สืบค้นงานวิจัย
การโคลน การศึกษาลักษณะเฉพาะ และการแสดงออกของยีน XYL1 จากเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสูงที่แยกได้ในประเทศไทย
นันทนา สีสุข - มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ชื่อเรื่อง: การโคลน การศึกษาลักษณะเฉพาะ และการแสดงออกของยีน XYL1 จากเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสูงที่แยกได้ในประเทศไทย
ชื่อเรื่อง (EN): Cloning, characterization and expression of XYL1 gene from thermotolerant methylotrophic yeast isolated in Thailand
บทคัดย่อ: โคลนยีนไซโลสรีดักเทส (XYL1) ของเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนร้อน Ogataea siamensis N22 จากยีโน-มิกดีเอ็นเอและคัดเลือกโคลนด้วยเทคนิคพีซีอาร์ ได้โคลนรหัส pOSXR2-88 ที่มียีนไซโลสรีดักเทสความยาว 835 นิวคลีโอไทด์แทรกอยู่ในพลาสมิดแต่ยังขาดส่วนของยีนด้าน 3' จึงตามหาลำดับนิวคลีโอไทด์ทางด้านปลาย 3' ของยีนด้วยวิธี 3' RACE เมื่อรวมลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้จากทั้งสองวิธีเข้าด้วยกัน ได้ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของยีนไซโลสรีดักเทสความยาว 960 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งแปลงเป็นกรดอะมิโนได้ 319 กรดอะมิโน เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์พบตำแหน่ง TATA box-like คือ -112TATAA-108 ห่างจาก start codon ขึ้นไปทางปลาย 5’ และพบตำแหน่ง polyadenylation signal คือ 974AATAAA979 อยู่ห่างจาก stop codon ไปทางด้าน 3' ได้ฝากลำดับนิว-คลีโอไทด์ของยีนไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 ไว้ในฐานข้อมูล GenBank (accession no. FJ763639) การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนที่แปลงมาจากลำดับนิวคลีโอไทด์ พบว่าไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 คล้ายคลึงกับอัลโดสรีดักเทสของยีสต์ Candida boidinii มากที่สุด เท่ากับ 72 เปอร์เซ็นต์ เมื่อวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนของเอนไซม์ไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 พบว่ามีความแตกต่างจากไซโลสรีดักเทสของยีสต์อื่นอยู่ 3 ตำแหน่ง แต่ไม่ใช่บริเวณ active site และพบว่ามีลำดับกรดอะมิโน IPKS ที่เป็นตำแหน่งอนุรักษ์ของบริเวณ active site เช่นเดียวกับไซโลสรีดักเทสของยีสต์อื่น เมื่อเพิ่มการแสดงออกของยีนไซโลสรีดักเทสในยีสต์ O. siamensis N22 ด้วยการสร้างพลาสมิดลูกผสม pPICOSXR และ pGAPOSXR ภายใต้โปรโมเตอร์ของยีน alcohol oxidase (AOX) และ glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAP) ตามลำดับ พลาสมิดลูกผสมจะแทรกเข้าไปในโครโมโซมของยีสต์เจ้าบ้าน การศึกษาการแสดงออกของยีนจากกิจกรรมของเอนไซม์ พบว่ายีสต์สายพันธุ์ตั้งต้นและสายพันธุ์ที่ได้รับพลาสมิด pPICOSXR มีกิจกรรมเอนไซม์อยู่ระหว่าง 0.044 ถึง 0.098 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน ซึ่งยีสต์สายพันธุ์ดัดแปลง N22-pPICOSXR30 มีกิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์สูงที่สุด คือ 0.098 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน คิดเป็น 2.2 เท่า ของค่าที่ตรวจพบจากยีสต์สายพันธุ์ตั้งต้น ส่วนยีสต์สายพันธุ์ดัดแปลงที่ได้รับพลาสมิด pGAPOSXR พบค่ากิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์ตั้งแต่ 0.062 ถึง 0.093 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน โดยยีสต์สายพันธุ์ N22-pGAPOSXR3 มีกิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์สูงสุดคือ 0.093 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน คิดเป็น 1.5 เท่าของยีสต์สายพันธุ์ตั้งต้น นอกจากนี้ยังพบว่าเอนไซม์ไซโลสรีดักเทสจาก O. siamensis N22 และสายพันธุ์ดัดแปลงใช้ NADPH เป็นโคเอนไซม์เท่านั้น โคลนยีนไซโลสรีดักเทส (XYL1) ของเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนร้อน Ogataea siamensis N22 จากยีโน-มิกดีเอ็นเอและคัดเลือกโคลนด้วยเทคนิคพีซีอาร์ ได้โคลนรหัส pOSXR2-88 ที่มียีนไซโลสรีดักเทสความยาว 835 นิวคลีโอไทด์แทรกอยู่ในพลาสมิดแต่ยังขาดส่วนของยีนด้าน 3' จึงตามหาลำดับนิวคลีโอไทด์ทางด้านปลาย 3' ของยีนด้วยวิธี 3' RACE เมื่อรวมลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้จากทั้งสองวิธีเข้าด้วยกัน ได้ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของยีนไซโลสรีดักเทสความยาว 960 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งแปลงเป็นกรดอะมิโนได้ 319 กรดอะมิโน เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์พบตำแหน่ง TATA box-like คือ -112TATAA-108 ห่างจาก start codon ขึ้นไปทางปลาย 5’ และพบตำแหน่ง polyadenylation signal คือ 974AATAAA979 อยู่ห่างจาก stop codon ไปทางด้าน 3' ได้ฝากลำดับนิว-คลีโอไทด์ของยีนไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 ไว้ในฐานข้อมูล GenBank (accession no. FJ763639) การเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนที่แปลงมาจากลำดับนิวคลีโอไทด์ พบว่าไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 คล้ายคลึงกับอัลโดสรีดักเทสของยีสต์ Candida boidinii มากที่สุด เท่ากับ 72 เปอร์เซ็นต์ เมื่อวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนของเอนไซม์ไซโลสรีดักเทสของ O. siamensis N22 พบว่ามีความแตกต่างจากไซโลสรีดักเทสของยีสต์อื่นอยู่ 3 ตำแหน่ง แต่ไม่ใช่บริเวณ active site และพบว่ามีลำดับกรดอะมิโน IPKS ที่เป็นตำแหน่งอนุรักษ์ของบริเวณ active site เช่นเดียวกับไซโลสรีดักเทสของยีสต์อื่น เมื่อเพิ่มการแสดงออกของยีนไซโลสรีดักเทสในยีสต์ O. siamensis N22 ด้วยการสร้างพลาสมิดลูกผสม pPICOSXR และ pGAPOSXR ภายใต้โปรโมเตอร์ของยีน alcohol oxidase (AOX) และ glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAP) ตามลำดับ พลาสมิดลูกผสมจะแทรกเข้าไปในโครโมโซมของยีสต์เจ้าบ้าน การศึกษาการแสดงออกของยีนจากกิจกรรมของเอนไซม์ พบว่ายีสต์สายพันธุ์ตั้งต้นและสายพันธุ์ที่ได้รับพลาสมิด pPICOSXR มีกิจกรรมเอนไซม์อยู่ระหว่าง 0.044 ถึง 0.098 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน ซึ่งยีสต์สายพันธุ์ดัดแปลง N22-pPICOSXR30 มีกิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์สูงที่สุด คือ 0.098 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน คิดเป็น 2.2 เท่า ของค่าที่ตรวจพบจากยีสต์สายพันธุ์ตั้งต้น ส่วนยีสต์สายพันธุ์ดัดแปลงที่ได้รับพลาสมิด pGAPOSXR พบค่ากิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์ตั้งแต่ 0.062 ถึง 0.093 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน โดยยีสต์สายพันธุ์ N22-pGAPOSXR3 มีกิจกรรมจำเพาะของเอนไซม์สูงสุดคือ 0.093 ยูนิตต่อมิลลิกรัมโปรตีน คิดเป็น 1.5 เท่าของยีสต์สายพันธุ์ตั้งต้น นอกจากนี้ยังพบว่าเอนไซม์ไซโลสรีดักเทสจาก O. siamensis N22 และสายพันธุ์ดัดแปลงใช้ NADPH เป็นโคเอนไซม์เท่านั้น
บทคัดย่อ (EN): Xylose reductase gene (XYL1) of the thermotolerant methylotrophic yeast, Ogataea siamensis N22, was cloned from genomic DNA and screened by PCR. The positive clone namely pOSXR2-88 was found to carry 835 bp of partial XYL1 with 3’ end missing. The 3' end of XYL1 was then cloned from cDNA using 3' RACE and sequenced. The two sequences were then contiged and a 960 bp open reading frame encoding 319 amino acids was found. Nucleotide sequence analysis showed a TATA box-like sequence, -112TATAA-108, upstream from start codon and polyadenylation signal, 74AATAAA79, downstream from stop codon. The sequence of O. siamensis N22 XYL1 was submitted to GenBank (accession number FJ763639). Alignment of deduced amino acids sequence showed that xylose reductase of O. siamensis N22 is closely related to aldose reductase of Candida boidinii with 72% similarity. The deduced amino acid sequence of O. siamensis N22 xylose reductase showed 3 different positions, excluded from enzyme active site, from those of other yeasts. However, the conserved sequence of xylose reductase active site, IPKS, was found. To overexpress the XYL1 in O. siamensis N22, the recombinant plasmid pPICOSXR and pGAPOSXR were constructed under the AOX and GAP promoters, respectively and integrated into host chromosome. Study of gene expression via enzyme activity assay was carried out. The original N22 strain and recombinants revealed specific xylose reductase activity of 0.044-0.098 U/mg protein. The recombinant designated N22-pPICOSXR30 possessed 0.098 U/mg protein which is 2.2 folds of the activity found in the original N22 strain. The pGAPOSXR recombinants showed specific enzyme activity of 0.062-0.093 U/mg protein and the recombinant namely N22-pGAPOSXR3 showed 0.093 U/mg protein which is 1.5 folds of that observed in the original N22 strain. Additionally, xylose reductase of O. siamensis N22 and transformants studied were found to use NADPH as a preference coenzyme. Xylose reductase gene (XYL1) of the thermotolerant methylotrophic yeast, Ogataea siamensis N22, was cloned from genomic DNA and screened by PCR. The positive clone namely pOSXR2-88 was found to carry 835 bp of partial XYL1 with 3’ end missing. The 3' end of XYL1 was then cloned from cDNA using 3' RACE and sequenced. The two sequences were then contiged and a 960 bp open reading frame encoding 319 amino acids was found. Nucleotide sequence analysis showed a TATA box-like sequence, -112TATAA-108, upstream from start codon and polyadenylation signal, 74AATAAA79, downstream from stop codon. The sequence of O. siamensis N22 XYL1 was submitted to GenBank (accession number FJ763639). Alignment of deduced amino acids sequence showed that xylose reductase of O. siamensis N22 is closely related to aldose reductase of Candida boidinii with 72% similarity. The deduced amino acid sequence of O. siamensis N22 xylose reductase showed 3 different positions, excluded from enzyme active site, from those of other yeasts. However, the conserved sequence of xylose reductase active site, IPKS, was found. To overexpress the XYL1 in O. siamensis N22, the recombinant plasmid pPICOSXR and pGAPOSXR were constructed under the AOX and GAP promoters, respectively and integrated into host chromosome. Study of gene expression via enzyme activity assay was carried out. The original N22 strain and recombinants revealed specific xylose reductase activity of 0.044-0.098 U/mg protein. The recombinant designated N22-pPICOSXR30 possessed 0.098 U/mg protein which is 2.2 folds of the activity found in the original N22 strain. The pGAPOSXR recombinants showed specific enzyme activity of 0.062-0.093 U/mg protein and the recombinant namely N22-pGAPOSXR3 showed 0.093 U/mg protein which is 1.5 folds of that observed in the original N22 strain. Additionally, xylose reductase of O. siamensis N22 and transformants studied were found to use NADPH as a preference coenzyme.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
คำสำคัญ: เมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสู
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

นันทนา สีสุข. "การโคลน การศึกษาลักษณะเฉพาะ และการแสดงออกของยีน XYL1 จากเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสูงที่แยกได้ในประเทศไทยCloning, characterization and expression of XYL1 gene from thermotolerant methylotrophic yeast isolated in Thailand". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2552

นันทนา สีสุข. "การโคลน การศึกษาลักษณะเฉพาะ และการแสดงออกของยีน XYL1 จากเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสูงที่แยกได้ในประเทศไทยCloning, characterization and expression of XYL1 gene from thermotolerant methylotrophic yeast isolated in Thailand". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2552. Print.



TARR Wordcloud:
การโคลน การศึกษาลักษณะเฉพาะ และการแสดงออกของยีน XYL1 จากเมทิลโลโทรฟิกยีสต์ทนอุณหภูมิสูงที่แยกได้ในประเทศไทย
นันทนา สีสุข
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
30 กันยายน 2552
การประเมินการแสดงออกของยีนที่ควบคุมลักษณะผลของแตงไทย 2 สายพันธุ์ การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิล การศึกษาการแสดงออกของยีนที่ตอบสนองต่ออุณหภูมิใน Spirulina platensis C1 ด้วยเทคนิค DNA Micorarray กลไก และการแสดงออกของยีนที่ตอบสนองต่อสภาวะทนเค็มของพันธุอ้อย การศึกษาการแสดงออกของยีน Butyrophillin ต่อปริมาณไขมันในน้ำนมโคนมลูกผสมไทย-โฮสไตน์ การศึกษาการแสดงออกของยีนทั้งระบบเพื่อค้นหายีนที่มีความเกี่ยวข้องกับผลผลิตน้ำยางสำหรับการปรับปรุงพันธุ์ยางพาราที่ให้ผลผลิตสูง การค้นหาและการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญในปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.) การค้นหาและการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญในปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.) การค้นหาและการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญในปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.) ปีที่ 2 การค้นหาและการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่สำคัญในปาล์มน้ำมัน (Elaeis guineensis Jacq.) ปีที่3
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair