สืบค้นงานวิจัย
การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ
สุรีพร เกตุงาม - มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
ชื่อเรื่อง: การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ
ชื่อเรื่อง (EN): Assessment of Genetic Relationships of Local Thai Doritis Germplasm in North -East of Thailand using DNA Markers
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: สุรีพร เกตุงาม
คำสำคัญ:
คำสำคัญ (EN):
บทคัดย่อ: วัตถุประสงค์ของงานวิจัยนี้เพื่อประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุล ม้าวิ่งต้นโตยใช้เครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอ เชื้อพันธุกรรมกล้วยไม้ที่นำมาศึกษาได้มาจากแหล่ง กระจายพันธุ์ใน 5 จังหวัด ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทยได้แก่ อุบลราชธานี ร้อยเอ็ด มุกดาหาร เลย และศรีสะเกษ รวม จำนวน 69 สายต้น จากการเปรียบเทียบวิธีการสกัดดีเอ็นเอ 4 วิธี พบว่า วิธีการสกัดดีเอ็นเอที่เหมาะสมในการสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง คือ วิธี 29 CTAB with phenol-chloroform ของ Sue et al. (1997 โดยดีเอ็นเอที่สกัดได้มีปริมาณมาก เฉลี่ย 5-10 ไมโครกรัม และ คุณภาพดี โดยมีลักษณะใสไม่มีสี และวิธีนี้มีการปนเปื้อนของโพลีแชค คาไรด์ และสารประกอบฟิโนลิก น้อย เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีอื่น การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งจำนวน 50 สายต้น โดยเทคนิคอาร์เอพีดี เริ่มจากการศึกษระดับความเข้มข้นขององค์ประกอบสารละลายในปฏิกิริยา อาร์เอพีดีที่เหมาะสม กำหนดตัวแปรขององค์ประกอบสารละลายที่จะศึกษา 3 ตัวแปรได้แก่ ความ เข้มข้นของดีเอ็นเอ 2 ระดับ ได้แก่ 10 และ20 นาโนกรัม ความเข้มข้นของแมกนีเซียมคลอไรด์ 3 ระดับ ไต้แก่ 2, 2.5 and 3.0 มิลลิโมลาร์ ความเข้มข้น Tag DNA polymerase 2 ระดับ ได้แก่ 0.5 และ 1 ยูนิต และ กำหนดความเข้มข้นของ dNTPs และไพรเมอร์ OPA01 คงที่ คือ 200 และ 0.6 ไมโครโมลาร์ ตามลำดับ เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอโตยใช้ PCR profile ดังนี้ 94 องศาเซลเซียส นาน 5 นาที ตามต้วยโปรแกรมการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอ 40 รอบ ที่ Denaturation 94 องศาเซลเซียส นาน 1 นาที Annealing 36 องศาเซลเชียส นาน 1 นาที และ Extension 72 องศาเซลเชียส นาน 2 นาที ตามด้วย Long Extension ที่ 72 องศาเซลเซียส นาน 10 นาที ผลการศึกษา พบว่า ระดับ ความเข้มข้นขององค์ประกอบสารละลายพีซีอาร์ของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งโดยเทคนิคอาร์เอพีดีที่ เหมาะสมในปริมาตรรวม 20 ไมครลิตรด้แก่ เอ็นต้นแบบ 10 นาโนกรัม Taq DNA polymerase 1 ยูนิต แมกนีเชียมคลอไรด์ (MeCเ ) 2.5 มิลลิโมลาร์ dNTPs 200 ไมโครโมลาร์ ไพร เมอร์อาร์เอพีดี 0.6 ไมโครโมลาร์ และ สารละลาย PCR buffer 1X จากกรคัดกรองไพรเมอร์อาร์ เอพีดี จำนวน 110 ไพรเมอร์ พบว่า มี 27 ไพรเมอร์ให้แถบดีเอ็นเอที่ชัดเจน และแสดงความ แตกต่างระหว่างสายต้น (polymorphism) เมื่อนำไพรเมอร์ดังกล่าวมาสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอของ กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งจำนวน 50 สายต้น สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอได้แถบดีเอ็นเอที่แสดงความ แตกต่างระหว่างพันธุ์ (เครื่องหมายอาร์เอพีดี จำนวน 204 เครื่องหมาย แต่ละไพรเมอร์ไห้ เครื่องหมายอาร์เอพีดีได้ จำนวน ตั้งแต่ 2 ถึง 15 เครื่องหมาย คิดเป็นค่าเฉลี่ยเท่ากับ 7 เครื่องหมาย ต่อไพรเมอร์ นำข้อมูลเครื่องหมายอาร์เอพีดีมาวิเคราะห์ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทางพันธุกรรม โดยวิธีของ Dice (Dices Similarity coefficient) พบว่า มีค่าตั้งแต่ 0.43 ถึง 0.98 คิดเป็นค่าเฉลี่ย เท่ากับ 0.69 เมื่อนำมาจัดกลุ่มทางพันธุกรรมโดยวิธี UPGMA (UPGMA cluster analysis) และ วิเคราะห์ปัจจัยหลัก (Principal component analysis: PCA พบว่า จัดกลุ่มทางพันธุกรรมของ กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่ และแยกกลุ่มกล้วยไม้ม้าวิ่ง และกล้วยไม้แดงอุบลได้อย่าง ชัดเจน ค่าผลรวมที่ได้จากกรวิคราะห์ปัจจัยหลัก สามปัจจัยแรกสามารถอธิบายความผันแปร ทั้งหมดของการประเมินความเหมือนทางพันธุกรรมได้ 43.71 เปอร์เซ็นต์และ ประเมินความ เหมาะสมของการจัดกลุ่มทางพันธุกรรมจากค่า cophenetic correlation coefficient (r) พบว่า มีความน่าเชื่อถือในระดับปานกลาง ( r= 0.75) การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งจำนวน 51 สายต้น ในภาค ตะวันออกเฉียงเหนือโดยใช้เทคนิคเอเอฟแอลพี จากการคัดกรองไพรเมอร์เอเอฟแอลพี (EcoRI+3 /Msel+3) จำนวน 40 คู่ พบว่า มี 12 คู่ไพรเมอ ให้แถบลายพิมพ์ดีเอ็นเอชัดเจน ได้แถบดีเอ็นเอที่ แสดงความแตกต่างระหว่างพันธุ์ (AFLP markers) จำนวน 319 เครื่องหมาย คิดเป็นค่าเฉลี่ย 26.58 เครื่องหมายต่อคูไพรเมอร์ ค่า polymorphic information content (PIC)หรือ heterozygosity ของเครื่องหมายเอเอฟแอลพี มีค่าตั้งแต่ 0.01-0.50 โดยค่า PICร ในช่วง 0.46- 0.50 คิดเป็น 70 เปอร์เซ็นต์ของจำนวนเครื่องหมายทั้งหมด นำข้อมูลเครื่องหมายเอเอฟแอลพีมา ประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมโดยวิธีของ Dice พบว่าค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทาง พันธุกรรมของเชื้อพันธุกรรมกลัวยไม้ม้าวิ่งที่ศึกษา มีค่าตั้งแต่ 0.46 ถึง 0.98 คิดเป็นค่าเฉลี่ยเท่ากับ 0.67 จากนั้นนำข้อมูลความเหมือนทงพันธุกรรมมาจัดกลุ่มโดยใช้วิธี UPGMA และการวิเคราะห์ ปัจจัยหลัก (PCA) สามารถจัดกลุ่มกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งได้เป็น 4 กลุ่ม และแยกกลุ่มกล้วยไม้ม้าวิ่ง และ กล้วยไม้แดงอุบลได้อย่างชัดเจน ผลการวิเคราะห์ปัจจัยหลัก (PCA) สามพารามิเตอร์แรก สามารถ อธิบายความผันแปรของการประเมินความเหมือนทางพันธุกรรมได้ 52.82 เปอร์เซ็นต์ การจัดกลุ่ม ทางพันธุกรรมมีความน่าเชื่อถือในระดับสูง ( r = 0.86) การเปรียบเทียบประสิทธิภาพระหว่างเทคนิคอาร์เอพีดี และเอเอฟแอลพี ในการประเมิน ความผันแปรทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง จำนวน 32 สายต้น พบว่า การสร้างลายพิมพ์ ดีเอ็นเอของเชื้อพันธุกรรมกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง จากเทคนิคอาร์เอพีดี จำนวน 22 3ssays และ เทคนิค เอเอฟแอลพี จำนวน 12 assays สามารถได้ polymorphic markers จำนวน 165 และ 299 เครื่องหมาย ตามลำดับ คิดเป็นค่าเฉลี่ย 7.5 และ 26.58 เครื่องหมายต่อ assay ตามลำดับ โดย พบว่า เทคนิคเอเอฟแอลพีสามารถให้ค่า effective multiplex ratio ซึ่งหมายถึง จำนวนของ polymorphic marker ที่ได้ในหนึ่งปฏิกิริยา สูงกว่า เทคนิคอาร์เอพีดี ถึง 3.5 เท่า และเมื่อ พิจารณาคำา marker index ซึ่งเป็นผลคูณระหว่างค่ effective mutiplex ratio และค่ heterozygosity พบว่า เทคนิคเอเอฟแอลพี มีค่า marker index สูงกว่าเทคนิคอาร์เอพีดี (7.44 และ 2.55 ตามลำดับ) ถึง 2.9 เท่า เมื่อนำเครื่องหมายอาร์เอพีดี และเครื่องหมายเอเอฟแอลพี รวม จำนวน 464 เครื่องหมาย มาวิเคราะห์ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนกันทางพันธุกรรมด้วยวิธีของ Dice พบว่า มีค่าตั้งแต่ 0.50 ถึง 0.96 โดยมีค่าเฉลี่ยเท่ากับ 0.67 จากนั้นนำมาจัดกลุ่มพันธุกรรม โดยวิธี UPGMA พบว่า สามารถจัดกลุ่มของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่ โดยสามารถแยก กลุ่มกล้วยไม้ม้าวิ่ง และกล้วยไม้แดงอุบลได้อย่างชัดเจน การจัดกลุ่มทางพันธุกรรมมีความเหมาะสม และน่าเชื่อถือในระดับสูง ( r= 0.87) ผลการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งจากแหล่งกระจาย พันธุ์ใน 5 จังหวัดในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอ (อาร์เอพีดี และ เอเอฟแอลพี) พบว่า เชื้อพันธุกรรมกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งดังกล่าว มีความหลากหลาย ทางพันธุกรรมค่อนข้างต่ำ จากผลการศึกษาแสดงให้เห็นว่าเทคนิคเอเอฟแอลพี่มีความเหมาะสมใน การนำมาสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอเพื่อศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตได้อย่างมี ประสิทธิภาพ ข้อมูลความความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อพันธุกรรมกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งนี้ จะ เป็นฐานข้อมูลสำคัญทางพันธุกรรมในการปรับปรุงพันธุ์กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งเพื่อการค้าต่อไปในอนาคต
บทคัดย่อ (EN): The objective of this research was to evaluate genetic diversity of Doritis germplasm in the Northeast of Thailand using DNA marker. Sixty nine Doritis samples were collected from 5 prowinces including Ubon Ratchathani, Roi Et, Mukdanan, Loai and Srisaket. The comparison of 4 DNA extraction methods for Doritis germplasm indicated that the CTAB method as described by Sue et al (1997) gave high quantity and quality of DNA and less contamination of polysaccharide and phenolic compound comparing to those of other methods. The assessment of genetic diversity of 50 Doritis germplasm was carried out using RAPD technique. The optimized RAPD reaction was performed by varying the concentration of DNA template (10 and 20 ng), MgClz (2, 2.5 and 3.0 mM), and Taq DNA polymerase (0.5 and 1.0 unit) while fixing the concentration of RAPD primer and dNTPs at the concentration of 0.6 uM and 200 uM respectively. Reproducible amplification patterns with OPA01 primer were obtained using 2.5 mM of MgClz, 10 ng of template DNA and 1 U of Taq DNA polymerase in 20 ul of the reaction. The reaction were carried out in a thermal cycler (Perkin Elmer 9700) according to following amplification profile of initial denaturation at 94*C for five min, followed by 40 cycles of one min at 94*C, one min at 36C and two min of 72C. The reaction was further extended at 72*C for 10 min. Reproducible amplification patterns with OPA02 primer were obtained using 2.5 mM of MgClz, 10 ng of template DNA and 1 unit of Taq DNA polymerase in 20 ul of the reaction. Out of 110 RAPD primers screened, 27 primers revealing clear patterns of DNA amplification were selected for fingerprinting of 50 Doritis germplasm, which yielded a total of 204 polymorphic RAPD markers. Each primer produces RAPD markers ranging from 2 to 15 markers, with the average of 7 markers per primer. Dices similarity coefficients for pair-wise comparisons ranged from 0.55 to 0.82, with the average of 0.76. A dendrogram constructed on the basis of the unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) clearly grouped 50 Doritis germplasm into two clusters, Daritis pulcherrima cluster and Daeng Ubon (Doritis pulcherrima var. buyssoniana) cluster. The Doritis pulcherrima cluster consisted of genotypes whereas the other comprised of Daeng Ubon genotypes. The first three principal component analysis (PCA) accounted for 43.71 9 of the total variation of the estimated genetic similarity. A moderately high cophenetic correlation coefficient (r= 0.75) indicated a good fit of this performed cluster analysis. The determination of genetic relationships of 51 Doritis germplasm from the Northeast of Thailand was performed using AFLP technique. Out of 40 AFLP primer pairs of EcoRit3 and Mselt3 selective nucleotides screening, 12 AFLP primers showing clear patterns of DNA amplification were selected, which yielded a total of 319 AFLP markers, with an average of 26.58 polymorphic markers per AFLP primer pair. The AFLP fingerprints of 51 Doritis germplasm was scored as binary data. The polymorphic information content (PIC) of AFLP markers ranges from 0.01 to 0.5. The PIC score in the range from 0.46 to 0.5 was accounted for 70 % of total AFLP markers. Genetic similarity arnong Doritis genotypes based on Dices coefficient was in the range of 0.46 to 0.98 with an average of 0.67. These similarity coefficients were utilized to construct a dendrogram using the unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA). The dendrogram was grouped into 4 clusters and clearly separated Daeng Ubon from Doritis pulchemima clusters. The first three principal component analysis (PCA) accounted for 52.82 % of the total variation of the estimnated genetic similarity. Cophenetic correlation coefficient was high (r= 0.86), showing a goodness of fit of this dendrogram. The comparison of the efficiency between RAPD technique and AFLP technique for genetic variability determination was carried out in 32 Doritis germplasm. RAPD and AFLP fingerprinting of Doritis sermplasm were performed in 22 and 12 assays, respectively which yielded 165 and 299 polymorphic markers, respectively, with an average of 7.5 and 26.58 markers per assay) more than RAPD technique for 3.5 times. Furthermore, marker index (the multiply of effective multiplex ratio and heterozygosity) from AFLP techniques (7.44) was higher than that from RAPD technique (2.55) for 29 times. The total of 464 polymorphic markers were combined from 165 RAPD and 299 AFLP markers and used for genetic determination of 32 Doritis germplasm using Dice similarity coefficient. Genetic similarity among Doritis genotypes was in the range of 0.50 to 0.96 with an average of 0.67. UPGMA cluster analysis was clearly srouped 32 Doritis germplasm into two clusters, Doritis pulcherrima cluster and Daeng Ubon (Daritis pulcherrima var. buyssoniana) cluster. Cophenetic correlation coefficient was high (r= 0.87), indicating a goodness of fit of this dendrogram. The results from this research suggested that genetic diversity of Doritis germplasm distributed in 5 provinces in the Northeast of Thailand using RAPD and AFLP markers was less diverse. The marker comparison study revealed that AFLP technique was suitable for DNA fingerprinting and diversity study in living organisms due to high throughput polymorphic markers produce per assay. The genetic diversity and relationship information among Doritis germpalsm in the Northeast of Thailand will be useful for Doritis breeding in the future.
ปีเริ่มต้นงานวิจัย: 2549-10-01
ปีสิ้นสุดงานวิจัย: 2552-09-30
ลิขสิทธิ์: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
ภาษา (EN): th
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง


TARR Wordcloud:
การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ
มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
30 กันยายน 2552
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลช้างด้วย เครื่องหมายดีเอ็นเอ การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของฟักทองไทย 29 สายพันธุ์ด้วยเครื่องหมายดีเอ็นเอ AFLP การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้ลูกผสมสกุลฟาแลนอปซิสด้วยเทคนิคอาร์เอพีดี การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์จากฐานข้อมูล EST และการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่ง การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิดไมโครแซทเทลไลท์ในกล้วยไม้สกุลแวนด้าในประเทศไทย การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบและลูกผสมด้วยเครื่องหมายดีเอ็นเอ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการและการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายของปูวงศ์ Portunidae การปรับปรุงพันธุ์กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งเพื่อเป็นไม้ประดับกระถาง การพัฒนาสายพันธุ์กล้วยไม้สกุลม้าวิ่งเพื่อเพิ่มศักยภาพในเชิงพาณิชย์ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้รองเท้านารีสกุลเพฟิโอเพดิลัม สกุลย่อยบราคิเพทาลัม โดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของตำแหน่งจำเพาะ

แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก