สืบค้นงานวิจัย
ระบบจัดกลุ่มและแยกประเภทสนิป
สรพงษ์ จิราพงษ์ - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ
ชื่อเรื่อง: ระบบจัดกลุ่มและแยกประเภทสนิป
ชื่อเรื่อง (EN): System for SNP grouping and categorization
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: สรพงษ์ จิราพงษ์
บทคัดย่อ: ซิงเกิลนิวคลีโอไทด์โพลิมอร์ฟิซึม (Single Nucleotide Polymorphism) หรือเรียกว่า สนิป เป็นเครื่องหมายพันธุกรรม (Genetic Marker) ที่พบได้บ่อยที่สุดในมนุษย์ กลไกที่ทำให้เกิดสนิป คือ การเปลี่ยนแปลงของเบส (Base) หนึ่งตำแหน่งที่เกิดขึ้นในจีโนมมนุษย์ตามธรรมชาติ ส่งผลให้แต่ละบุคคลมีเบสแตกต่างกันที่ตำแหน่งเดียวกันได้ การเปลี่ยนแปลงของเบสนี้ส่งผลให้อัลลีล (Allele) ทั้งสองบนโครโมโซม (Chromosome) มีลักษณะเหมือนกันหรือต่างกัน ตัวอย่างการศึกษาทาง พันธุศาสตร์ที่ใช้ข้อมูลเข้าเป็นสนิปได้แก่ การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม (Genetic Association Study) การส่งการเพิ่มผสมประชากร (Population Admixture Mapping) และการระบุบุคคล (Individual Identification) ในปัจจุบันมักเก็บข้อมูลสนิปจากทั้งจีโนม (Genome-Wide) ข้อมูลสนิปที่ได้จากหนึ่งคนสามารถมีจำนวนมากกว่า 4,000,000 สนิป การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมสนใจเฉพาะสนิปจากส่วนที่เป็นยีน ในขณะที่การเพิ่มผสมประชากรและการระบุบุคคลสนใจสนิปจากทั้งสองส่วน วิทยานิพนธ์นี้สนใจสนิปที่ได้จากการศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมทั้งจีโนม (Genome-Wide Association Study) โดยข้อมูลที่มีอยู่เป็นข้อมูลจาก HapMap Affymetrix แพลตฟอร์ม มาใช้เป็นชุดข้อมูลหลักที่นำมาทดสอบกับงานวิจัยนี้ จากข้อมูลดังกล่าวผู้วิจัยจึงมีความประสงค์ที่จะพัฒนาเว็บแอปพลิเคชันเพื่อที่จะทำการจัดกลุ่มและหมวดหมู่ของสนิปขึ้นมา โดยที่เว็บแอปพลิเคชันนี้ได้ใช้ Java Platform Enterprise Edition เป็นแพลตฟอร์มหลักในการพัฒนาเว็บแอปพลิเคชัน ทำงานบนเว็บเซอร์ฟเวอร์และมี PostgreSQL ช่วยในการจัดการฐานข้อมูลทั้งยังได้รวบรวมและนำเอาเทคโนโลยีต่างๆ มาใช้ การที่นำเอาเทคโนโลยีดังกล่าวมาใช้นั้นมีสาเหตุที่สำคัญคือเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการประมวลผลและแสดงผลให้ตอบสนองต่อความต้องการของผู้ใช้ให้มากที่สุด
บทคัดย่อ (EN): Single nucleotide polymorphism (SNP) is the most commonly found polymorphism in the human genome. SNP is proven to be useful in many studies including genetic association, population admixture mapping and individual identification. High-throughput genotyping platforms can provide genome-wide data sets containing over one million SNPs per individual. These data sets are usually made up from reference SNP identification numbers, individual identification numbers and genotypes at the polymorphic loci. Although the data sets are in the format suitable for many studies, certain studies such as genetic association only interest in the genic portion of data. As a result, each SNP needs to be categorised according to its location in the genome and its type. In this article, an application based on the enterprise Java web application framework is developed for the categorisation of SNPs from genome-wide data sets. The web application interfaces with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database and retrieves necessary information for SNP categorisation. The application has been applied to the Hapmap data sets. The data set contains 605,538 SNPs that can obtained through the Affymetrix GeneChip Mapping Array Set. After the categorisation, a filtered SNP data set can be exported from the application where the filter criteria include SNP location in the genome and SNP type.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ
คำสำคัญ: สนิปเครื่องหมายพันธุกรรม
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ
รายละเอียด: Single nucleotide polymorphism (SNP) is the most commonly found polymorphism in the human genome. SNP is proven to be useful in many studies including genetic association, population admixture mapping and individual identification. High-throughput genotyping platforms can provide genome-wide data sets containing over one million SNPs per individual. These data sets are usually made up from reference SNP identification numbers, individual identification numbers and genotypes at the polymorphic loci. Although the data sets are in the format suitable for many studies, certain studies such as genetic association only interest in the genic portion of data. As a result, each SNP needs to be categorised according to its location in the genome and its type. In this article, an application based on the enterprise Java web application framework is developed for the categorisation of SNPs from genome-wide data sets. The web application interfaces with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database and retrieves necessary information for SNP categorisation. The application has been applied to the Hapmap data sets. The data set contains 605,538 SNPs that can obtained through the Affymetrix GeneChip Mapping Array Set. After the categorisation, a filtered SNP data set can be exported from the application where the filter criteria include SNP location in the genome and SNP type.
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

สรพงษ์ จิราพงษ์. "ระบบจัดกลุ่มและแยกประเภทสนิปSystem for SNP grouping and categorization". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ. 2554

สรพงษ์ จิราพงษ์. "ระบบจัดกลุ่มและแยกประเภทสนิปSystem for SNP grouping and categorization". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ. 2554. Print.



TARR Wordcloud:
ระบบจัดกลุ่มและแยกประเภทสนิป
สรพงษ์ จิราพงษ์
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ
2554
การพัฒนาประสิทธิภาพของระบบไฟร์วอลล์โดยการจัดกลุ่ม ประสิทธิภาพของระบบบำบัดร่วมระหว่างฟิล์มชีวะกับระบบตะกอนเร่งในการบำบัดน้ำเสียชุมชน ในกลุ่มประชากรไทย การศึกษาและวิเคราะห์การแยกไฮโดรเจนด้วยวิธีอิเล็กโทรไลซิสแบบแยกเซลล์ ระบบภูมิสารสนเทศเพื่อกำหนดเขตรับซื้ออ้อยของโรงงานน้ำตาลในภาคตะวันออกของประเทสไทย การเปรียบเทียบกระบวนการกรองตรง ระหว่างการแยกอนุภาคความขุ่น และการแยกอิมัลชันน้ำมันออกจากเฟสน้ำ คุณภาพชีวิตของกลุ่มผู้ประกอบอาชีพแกะสลักไม้และกลุ่มลูกจ้างในโรงงานอุตสาหกรรม การแยกและควบคุมการเจริญเติบโตของเชื้อจุลินทรีย์ที่สร้างเม็ดสีแดงในระบบบำบัดแบบกึ่งไร้อากาศ การแยกและคัดเลือกเชื้อราประเภทไวท์รอทที่มีความสามารถในการย่อยสลายสารประกอบอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอน การวิเคราะห์การไหลของกำลังไฟฟ้าของประเทศสหภาพพม่าเพื่อวางแผนระบบไฟฟ้าตามโครงการพัฒนากลุ่มแม่น้ำโขง
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair