สืบค้นงานวิจัย
การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิล
ประพันธ์ศักดิ์ ศรีษะภูมิ - มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ชื่อเรื่อง: การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิล
ชื่อเรื่อง (EN): Molecular characterization of complementary DNAs (cDNAs) and expression analyses of caspase-3 and granzyme genes in Nile tilapia
บทคัดย่อ: ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดที่สมบูรณ์ (Full-length) ของ Complementary DNAs (cDNAs) ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการตายของเซลล์แบบ Apoptosis (Program cell death) ในระบบภูมิคุ้มกันของปลานิล 2 ชนิด ซึ่งได้แก่ Casepase-3 (Casp3-TL) และ Granzyme (Granz-TL) ได้ถูกโคลนโดยการสืบค้นและการใช้เทคนิค 5’ Rapid Amplification cDNA Ends (RACE) PCR พบว่า Full-length ของ cDNA ของยีน Casp3-TL มีขนาด 2,612 bp ประกอบด้วย ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่เกี่ยวข้องกับการสร้างโปรตีน (Untranslated region; UTR) ทางด้านปลาย 5’ และ 3’ เป็น 79 และ 1,684 bp ตามลำดับ นอกจากนี้ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างโปรตีน (Open reading frame: ORF) มีความยาวเท่ากับ 846 bp คิดเป็นสายเปปไทด์ของกรดอะมิโนความยาว 282 Residues เมื่อพิจารณาถึงโครงสร้างของโปรตีนพบว่า Casp3-TL ของปลานิล ประกอบด้วย Prodomain, Large และ Small subunit ซึ่งไม่พบว่ามีส่วนของ Hydrophobic leader sequence อยู่เลย ซึ่งมีโครงสร้างคล้ายคลึงกับยีน Caspase-3 ของสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ขณะที่ Full-length ของ cDNA ของยีน Granz-TL มีขนาด 1,412 bp ซึ่งประกอบ ด้วย ลำดับนิวคลีโอไทด์ในส่วน 5’ และ 3’ UTR เป็น 125 และ 519 bp ตามลำดับ และมี ORF ความยาว 765 bp คิดเป็นกรดอะมิโนความยาว 255 Residues เมื่อพิจารณาถึงโครงสร้างของ Mature โปรตีนพบว่า Granz-TL ของปลานิล ประกอบด้วยบริเวณ Active site 3 ตำแหน่ง (His67-Asp110-Ser208) ซึ่งเป็นลักษณะเอกลักษณ์ของยีนในกลุ่ม Serine protease ที่เรียกว่า Catalytic traids การศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการโดยใช้ Phylogenetic tree พบว่า Granz-TL ถูกจัดอยู่ในกลุ่มของยีน Granzyme A/K ของปลาและ Granzyme A และ K ของสัตว์มีกระดูก สันหลังชั้นสูงอย่างชัดเจน ผลการศึกษาการแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อต่าง ๆ โดยใช้เทคนิค RT-PCR พบว่าในปลาปกติ ยีน Casp3-TL มีการแสดงเบาบางในทุก ๆ อวัยวะ ขณะที่ยีน Granz-TL มีการแสดงออกมากที่สุดในเม็ดเลือดขาวในเลือด (Peripheral blood leukocytes: PBLs) และมีการแสดงออกเบาบางในไตส่วนหน้า ม้ามและไตส่วนหลังเท่านั้น และเมื่อทำการตรวจสอบการแสดงออกของยีนทั้ง 2 ชนิด ในปลานิลที่ถูกฉีดกระตุ้นด้วยเชื้อ Streptococcus agalactiae เป็นเวลา 3 วัน พบว่าระดับการแสดงออกของยีน Casp3-TL ไม่มีความแตกต่างกับปลาปกติ ขณะที่ยีน Granz-TL มีการแสดงออกเพิ่มสูงขึ้นอย่างชัดเจนในสมอง ไตส่วนหน้า ม้ามและไตส่วนหลัง ตามลำดับ นอกจากนี้การศึกษาการแสดงออกโดยใช้เทคนิค Real-time PCR ยังพบว่า ปลานิลที่ถูกฉีดกระตุ้นด้วยเชื้อ S. agalactiae ที่ระดับความเข้มข้น 1x107 และ 1x109 CFU ต่อมิลลิลิตร มีการแสดงออกของยีน Casp3-TL ไม่แตกต่างจากกลุ่มควบคุมในทุกช่วงเวลาตั้งแต่ 1 จนถึง 96 ชั่วโมง (P>0.05) ซึ่งต่างจากยีน Granz-TL ที่พบว่าในชั่วโมงที่ 24 ปลาที่ถูกกระตุ้นด้วยเชื้อแบคทีเรียมีการแสดงออกของยีนชนิดนี้เป็น 11 และ 3 เท่า เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม ตามลำดับ (P0.05)ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดที่สมบูรณ์ (Full-length) ของ Complementary DNAs (cDNAs) ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการตายของเซลล์แบบ Apoptosis (Program cell death) ในระบบภูมิคุ้มกันของปลานิล 2 ชนิด ซึ่งได้แก่ Casepase-3 (Casp3-TL) และ Granzyme (Granz-TL) ได้ถูกโคลนโดยการสืบค้นและการใช้เทคนิค 5’ Rapid Amplification cDNA Ends (RACE) PCR พบว่า Full-length ของ cDNA ของยีน Casp3-TL มีขนาด 2,612 bp ประกอบด้วย ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่เกี่ยวข้องกับการสร้างโปรตีน (Untranslated region; UTR) ทางด้านปลาย 5’ และ 3’ เป็น 79 และ 1,684 bp ตามลำดับ นอกจากนี้ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างโปรตีน (Open reading frame: ORF) มีความยาวเท่ากับ 846 bp คิดเป็นสายเปปไทด์ของกรดอะมิโนความยาว 282 Residues เมื่อพิจารณาถึงโครงสร้างของโปรตีนพบว่า Casp3-TL ของปลานิล ประกอบด้วย Prodomain, Large และ Small subunit ซึ่งไม่พบว่ามีส่วนของ Hydrophobic leader sequence อยู่เลย ซึ่งมีโครงสร้างคล้ายคลึงกับยีน Caspase-3 ของสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ขณะที่ Full-length ของ cDNA ของยีน Granz-TL มีขนาด 1,412 bp ซึ่งประกอบ ด้วย ลำดับนิวคลีโอไทด์ในส่วน 5’ และ 3’ UTR เป็น 125 และ 519 bp ตามลำดับ และมี ORF ความยาว 765 bp คิดเป็นกรดอะมิโนความยาว 255 Residues เมื่อพิจารณาถึงโครงสร้างของ Mature โปรตีนพบว่า Granz-TL ของปลานิล ประกอบด้วยบริเวณ Active site 3 ตำแหน่ง (His67-Asp110-Ser208) ซึ่งเป็นลักษณะเอกลักษณ์ของยีนในกลุ่ม Serine protease ที่เรียกว่า Catalytic traids การศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการโดยใช้ Phylogenetic tree พบว่า Granz-TL ถูกจัดอยู่ในกลุ่มของยีน Granzyme A/K ของปลาและ Granzyme A และ K ของสัตว์มีกระดูก สันหลังชั้นสูงอย่างชัดเจน ผลการศึกษาการแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อต่าง ๆ โดยใช้เทคนิค RT-PCR พบว่าในปลาปกติ ยีน Casp3-TL มีการแสดงเบาบางในทุก ๆ อวัยวะ ขณะที่ยีน Granz-TL มีการแสดงออกมากที่สุดในเม็ดเลือดขาวในเลือด (Peripheral blood leukocytes: PBLs) และมีการแสดงออกเบาบางในไตส่วนหน้า ม้ามและไตส่วนหลังเท่านั้น และเมื่อทำการตรวจสอบการแสดงออกของยีนทั้ง 2 ชนิด ในปลานิลที่ถูกฉีดกระตุ้นด้วยเชื้อ Streptococcus agalactiae เป็นเวลา 3 วัน พบว่าระดับการแสดงออกของยีน Casp3-TL ไม่มีความแตกต่างกับปลาปกติ ขณะที่ยีน Granz-TL มีการแสดงออกเพิ่มสูงขึ้นอย่างชัดเจนในสมอง ไตส่วนหน้า ม้ามและไตส่วนหลัง ตามลำดับ นอกจากนี้การศึกษาการแสดงออกโดยใช้เทคนิค Real-time PCR ยังพบว่า ปลานิลที่ถูกฉีดกระตุ้นด้วยเชื้อ S. agalactiae ที่ระดับความเข้มข้น 1x107 และ 1x109 CFU ต่อมิลลิลิตร มีการแสดงออกของยีน Casp3-TL ไม่แตกต่างจากกลุ่มควบคุมในทุกช่วงเวลาตั้งแต่ 1 จนถึง 96 ชั่วโมง (P>0.05) ซึ่งต่างจากยีน Granz-TL ที่พบว่าในชั่วโมงที่ 24 ปลาที่ถูกกระตุ้นด้วยเชื้อแบคทีเรียมีการแสดงออกของยีนชนิดนี้เป็น 11 และ 3 เท่า เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม ตามลำดับ (P0.05)
บทคัดย่อ (EN): Two full lengths of complementary DNAs (cDNAs) involved in program cell death (apoptosis) (caspase-3 and granzyme genes) of Nile tilapia immune system were discovered by searching in a Nile tilapia cDNA library and 5’ Rapid Amplification cDNA Ends techniques. The full-length of a cDNA encoded for Nile tilapia caspase-3 (Casp3-TL) was 2,612 bp containing 5’ and 3’ untranslated region of 79 and 1,684 bp respectively. Open reading frame (ORF) of this cDNA was identified to be 846 bp or 282 amino acid residues. Structural analysis of Casp-TL revealed that this protein contained prodomian, large subunit and small subunit without a putative hydrophobic leader sequence. Important motifs indicating the caspase-3 characteristics which were found in caspase-3 genes of other organisms were well conserved. Besides, the full length of Nile tilapia granzyme cDNA (Granz-TL) was also cloned and characterized. The Granz-TL consisted of 1,412 bp which donated to 125 and 519 bp of 5’ and 3’ UTR. The ORF of Granz-TL was 765 bp long and equal to 255 amino acids. Mature protein of Granz-TL was identified to possess 3 different active sites or catalytic traids (His67-Asp110-Ser208) of serine protease signature motifs. Phylogenetic and multiple sequence analyses indicated that Granz-TL was placed at the same group as granzyme A/K of fish and granzyme A and granzyme K of higher vertebrates. Expression analysis by RT-PCR exhibited a very low expression of Casp3-TL transcripts in every determined tissue of a normally experimental fish. On the other words, the highest expression level of Granz-TL was observed in peripheral blood leukocytes (PBLs), while mild expression levels were shown in head kidney, spleen and trunk kidney. No changes in expression levels of Casp3-TL mRNAs were determined in experimental fish injected with viable Streptococcus agalactiae. However, highly up-regulated transcripts of Granz-TL mRNA were clearly found in brain, head kidney, spleen and trunk kidney of S. agalactiae stimulated fish. Additionally, expression analysis by quantitative real-time RT-PCR also indicated that fish intraperitoneally injected with S. agalactiae 1x107 and 1x109 CFU/ml were not significantly changed in Casp3-TL mRNAs, but Granz-TL transcriptional levels were obviously up-regulated with 11- and 3- fold changes at hour 24 compared to control S. agalactiae uninjected fish (P0.05). Two full lengths of complementary DNAs (cDNAs) involved in program cell death (apoptosis) (caspase-3 and granzyme genes) of Nile tilapia immune system were discovered by searching in a Nile tilapia cDNA library and 5’ Rapid Amplification cDNA Ends techniques. The full-length of a cDNA encoded for Nile tilapia caspase-3 (Casp3-TL) was 2,612 bp containing 5’ and 3’ untranslated region of 79 and 1,684 bp respectively. Open reading frame (ORF) of this cDNA was identified to be 846 bp or 282 amino acid residues. Structural analysis of Casp-TL revealed that this protein contained prodomian, large subunit and small subunit without a putative hydrophobic leader sequence. Important motifs indicating the caspase-3 characteristics which were found in caspase-3 genes of other organisms were well conserved. Besides, the full length of Nile tilapia granzyme cDNA (Granz-TL) was also cloned and characterized. The Granz-TL consisted of 1,412 bp which donated to 125 and 519 bp of 5’ and 3’ UTR. The ORF of Granz-TL was 765 bp long and equal to 255 amino acids. Mature protein of Granz-TL was identified to possess 3 different active sites or catalytic traids (His67-Asp110-Ser208) of serine protease signature motifs. Phylogenetic and multiple sequence analyses indicated that Granz-TL was placed at the same group as granzyme A/K of fish and granzyme A and granzyme K of higher vertebrates. Expression analysis by RT-PCR exhibited a very low expression of Casp3-TL transcripts in every determined tissue of a normally experimental fish. On the other words, the highest expression level of Granz-TL was observed in peripheral blood leukocytes (PBLs), while mild expression levels were shown in head kidney, spleen and trunk kidney. No changes in expression levels of Casp3-TL mRNAs were determined in experimental fish injected with viable Streptococcus agalactiae. However, highly up-regulated transcripts of Granz-TL mRNA were clearly found in brain, head kidney, spleen and trunk kidney of S. agalactiae stimulated fish. Additionally, expression analysis by quantitative real-time RT-PCR also indicated that fish intraperitoneally injected with S. agalactiae 1x107 and 1x109 CFU/ml were not significantly changed in Casp3-TL mRNAs, but Granz-TL transcriptional levels were obviously up-regulated with 11- and 3- fold changes at hour 24 compared to control S. agalactiae uninjected fish (P0.05).
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
คำสำคัญ: การแสดงออกของยีน
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ประพันธ์ศักดิ์ ศรีษะภูมิ. "การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิลMolecular characterization of complementary DNAs (cDNAs) and expression analyses of caspase-3 and granzyme genes in Nile tilapia". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2554

ประพันธ์ศักดิ์ ศรีษะภูมิ. "การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิลMolecular characterization of complementary DNAs (cDNAs) and expression analyses of caspase-3 and granzyme genes in Nile tilapia". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2554. Print.



TARR Wordcloud:
การศึกษาโครงสร้างอณูวิทยาของ Complementary DNAs (cDNAs) และการแสดงออกของยีน Caspase-3 และ Granzyme ในปลานิล
ประพันธ์ศักดิ์ ศรีษะภูมิ
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
30 กันยายน 2554
การศึกษาคุณลักษณะทางอณูชีววิทยาของยีน Biliverdin reductase ในปลานิล การศึกษาความสัมพันธ์ของระดับการแสดงออกของยีน ADP-glucose pyrophosphorylase และยีนต้นแบบของโปรตีนควบคุมเพื่อเป็นข้อมูลประกอบการพัฒนาเครือข่ายควบคุม การแสดงออกของยีนในมันสำปะหลังที่ได้จากวิธีการทางชีวสา การส่งถ่ายยีนสู่อ้อยและการตรวจสอบการแสดงออกของยีน Chitinase ในอ้อย (Saccharum officinarum L. ดัดแปรพันธุกรรม การศึกษาการแสดงออกของยีนแบบชั่วคราวในโปรโตพลาสต์ และการถ่ายยีนแบบถาวร เข้าสู่ S. viridis พืชต้นแบบสำหรับการสังเคราะห์แสงแบบ C4 การประเมินการแสดงออกของยีนที่ควบคุมลักษณะผลของแตงไทย 2 สายพันธุ์ การวิเคราะห์ปริมาณการแสดงออกของยีน cinnamyl-alcoholdehydrogenase (CAD) ในยางพันธุ์ การศึกษาการแสดงออกของยีนทั้งระบบเพื่อค้นหายีนที่มีความเกี่ยวข้องกับผลผลิตน้ำยางสำหรับการปรับปรุงพันธุ์ยางพาราที่ให้ผลผลิตสูง การค้นหาเครื่องหมายสนิปในยีน Perforin และ MHC class I alpha ที่สัมพันธ์กับลักษณะต้านทานโรค สเตรปโตคอคโคซิสในปลานิล การศึกษาการแสดงออกของยีน Lipoprotein Lipase ในไก่เบตงและไก่กระทง การศึกษาการแสดงออกของยีนที่ตอบสนองต่ออุณหภูมิใน Spirulina platensis C1 ด้วยเทคนิค DNA Micorarray
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair