สืบค้นงานวิจัย
การพัฒนา SNP Markers ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์
สมวงษ์ ตระกูลรุ่ง - สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
ชื่อเรื่อง: การพัฒนา SNP Markers ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์
ชื่อเรื่อง (EN): Development of SNP marker in Genes Controllingand modifying Starch from 15 Rice Cultivars
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: สมวงษ์ ตระกูลรุ่ง
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
บทคัดย่อ: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) หรือ สวก. ได้ให้การสนับสนุนทุนวิจัยโครงการ “การพัฒนา SNP Marker ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์” แก่สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาและพัฒนา SNP markers ที่จำเพาะกับยีนที่ควบคุมคุณภาพแป้งของข้าว 15 สายพันธุ์ เพื่อพัฒนาเป็นดีเอ็นเอเครื่องหมายช่วยในการตรวจสอบการปลอมปนข้าว และปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้ได้ลักษณะแป้งที่ต้องการในอนาคต ข้าวขาวดอกมะลิ 105 (KDML105) มีลักษณะคุณภาพแป้งข้าวที่มีความเป็นเลิศและเป็นเอกลักษณ์ ทำให้ข้าวขาวดอกมะลิ 105 เป็นที่ต้องการในตลาดโลก แต่การพบการปลอมปนของข้าวสายพันธุ์อื่นกำลังเป็นปัญหาคุกคามอุตสาหกรรมส่งออกข้าวขาวดอกมะลิ จึงต้องมีการพัฒนาวิธีการตรวจสอบการปลอมปนข้าว ซึ่งปัจจุบันเทคโนโลยีการหาลำดับเบสแบบใหม่ คือ next-generation sequencing (NGS) ทำให้การค้นหาลำดับเบสเฉพาะยีนเป้าหมาย สามารถทำได้ง่าย ราคาถูก รวดเร็ว สามารถตรวจสอบตัวอย่างได้จำนวนมากและสัมพันธ์กับคุณภาพแป้งของข้าวขาวดอกมะลิ 105 คณะผู้วิจัยจึงเลือกใช้เทคโนโลยีดังกล่าวในการหาความแตกต่างชนิด single nucleotide polymorphism (SNP) ซึ่งจากผลการค้นหาลำดับเบสและค้นหาความแตกต่างลำดับเบส พบว่ายีนควบคุมคุณภาพแป้งข้าวจำนวน 21 ยีนมีข้อมูลลำดับเบสครอบคลุมพื้นที่จีโนมเป้าหมาย (sequence coverage) มากกว่า 55 เปอเซ็นต์ และมี 13 ยีน มีข้อมูลลำดับเบสครอบคลุมน้อยกว่า 45 เปอร์เซ็นต์ ความลึก (sequence depth) ของข้อมูลลำดับเบสในยีน 15 ยีนมีค่าสูงกว่า 30 เท่า ในขณะที่มีเพียง 4 ยีนซึ่งมีความลึกของข้อมูลน้อยกว่า 10 เท่า โดยที่ความคลอบคลุม และความลึกของข้อมูลลำดับเบสในการวิจัยครั้งนี้มีความสัมพันธ์กับความสำเร็จและความจำเพาะเจาะจงของการเพิ่มปริมาณชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ใช้ในการหาลำดับเบสโดยการเปรียบเทียบข้อมูลลำดับเบสที่ได้กับข้อมูลลำดับเบสอ้างอิงจากข้าวสายพันธุ์นิปปอนบาเร (Nipponbare) สามารถค้นพบ SNP จำนวน 1,624 ตำแหน่งในข้าวสายพันธุ์ทดสอบทั้ง 15 สายพันธุ์ โดยที่ 60 เปอร์เซ็นต์ของ SNP เหล่านี้วางตัวอยู่บริเวณ intergenic และ intron ของยีน ซึ่งไม่มีผลเปลี่ยนแปลงโปรตีนของยีนข้าว เมื่อทำการคัดกรอง SNP ที่มีคุณภาพดีสามารถจำแนก SNP จำนวน 162 SNP ที่จำเพาะกับข้าวทดสอบแต่ละสายพันธุ์ โดยข้าว Paw San Hmwe (PSM) ซึ่งเป็นข้าวหอมจากประเทศพม่า มี SNP จำเพาะมากที่สุดจำนวน 49 SNP รองลงมา ได้แก่ ข้าวหอมบาสมาติ (Basmati) จากอินเดีย จำนวน 46 SNP สำหรับข้าวขาวดอกมะลิ 105 พบ SNP ที่มีความจำเพาะจำนวน 37 SNP วางตัวอยู่ในยีน 3 ยีนได้แก่ LOC_Os02g14900 (1,3-beta-glecan synthase component domain containing protein), LOC_Os04g53310 (Starch synthase lllb, OsSSlllb) และ LOC_Os09g12660 (ADP-glucose pyrophosphorylase small submit 1, OsAGPS1) ตามลำดับ ซึ่ง SNP ที่พบจำเพาะกับข้าวขาวดอกมะลิ 105 เหล่านี้น่าจะมีประโยชน์ในการใช้พัฒนาเป็นดีเอ็นเอเครื่องหมายเพื่อใช้ตรวจสอบการปลอมปนข้าวหอมมะลิเพื่อการส่งออกต่อไปในอนาคต ประโยชน์ที่ได้รับจากโครงการนี้คือ ได้ SNP markers ของยีนควบคุมลักษณะคุณภาพแป้ง 38 ยีน ในข้าว 15 สายพันธุ์และสามารถนำไปใช้ในงานปรับปรุงพันธุ์แทนที่ SSR marker ที่ใช้กันอยู่ในปัจจุบัน และสามารถนำไปพัฒนาต่อยอดเป็นชุดตรวจสอบการปลอมปนข้าวหอมมะลิทดแทนการตรวจรับรองมาตรฐานข้าวแบบเดิมได้
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
คำสำคัญ: ข้าวขาวดอกมะลิ 105
คำสำคัญ (EN): nucleotide polymorphism (SNP)
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

สมวงษ์ ตระกูลรุ่ง. "การพัฒนา SNP Markers ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์Development of SNP marker in Genes Controllingand modifying Starch from 15 Rice Cultivars". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน). 2557

สมวงษ์ ตระกูลรุ่ง. "การพัฒนา SNP Markers ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์Development of SNP marker in Genes Controllingand modifying Starch from 15 Rice Cultivars". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน). 2557. Print.



TARR Wordcloud:
การพัฒนา SNP Markers ในยีนที่ควบคุมการสร้างและเปลี่ยนแปลงการผลิตแป้งจากข้าว 15 สายพันธุ์
สมวงษ์ ตระกูลรุ่ง
สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
23 สิงหาคม 2557
การพัฒนากระบวนการต้นแบบในการทดสอบพันธุ์ข้าวลูกผสม แป้งข้าวก่ำดัดแปรและผลิตภัณฑ์จากข้าวก่ำเพื่อประโยชน์ด้านสุขภาพ เชิงป้องกัน ข้าวให้พลังงานผสานคุณค่าอาหาร การผลิต Inulin และ Oligofructose จากกล้วยเพื่อใช้เป็นสารเสริมอาหาร การผลิต resistant starch จากแป้งข้าวด้วยวิธีการย่อยแป้งด้วยกรดร่วมกับการให้ความร้อนและความชื้น รูปพรรณข้าวขึ้นน้ำผลผลิตสูง การพัฒนาแป้งกล้วยน้ำว้าดิบ ผลการตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่นที่เกิดจากความเค็มในสายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวไทย ดัชนีความไวของข้าวบางพันธุ์ที่มีต่อช่วงแสงตามธรรมชาติ ผลของระยะปักดำต่อผลผลิตและการเป็นโรคจู๋ของข้าว
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair