่อายุ 3, 6, 9 และ 12 เดือน ในจำนวนนี้มียีน 5 ยีน จาก wet-subtracted library ได้ถูกพิสูจน์ว่ามีการแสดงออกมากในรากสะสมอาหารของพืชที่ ปลูกในฤดูฝน ได้แก่ ยีนถอดรหัสโปรตีน AtbZIP60, CCR4-NOT complex, neuronal nitric oxide synthase protein inhibitor, RAV-like DNA binding protein และ regulator of gene silencing-calmodulin-like protein นอกจากนั้นยังพบว่าทั้ง 5 ยีนดังกล่าวและยีน NAP57 ยังมี การแสดงออกมากในรากฝอยด้วย ดังนั้นจึงมีความเป็นไปได้ที่ยีนเหล่านี้จะทำหน้าที่เกี่ยวข้องกับการ เจริญเติบโตและการพัฒนาของรากสะสมอาหาร ในส่วนของ dry-subtracted library ยีน ARP1, aquaporin, ยีนที่มีลำดับอะมิโนไม่ตรงกับโปรตีนชนิดอื่น D28H4 และ low molecular weight heat-shock protein ได้ถูกพิสูจน์ว่ามีการแสดงออกมากในรากสะสมอาหารของพืชที่ปลูกในฤดูแล้ง และมีความเป็นไปได้ที่จะนำไปใช้ในการพัฒนามันสำปะหลังหรือพืชอื่นให้มีความทนแล้งมากขึ้น ทั้งนี้ความรู้ที่ได้จากการทดลองนี้จะเป็นประโยชน์ต่อการนำไปสู่การพัฒนาพันธุ์มันสำปะหลังให้มี คุณภาพและปริมาณแป้งดีตรงตามความต้องการของภาคอุตสาหกรรมในอนาคต
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

Jaruswan Warakanont. "การค้นหากลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์แป้งในมันสำปะหลังด้วยเทคนิค Suppression subtractive hybridization.Uncovering genes involved in cassava starch biosynthesis through suppression subtractive hybridization". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2550

Jaruswan Warakanont. "การค้นหากลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์แป้งในมันสำปะหลังด้วยเทคนิค Suppression subtractive hybridization.Uncovering genes involved in cassava starch biosynthesis through suppression subtractive hybridization". มหาวิทยาลัยมหิดล. 2550. Print.



TARR Wordcloud:
การค้นหากลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์แป้งในมันสำปะหลังด้วยเทคนิค Suppression subtractive hybridization.
Jaruswan Warakanont
มหาวิทยาลัยมหิดล
2550
การศึกษาพันธุศาสตร์โมเลกุลของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์น้ำตาลในน้ำมันสำปะหลัง การค้นหาและศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการตายของเซลล์ในกุ้งกุลาดำ การหารูปแบบทางพันธุกรรมที่จำเพาะต่อปริมาณแป้งในมันสำปะหลัง การหาสภาวะที่เหมาะสมที่สุดของเทคนิค PCR-multiplex SSCP เพื่อค้นหาการกลายพันธุ์และความหลากหลายในยีน LDL receptor การค้นหาและการยืนยันผลของการกลายพันธุ์ในยีน LDL receptor การศึกษาทางพันธุศาสตร์โมเลกุลและการแสดงออกของยีนโปรตีนขนส่งน้ำตาลซูโครสในมันสำปะหลัง การศึกษาความหลากหลายของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ reduced polyketides จากราที่แยกได้ในประเทศไทย การปรับปรุงวิถีการสังเคราะห์แป้งในพืชโดยวิธีการวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบในระดับจีโนม การผลิตเอทานอลจากเหง้ามันสำปะหลัง การตรวจหายีน enterotoxin จากเชื้อ Bacillus cereus โดยเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอเรส
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair