สืบค้นงานวิจัย
ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมาที่ก่อโรคในอ้อย และหญ้าบางชนิดของประเทศไทย จากลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ 16S-23S rRNA intergenic spacer region
ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล - มหาวิทยาลัยขอนแก่น
ชื่อเรื่อง: ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมาที่ก่อโรคในอ้อย และหญ้าบางชนิดของประเทศไทย จากลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ 16S-23S rRNA intergenic spacer region
ชื่อเรื่อง (EN): Genetic diversity of phytoplasma associated with diseases of sugarcane and some grasses in Thailand based on sequencing analysis of the 16S-23S rRNA intergenic spacer region
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Suchirat Sakuanrungsirikul
ผู้ร่วมงาน / ผู้ร่วมวิจัย:
ผู้ร่วมงาน / ผู้ร่วมวิจัย (EN):
คำสำคัญ:
คำสำคัญ (EN):
บทคัดย่อ: การสร้าง phylogenetic tree จากลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ intergenic 16S-23S rRNA spacer region (16S-23S ITS) ของเชื้อไฟโตพลาสมาสาเหตุโรคในอ้อยและหญ้าบางชนิดในประเทศไทย ซึ่งใช้ไพรเมอร์ที่เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอขนาด 210 bp ด้วยเทคนิค Nested-PCR ในตัวอย่างใบอ้อยที่ไม่แสดงอาการและแสดงอาการของโรคแตกต่างกันจำนวน 99 ตัวอย่าง และตัวอย่างหญ้าที่แสดงอาการใบขาวจำนวน 15 ตัวอย่าง ที่สำรวจจากพื้นที่ปลูกอ้อยทั่วประเทศไทย เพื่อศึกษาความหลาก หลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมาดังกล่าว พบว่าสามารถแบ่งไฟโตพลาสมาออกได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่ ได้แก่ กลุ่มที่ก่อ ให้เกิดโรคในอ้อย และกลุ่มที่ก่อให้เกิดโรคในหญ้า โดยกลุ่มที่ก่อให้เกิดโรคในอ้อยแบ่งออกเป็นสองกลุ่มย่อย ได้แก่ กลุ่มย่อย ที่ 1 ประกอบด้วย กลุ่มโรคใบขาว (Sugarcane whiteleaf ; SCWL) และกลุ่มโรคใบขาวกอฝอย (Sugarcane grassy shoot; SCGS) กลุ่มย่อยที่ 2 ประกอบด้วย กลุ่มโรคกอตะไคร้ (Sugarcane green grassy shoot ; SCGGS) ผลการตรวจวิเคราะห์ และการเรียงลำดับนิวคลีโอไทด์ด้วยโปรแกรม Clustal W เทียบกับฐานข้อมูลสากลของ NCBI พบว่าตัวอย่างที่ไม่แสดงอาการ ที่แสดงอาการใบขาว-เขียว และที่มีใบขาว จำนวนทั้งสิ้น 48 ตัวอย่าง มีลำดับนิวคลีโอไทด์เหมือนกับ SCWL (HQ917068.1) ส่วนกลุ่มตัวอย่างที่แสดงอาการใบขาวกอฝอยจำนวน 41 ตัวอย่างนั้น มี 37 ตัวอย่างแสดงลำดับนิวคลีโอไทด์เหมือนกับ SCGS และอีก 4 ตัวอย่างมีความแปรปรวนเมื่อเทียบกับ SCWL และ SCGS และมีความคล้ายกัน 99% ในขณะที่ตัวอย่างที่มีอาการ กอตะไคร้จำนวน 6 ตัวอย่างมีลำดับนิวคลีโอไทด์แตกต่างจาก SCGS และ SCWL จึงคาดว่าน่าจะเป็นอาการของ SCGGS ซึ่ง งานวิจัยนี้นับเป็นรายงานครั้งแรกที่แสดงผลลำดับนิวคลีโอไทด์ของไฟโตพลาสมา SCGGS การใช้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ บริเวณ 16S-23S ITS ที่ศึกษาในรายงานนี้ทำให้สามารถแบ่งกลุ่มไฟโตพลาสมาในเบื้องต้นได้ ซึ่งนำไปสู่การศึกษายีนอื่นๆ เพื่อการจำแนกไฟโตพลาสมาที่ก่อโรคในอ้อยในประเทศไทยได้ชัดเจนยิ่งขึ้น
บทคัดย่อ (EN): The phylogenetic analysis of phytoplasmas focused on the nucleotide sequences of the intergenic 16s23s rRNA spacer region that primers enable the amplification of a 210 bp fragment by nested-PCR, are established for studying of genetic diversity of phytoplasma associated with diseases of sugarcane and some grasses in Thailand. In this present study, 99 phytoplasma infected sugarcane samples exhibiting various phenotypic symptoms and 15 samples of grasses showing white leaves were collected from many locations in Thailand and subjected for nucleotide sequencing. Phylogenetics tree based on 16S-23S ITS gene sequences showed two primary clusters: (1) phytoplasmas that cause diseases in sugarcane and (2) phytoplasmas that cause diseases in grasses. The phytoplasmas of sugarcane cluster was further divided into two subgroups that are (i) the sugarcane white leaf (SCWL) and sugarcane grassy shoot (SCGS) and (ii) sugarcane green grassy shoot (SCGS). Nucleotide sequence analysis revealed those 48 sequences of phytoplasma from green leaf, partial or complete chlorosis symptom, matched exactly with sugarcane white leaf; SCWL (HQ917068.1) while 41 sequences that showed grassy shoot symptom with partial or complete chlorosis showed sequence variations. Of these, 37 sequences matched exactly with SCGS (AB243298.1) and 4 sequences shared 99% sequence similarity with SCWL and SCGS. While sequences of the 6 samples exhibiting nonchlorosis grassy shoot showed distinct nucleotide sequences from SCWL and SCG. This article is the first report to reveal the sequences of the green grassy shoot phytoplasma in sugarcane. These divisions based on 16S-23S ITS sequence data can be utilized for further study in couple with other genes in phytoplasma genome for a better differentiation and identification of the phytoplasma associated with sugarcane disease in Thailand.
ปีเริ่มต้นงานวิจัย: 2554
ปีสิ้นสุดงานวิจัย: 2555
เอกสารแนบ: https://ag2.kku.ac.th/kaj/PDF.cfm?filename=302.pdf&id=657&keeptrack=16
ลิขสิทธิ์: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
ภาษา (EN): th
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง


TARR Wordcloud:
ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อไฟโตพลาสมาที่ก่อโรคในอ้อย และหญ้าบางชนิดของประเทศไทย จากลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณ 16S-23S rRNA intergenic spacer region
ไม่ระบุผู้เผยแพร่
2555
เอกสารแนบ 1
เอกสารแนบ 2
ระยะเวลาการบ่มและเพิ่มปริมาณเชื้อที่เหมาะสมต่อการถ่ายทอด เชื้อไฟโตพลาสมาสาเหตุของโรคใบขาวอ้อยของเพลี้ยจักจั่นพาหะ ความหลากหลายทางพันธุกรรมของแมลงวันผลไม้ Bactrocera latifrons ในภาคกลางของประเทศไทย ความหลากหลายทางพันธุกรรมและจำแนกกลุ่มพันธุกรรมไก่พื้นเมืองในจังหวัดน่านด้วยไมโครแซทเทิลไลท์ ลักษณะรูปร่างสัณฐานของอ้อยและสายพันธุ์อ้อยที่มีผลต่อการเจริญเติบโตของแมลงพาหะ (Matsumuratettix hiroglyphicus (Matsumura)) โรคใบขาวอ้อย การเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทน์ของเชื้อลิชมาเนียและริ้นฝอยทรายชนิดที่อาศัยอยู่ภายในและภายนอกถ้ำของไทย ลักษณะการดูดซับโพแทสเซียมของดินที่ใช้ปลูกอ้อยในจังหวัดสระแก้ว ความหลากหลายของผักพื้นบ้านในภาคตะวันตกของประเทศไทย ความหลากหลายทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบในประเทศไทยด้วยเทคนิค SRAP ความหลากหลายทางพันธุกรรมของพันธุ์ข้าวเหนียวในเขตภาค-เหนือของประเทศไทย พันธุกรรมเชิงโมเลกุล ความหลากหลายทางชีวภาพ และนิเวศวิทยาของไลเคนในประเทศไทย

แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-ND 3.0 TH)
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก