สืบค้นงานวิจัย
การทำนายหาอาร์เอนเอไม่แปลรหัสและเป้าหมายของอาร์เอนเอเหล่านั้นในจีโนมของ Spirulina platensis
ธนาวุธ ศรีสุข - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การทำนายหาอาร์เอนเอไม่แปลรหัสและเป้าหมายของอาร์เอนเอเหล่านั้นในจีโนมของ Spirulina platensis
ชื่อเรื่อง (EN): Prediction of non-coding RNAs and their targets in Spirulina platensis genome
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ธนาวุธ ศรีสุข
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Tanawut Srisuk
บทคัดย่อ: อาร์เอนเอไม่แปลรหัส (ncRNA) คือ RNA ที่ทำงานโดยไม่ต้องถูกแปลรหัสเป็นโปรตีน โดย ncRNA เหล่านี้ทำหน้าที่สำคัญภายในเซลล์ รวมไปถึงการควบคุมระบบต่างๆ ภายในเซลล์อีกด้วย การระบุหน้าที่ของ ncRNA เหล่านี้ย่อมนำไปสู่ความเข้าใจเกี่ยวกับชีววิทยาของสิ่งมีชีวิตมากขึ้น ถึง แม้ว่า ncRNA จะเป็นองค์ประกอบของจีโนมแต่ก็ถูกมองข้ามไปในขั้นตอนการวิเคราะห์จีโนมตาม ระเบียบวิธีของโครงการถอดรหัสจีโนมต่างๆ และเกิดขึ้นกับโครงการถอดรหัสจีโนมของ Spirulina platensis เช่นกัน เนื่องจากเครื่องมือที่ใช้ระบุตำแหน่งยีนนั้นไม่สามารถระบุตำแหน่งของยีนที่ สร้าง ncRNA ได้ โดยงานวิจัยนี้ได้ทำนายหาตำแหน่งของ ncRNA ด้วยวิธีเปรียบเทียบลำดับเบสในจี โนมร่วมกับการเปรียบเทียบโครงสร้างทุติยภูมิของ RNA ทำให้ได้ตำแหน่งที่คาดว่าจะเป็น ncRNA ทั้งหมด 334 ตำแหน่ง เป็นส่วนที่ทราบชนิดแล้ว 247 ตำแหน่ง เเบ่งเป็น 13 ชนิด ในจำนวนนี้เป็น ส่วนประกอบของ Group II intron ถึง 199 ตำแหน่ง วิธีการนี้ยังถูกใช้ทำนายหาตำแหน่งของ ncRNA ใน Arthrospira maxima และ Lyngbya sp. PCC 8106 และได้บริเวณที่คาดว่าจะ เป็น ncRNA ในแบคทีเรียทั้งสองชนิดมาจำนวนหนึ่ง นอกจากนั้นแล้วเป้าหมายของ ncRNA แต่ละตัว ที่ทำนายได้ก็ได้แสดงไว้ในงานวิจัยนี้ด้วย
บทคัดย่อ (EN): Non-coding RNAs (ncRNAs), transcripts that have function without being translated to protein, have a number of roles in the cell including important regulatory roles. Efforts to identify the whole set of ncRNAs and then to elucidate their functions would gain better biological understanding. Although ncRNA is another type of genome constituent, most of the genes for ncRNA are overlooked by standard genome annotation of genome sequencing projects. This also happens in Spirulina platensis genome sequencing project. It is because gene finding tools generally are able to identify only protein-coding genes but not non-protein-coding ones. In this study, S. platensis ncRNAs were detected by comparative genomics approach using computational tools, together with RNA secondary structure prediction. The results show that there are 334 ncRNA candidates. A set of 247 loci were classified into 13 known families. A majority of known ncRNAs which include 199 loci were classified into Group II intron components. The prediction pipe line was also applied to Arthrospira maxima and Lyngbya sp. PCC 8106 and ncRNA candidates for the species were identified. The predicted targets for some putative ncRNAs in S. platensis are also proposed.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=54&RecId=13111&obj_id=37310
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ (EN): Non-Coding RNA Prediction
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
รายละเอียด: อาร์เอนเอไม่แปลรหัส (ncRNA) คือ RNA ที่ทำงานโดยไม่ต้องถูกแปลรหัสเป็นโปรตีน โดย ncRNA เหล่านี้ทำหน้าที่สำคัญภายในเซลล์ รวมไปถึงการควบคุมระบบต่างๆ ภายในเซลล์อีกด้วย การระบุหน้าที่ของ ncRNA เหล่านี้ย่อมนำไปสู่ความเข้าใจเกี่ยวกับชีววิทยาของสิ่งมีชีวิตมากขึ้น ถึง แม้ว่า ncRNA จะเป็นองค์ประกอบของจีโนมแต่ก็ถูกมองข้ามไปในขั้นตอนการวิเคราะห์จีโนมตาม ระเบียบวิธีของโครงการถอดรหัสจีโนมต่างๆ และเกิดขึ้นกับโครงการถอดรหัสจีโนมของ Spirulina platensis เช่นกัน เนื่องจากเครื่องมือที่ใช้ระบุตำแหน่งยีนนั้นไม่สามารถระบุตำแหน่งของยีนที่ สร้าง ncRNA ได้ โดยงานวิจัยนี้ได้ทำนายหาตำแหน่งของ ncRNA ด้วยวิธีเปรียบเทียบลำดับเบสในจี โนมร่วมกับการเปรียบเทียบโครงสร้างทุติยภูมิของ RNA ทำให้ได้ตำแหน่งที่คาดว่าจะเป็น ncRNA ทั้งหมด 334 ตำแหน่ง เป็นส่วนที่ทราบชนิดแล้ว 247 ตำแหน่ง เเบ่งเป็น 13 ชนิด ในจำนวนนี้เป็น ส่วนประกอบของ Group II intron ถึง 199 ตำแหน่ง วิธีการนี้ยังถูกใช้ทำนายหาตำแหน่งของ ncRNA ใน Arthrospira maxima และ Lyngbya sp. PCC 8106 และได้บริเวณที่คาดว่าจะ เป็น ncRNA ในแบคทีเรียทั้งสองชนิดมาจำนวนหนึ่ง นอกจากนั้นแล้วเป้าหมายของ ncRNA แต่ละตัว ที่ทำนายได้ก็ได้แสดงไว้ในงานวิจัยนี้ด้วย
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ธนาวุธ ศรีสุข. "การทำนายหาอาร์เอนเอไม่แปลรหัสและเป้าหมายของอาร์เอนเอเหล่านั้นในจีโนมของ Spirulina platensisPrediction of non-coding RNAs and their targets in Spirulina platensis genome". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2553

ธนาวุธ ศรีสุข. "การทำนายหาอาร์เอนเอไม่แปลรหัสและเป้าหมายของอาร์เอนเอเหล่านั้นในจีโนมของ Spirulina platensisPrediction of non-coding RNAs and their targets in Spirulina platensis genome". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2553. Print.



TARR Wordcloud:
การทำนายหาอาร์เอนเอไม่แปลรหัสและเป้าหมายของอาร์เอนเอเหล่านั้นในจีโนมของ Spirulina platensis
ธนาวุธ ศรีสุข
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
2553
การถ่ายทอดเครื่องหมายอาร์เอพีดีในปลาดุกด้าน (Clarias batrachus Linnaeus) การตรวจสอบดีเอ็นเอเมทิลเลชันในการออกดอกของผักกาดขาวปลี (Brassica campestris subsp. pekinensis)ที่ชักนำโดยปัจจัยต่างๆ ด้วยเทคนิคเอชเอที-อาร์เอพีดี ประเมินโครงการฝึกอบรมที่นำเทคนิควิธีบางรัก อาร์พีอาร์ มาใช้ในการตรวจโลหิตหาโรคซิฟิลิส การตรวจหาการแสดงออกที่ต่างกันของยีนในใบประดับของบัวชั้นโดยเทคนิคดีดีอาร์ที-พีซีอาร์ การขจัดกัมน้ำมันถั่วเหลืองโดยใช้เอนไซม์ฟอสโฟไลเปสเอสอง ความหลากหลายภายในสปีชีส์ของมะระขี้นก Momordica charantia Linn. โดยการวิเคราะห์ด้วยอาร์เอพีดี การยับยั้งการผลิตคอลลาเจนในเซลล์สร้างเส้นใยจากแผลคีลอยด์โดยใช้การแทรกแซงอาร์เอ็นเอ การหาลักษณะเฉพาะระดับโมเลกุลของสามซีดีเอ็นเอที่เข้ารหัสโปรตีนที่เกี่ยวกับความเครียดจากปทุมมา (Curcuma alismatifoli การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุล ฮาเบนาเรีย และเพคเทลิส โดยเทคนิคอาร์เอพีดี ความสัมพันธ์ของความหลากหลายของยีนอะโป บี 3'วีเอนทีอาร์, อะโป อี และอะโป เอ-1 ในคนไทยที่มีไขมันในเลือดสูงและโรคหล
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair