สืบค้นงานวิจัย
การจัดจำแนกราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอมที่ไม่สร้างสปอร์โดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยา
กนกวรรณ อ่อนอิน - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การจัดจำแนกราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอมที่ไม่สร้างสปอร์โดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยา
ชื่อเรื่อง (EN): Identification of non-spore forming endophytic fungi of aromatic rice using a molecular-based approach
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: กนกวรรณ อ่อนอิน
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
บทคัดย่อ: ราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอม (Oryza sativa L.) จํานวน 109 ไอโซเลทที่แยกจากตัวอย่างจากภาค กลางและภาคตะวันออกเฉียงเหนือของไทยบางไอโซเลทที่ไม่สร้างสปอร์บนอาหารเลี้ยงเชื้อและบางไอ โซเลทมีรูปร่างลักษณะของสปอร์ที่ไม่ชัดเจนทําให้ไม่สามารถจัดจําแนกชนิด (species) ของราเหล่านี้ใน ระดับสปีชีส์ตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาได้ งานวิจัยนี้จึงนําราเหล่านี้มาจัดจําแนกโดยเทคนิคทางอณู ชีววิทยา โดยการวิเคราะห์ลําดับนิวคลีโอไทด์ของ Ribosomal DNA (FDNA) บริเวณ Internal Transcribed Spacer (ITS) พบว่าราทุกไอโซเลทมีขนาดของ ITS อยู่ในช่วง 459-607 คู่เบส เมื่อวิเคราะห์ข้อมูลลําดับ วคลีโอไทด์โดยใช้โปรแกรม nucleotide BLAST (blastn)เปรียบเทียบกับข้อมูลลําดับนิวคลีโอไทด์ใน ฐานข้อมูลของGenBank พบว่าเชื้อราเอ็นโดไฟต์ 103 ไอโซเลท ถูกจําแนกใน 28เจนเนอรา ได้แก่ Acremonium, Alternaria, Bipolaris, Cercospora, Cladosporium, Cochliobolus, Colletotrichum, Curvularia, Exserohilum, Fusarium, Gaeumannomyces, Gibberella, Glomerella, Hypocrea, Hypoxylon, Leptosphaeria, Leptospora, Medicopsis, Massarina, Nigrospora, Penicillium, Periconia, Phaeosphaeriopsis, Phanerochaete,Pleosporale,Saccharicola, Sarocladium, Stachybotrysแ ล ะ ถู ก จําแนกใน 1 วงศ์ ได้แก่ Mylariaceaeราเอ็นโดไฟต์ส่วนใหญ่ในการศึกษานี้อยู่ในเจเนอรา Bipolaris, Cochliobolus, Curvularia และ Nigrosporaอาจกล่าวได้ว่าราเอ็นโดไฟต์ในเจเนอราเหล่านี้เป็นกลุ่มที่พบ บ่อยและไม่จําเพาะกับพื้นที่ ราเอ็นโดไฟต์จํานวน 6 ไอโซเลท ไม่สามารถระบุจีนัสหรือสปีชีส์ได้ (unknown group) ได้แก่ ราเอ็นโดไฟต์หมายเลขC47, N69, C54, N108, C113และ N182 เนื่องจากลําดับนิ วคลีโอไทด์ของ ITS มีความเหมือนกับราที่ยังไม่ได้จําแนกชนิดในฐานข้อมูล เมื่อนําลําดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ ITS ของราเอ็นโดไฟต์ทั้งหมดมาสร้างแผนภูมิสายสัมพันธ์ทาง วิวัฒนาการ (Phylogenetic tree) ด้วยวิธี Maximum Parsimony (ค่า bootstrap = 1,000 replications) พบว่า ราเอ็นโดไฟต์หมายเลขC47, N69 และ C54 ถูกจัดอยู่ใน Class Eurotiomycetes Order Eurotialesโดยมี ลําดับนิวคลีโอไทด์ของ ITS ใกล้เคียงกับราใน Genus Peniciliumราเอ็นโดไฟต์หมายเลข N108, C13 และ N182 มีความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการอยู่ใน Class Sordariomycetes โดยราเอ็นโดไฟต์หมายเลข N108 มีลําดับนิวคลีโอไทด์ของ ITS ใกล้เคียงกับราใน Genus Hypoxylonส่วนราเอ็นโดไฟต์หมายเลข C113มีลําดับนิวคลีโอไทค์ของ ITS ใกล้เคียงกับราใน Genus Hypocreaและราเอ็นโดไฟต์หมายเลขN182 มีลําดับนิวคลีโอไทด์ของ ITS ใกล้เคียงกับราใน Genus Gaeumannomyces
บทคัดย่อ (EN): In the study of "Identification of non-spore forming endophytic fungi of aromatic rice using a molecular-based approach, 109 aromatic-rice endophytic fungi isolated from the central and northeastern regions of Thailand could not be identified by conventional techniques based on spore morphology because they are either sterile or show morphological variation of spores. Nucleotide sequences of ITS, a region of nuclear ribosomal DNA (rDNA), had been used for species identification. The primers that we used (ITS1 and 4) amplified ITS fragment ranging approximately from 459 to 607 bp. The nucleotide sequences were compared with GenBank database using the BLAST program showed 103 endophytic fungi were within 28 genera, including Acremonium, Alternaria, Bipolaris, Cercospora, Cladosporium, Cochliobolus, Colletotrichum, Curvularia, Exserohilum, Fusarium, Gaeumannomyces, Gibberella, Glomerella, Hypocrea, Hypoxylon, Leptosphaeria, Leptospora, Medicopsis, Massarina, Nigrospora, Penicillium, Periconia, Phaeosphaeriopsis, Phanerochaete, Pleosporale, Saccharicola, Sarocladium, Stachybotrys and 1 Family which is Xylariaceae. Bipolaris, Cochliobolus, Curvularia and Nigrospora were found more often than other genera. However, species identification of six isolates (C47, N69, C54, N108, C113 and N182) were not obtained from sequence comparison due to their ITS nucleotide sequences were similar to unidentified fungal species. Nucleotide sequences of the ITS were used for constructing phylogenetic tree using Maximum Parsimony method (bootstrap with 1,000 replications). Phylogenetic identification revealed that endophytic fungi numbers C47 N69 and C54 were inferred to be in Class Eurotiomycetes, Order Eurotiales. Nucleotide sequences of ITS of these three fungi were closely related to Genus Penicillium. Endophytic fungi numbers N108, C113 and N182 were inferred to be in Class Sordariomycetes. The nucleotide sequence of the ITS of endophytic fungi number N108 was closely related to Genus Hypoxylon while endophytic fungi number C113 was closely related to Genus Hypocrea and number N182 was classified in Genus Gaeumannomyces.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ: ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ
คำสำคัญ (EN): ITS region
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

กนกวรรณ อ่อนอิน. "การจัดจำแนกราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอมที่ไม่สร้างสปอร์โดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยาIdentification of non-spore forming endophytic fungi of aromatic rice using a molecular-based approach". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2555

กนกวรรณ อ่อนอิน. "การจัดจำแนกราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอมที่ไม่สร้างสปอร์โดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยาIdentification of non-spore forming endophytic fungi of aromatic rice using a molecular-based approach". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2555. Print.



TARR Wordcloud:
การจัดจำแนกราเอ็นโดไฟท์ของข้าวหอมที่ไม่สร้างสปอร์โดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยา
กนกวรรณ อ่อนอิน
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
30 กันยายน 2555
บูรณาการเทคโนโลยีเพื่อการปรับปรุงปริมาณผลผลิตและคุณภาพข้าวหอมมะลิไทย บูรณาการเทคโนโลยีเพื่อการปรับปรุงปริมาณผลผลิตและคุณภาพข้าวหอมมะลิไทย จำแนก และคัดเลือกโปรโมเตอร์จากพืชโดยเฉพาะตระกูล Poaceae เพื่อใช้ในการเพิ่มประสิทธิภาพการแสดงออกของยีนเป้าหมายในระบบท่อลำเลียงของอ้อย แป้งข้าวก่ำดัดแปรและผลิตภัณฑ์จากข้าวก่ำเพื่อประโยชน์ด้านสุขภาพ เชิงป้องกัน ข้าวให้พลังงานผสานคุณค่าอาหาร แผนงานวิจัยการพัฒนาการผลิตข้าวอย่างยั่งยืน การพัฒนากระบวนการต้นแบบในการทดสอบพันธุ์ข้าวลูกผสม การจำแนกเชื้อเลปโตสไปรา ด้วยเทคนิคทางอณูชีววิทยา การพัฒนาวิธีการจำแนกเชื้อเลปโตสไปรา ด้วยเทคนิคทางอณูชีววิทยา การศึกษาประโยชน์ของราเอนโดไฟท์ของข้าวในการยับยั้งราก่อโรคของข้าวและกระตุ้นการเจริญเติบโตของข้าวหอม
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair