สืบค้นงานวิจัย
การปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของ Arthrospira platensis C1 โดยวิธีการระบุปฏิกิริยาการขนส่งและการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนม
ปรีชา ปทุมเจริญผล - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของ Arthrospira platensis C1 โดยวิธีการระบุปฏิกิริยาการขนส่งและการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนม
ชื่อเรื่อง (EN): Accuracy improvement in the Genome Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis C1 by Transporter incorporation and Comparative Genomics Approach
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ปรีชา ปทุมเจริญผล
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
บทคัดย่อ: สาหร่ายสไปรูลินา Avhospira (Spiruina) platensis C1 (PCC9438) เป็นสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน ซึ่งถูกจัดอยู่ในกลุ่มไซยาโนแบกทีเรีย ที่เป็นที่รู้จักและมีประ โยชน์อย่างมาก ในอุตสาหกรรมอาหาร อาหารเสริมสุขภาพ อุตสาหกรรมอาหารสัตว์ รวมไปถึงอุดสาหกรรมเครื่องสำอาง ทางกลุ่มวิจัย มหาวิทยาลัยเทคโน โลยีพระ จอมเกล้าธนบุรึจึงได้ทำการสร้างแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมในระดับ จิโนมของ 4. plarensis C1 เพื่อใช้ในการจำลองเมตาบอลิซึมของ 4. plutnsis Cl ในคอมพิวเตอร์ ซึ่งมีประโยชน์ในการทำนายยืนและวิถีเมตาบอลิซึมที่สำคัญในการผลิตสารมูลค่าสูง แต่อย่างไรก็ แบบจำลองที่สร้างขึ้นนี้ไม่มีการกำหนดรายละเอียดของยืนที่เกี่ยวข้องกับปฏิกิริยาการขนส่งสารเข้า และออกจากเซลล์ (Iransporter gene) ซึ่งอาจจะลดประสิทธิภาพในการจำลองวิถีเมตาบอลิซึม ในงานวิจัยนี้ทางผู้ทำวิจัยได้ดำเนินการทำนายยืนขนส่งสาร ที่เกี่ยวข้องกับการขนส่งสาร โคยใช้ การศึกษาจิโนมเชิงเปรียบเทียบ โดยการเปรียบเทียบลำดับกรคอะมิโนด้วยวิธี BLAST กับ ฐานข้อมูลยืนขนส่ง ICDB เพื่อดันหายืนที่น่าจะเป็นยืนขนส่ง แล้วทำการวิเคราะห์ต่อโคยใช้ Ortholog ของ 4. platensis C1 กับสิ่งมีชีวิตอื่นที่มีความใกล้เดียงทางวิวัฒนาการมา เพื่อให้ผลลัพธ์ที่ ละเอียคยิ่งขึ้น ซึ่งผลการทคลองที่ได้ ทางผู้ทำวิจัยได้พบยืนขนส่งที่ทราบหน้าที่ชัดเจนสามารถระบุ ได้ทั้งหมด รา ยืน ยืนขนส่งที่สามารถระบุกลุ่มของสารขนส่งที่เกี่ยวข้องได้ 45 ยืน ยืนที่น่าจะ เกี่ยวข้องกับการขนส่งสารที่ไม่ได้ระบุไว้ในแบบจำลองเดิม (เช่น ขนส่งสังกะสี, คลอรีน) จำนวน เ7 ยืน ซึ่งทางผู้ทำวิจัยเชื่อว่ายืนเหล่านี้คลอบคลุมปฎิกิริยาขนส่งสารใน 4. Piaensis C1 ที่สำคัญ ซึ่ง จะสามารถนำมาพัฒนาแบบจำลองให้มีความแม่นยำมากขึ้นกว่าแบบจำลองที่ไม่มียืนขนส่งสาร ใน อนาคตซึ่งยืนที่ทำนายได้ในชุดนี้จะนำไปกันคว้าอัตราการขนส่งเพิ่มเติมด้วยการทบทวน วรรณกรรมเพิ่มเดิมก่อนที่จะนำไปเพิ่มในแบบงำถองวิถีเมตาบอลิซึมจริง
บทคัดย่อ (EN): Arthrospira (Spirulina) platensis C1 (PCC9438) is a well-known cyanobacterium used in a production of many industrial products, health supplements, animal feeds, and cosmetic products. Based on its ability to produce a large range of product, System Biology and Bioinformatics research group (SBI) at King’s Mongkut University of Technology Thonburi developed a genome-scale model of A. platensis C1 to assist in a prediction of a gene/metabolic pathway for a high value compound. However; lack of transporter gene in the current metabolic model decreases a prediction’s performance of the model substantially. In this study, we used a comparative genomic method to predict a list of transporter gene from A. platensis C1 genome. First, we used BLAST to compare amino acid sequence of A. platensis with transporter database TCDB to filter a preliminary list of transporter gene. This list of transporter gene was refined using a define function from ortholog group of A. platensis with closely related species. We found 57 transporter genes with a clear defined substrate, 45 transporter genes associate with group of substrate (e.g. Amino acid), and 17 transporter genes with new substrates. We believe that these predicted transporter genes cover most of important transportation reaction in A. Platensis C1 and can be used to improve metabolic model. Further literature reviews are suggested before add these transporter genes into metabolic model.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ: N/A
คำสำคัญ (EN): Arthrospira (Spirulina) platensis C1
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ปรีชา ปทุมเจริญผล. "การปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของ Arthrospira platensis C1 โดยวิธีการระบุปฏิกิริยาการขนส่งและการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนมAccuracy improvement in the Genome Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis C1 by Transporter incorporation and Comparative Genomics Approach". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2557

ปรีชา ปทุมเจริญผล. "การปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของ Arthrospira platensis C1 โดยวิธีการระบุปฏิกิริยาการขนส่งและการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนมAccuracy improvement in the Genome Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis C1 by Transporter incorporation and Comparative Genomics Approach". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2557. Print.



TARR Wordcloud:
การปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองวิถีเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของ Arthrospira platensis C1 โดยวิธีการระบุปฏิกิริยาการขนส่งและการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนม
ปรีชา ปทุมเจริญผล
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
30 กันยายน 2557
การสร้างวิถีเมตาบอลิซึมแบบสมบูรณ์ของสไปรูลิน่าจากข้อมูลจีโนม การปรับปรุงแบบจำลองเมตาบอลิซึมระดับจีโนมของเชื้อรากลุ่มสะสมลิปิด เพื่อการวิเคราะห์ด้านเมตาบอลิซึมของลิปิด ปฏิกิริยาของถั่วเขียวสายพันธุ์ต่าง ๆ ต่อไอโซเลท (isolate) ของเชื้อ Cercospora canescens การอนุมานความสัมพันธ์เชิงเครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีนใน Arthrospira platensis C1ภายใต้สภาวะอุณหภูมิสูง การขนส่งลองกองเพื่อการส่งออกในระดับการค้าไปประเทศจีนโดยทางเรือ การวิเคราะห์จีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของแก่นตะวัน (Helianthus tuberosus L.) โดยใช้ ISSR markers การใช้ปฏิกิริยา LAMP ในการเพิ่มความแม่นยำการคัดเพศเอมบริโอโคนม การตรวจหาและวิเคราะห์ระบบเอนไซม์ restriction-modification ในจีโนมของ Spirulina platensis C1 การจำลองอิทธิพลของวันปลูกและการจัดการไนโตรเจนต่อข้าวไร่ พันธุ์เงาะสะตะโดยแบบจำลองการเจริญเติบโตของข้าวเหนียวก่ำ การศึกษาการรับฟังวิทยุทางการเกษตรในระดับต่าง ๆ ในภาคกลาง
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair