สืบค้นงานวิจัย
การพัฒนาแพลตฟอร์มเพื่อการวิเคราะห์สไปรูลิน่าจีโนม
วารุณี แก้วงาม - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การพัฒนาแพลตฟอร์มเพื่อการวิเคราะห์สไปรูลิน่าจีโนม
ชื่อเรื่อง (EN): An integrated platform for Spirulina genomics analysis
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: วารุณี แก้วงาม
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Warunee Kaewngam
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
บทคัดย่อ: การพัฒนาแพลตฟอร์มสำหรับการวิเคราะห์จีโนมของสไปรูลิน่าจึงถูกพัฒนาขึ้น เป็นโครงการที่ต่อเนื่องจากโครงการวิจัยเรื่องการหาลำดับเบสบนจีโนมของ S. plantensis สายพันธุ์ C1 (หรือ Arthrospira platensis PCC 9438) ซึ่งจะเก็บรวมรวมข้อมูลลำดับเบส และผลวิเคราะห์ต่างๆ บนจีโนมของสไปรูลิน่า สร้างเป็นฐานข้อมูล และออกแบบพัฒนาระบบสืบค้นผ่านเป็นเว็บแอ๊พพลิเคชั่น (web-based application) เพื่อเป็นแหล่งข้อมูลสำหรับการศึกษาและวิจัยเกี่ยวกับชีววิทยาของสไปรูลิน่าสำหรับผู้สนใจและนักวิจัยสามารถเข้าถึงข้อมูลได้ง่ายและสะดวกขึ้น ในระบบที่พัฒนาขึ้นสามารถให้บริการได้แก่ 1) สามารถสืบค้นหารายละเอียดของยีนตามรหัส ได้แก่ รหัสยีน (ORF ID), locus tag, หน้าที่ของยีน, ประเภทของหน้าที่ยีนตาม NCBI (COG categories) เป็นต้น 2) สามารถเรียงลำดับผลของการสืบค้นที่ได้ 3) สามารถเปรียบเทียบรหัสยีนของลำดับเบสที่ตั้งขึ้นในแต่ละเวอร์ชั่นได้ และ 4) สามารถนำข้อมูลออกมาในรูปแบบของ excel file และ fasta file เพื่อนำไปวิเคราะห์ต่อได้ นอกจากนี้ยังสามารถสืบค้นยีนจากลำดับนิวคลีโอไทด์หรือลำดับโปรตีนโดยอาศัยการเปรียบเทียบลำดับเบสด้วยโปรแกรม BLAST กับจีโนมของกลุ่มสิ่งมีชีวิตต่างๆ ที่จัดเตรียมไว้ อาทิเช่น จีโนมของสไปรูลิน่า (Arthrospira) จีโนมของไซยาโนแบคทีเรียสายพันธุ์ต่างๆ และ ลำดับโปรตีนจาก non-redundant database (NR) ของ NCBI เป็นต้น นอกจากนี้แพลตฟอร์มที่ออกแบบ และพัฒนาขึ้นนี้สามารถนำไปใช้จัดเก็บข้อมูลจีโนมของไซยาโนแบคทีเรียสายพันธุ์ต่างๆ ได้อีกด้วย รวมทั้งยังรองรับการเชื่อมโยงกับฐานข้อมูลอื่นที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาในระดับทรานสคริปโตม การศึกษาโปรตีโอม และการศึกษาเมตาโบโลมของสไปรูลิน่า อันจะเป็นแหล่งข้อมูลสำหรับการศึกษาและวิจัยเพื่อให้เกิดความรู้ความเข้าใจในสไปรูลิน่าต่อไป
บทคัดย่อ (EN): Based on Spirulina platensis C1 (or Arthrospira platensis PCC 9438) gemonic data, the platform for genomic analysis hassdf been developed for the use of Spirulina genome information. The objective for platform development is to serve as Spirulina genome information resource and able to use by researchers. Spirulina genome data will be stored in relational databases and a web-based application embedded with genome database was developed to facilitate in query and browse genome information. The developed platform allow as follows: 1) search for gene information by criteria on queries; e.g., by ORF ID, locus tag, gene function, NCBI function categories 2) sort the query result by particular gene feature, 3) show the comparison among ORF ID version of assembled genes 4) export the query result to either excel and fasta file format for further analysis. Moreover, there is a search page for homologous genes or proteins by BLAST program against prepared data of many species: in group of Arthospira , Cyanobacteria, NCBI’s non-redundant database (NR). Designing and developing of the platform may employ to construct one for another interesting specie, and can integrate with related ~omic databases: transcriptomics, proteomics and metabolomics information for development in Spirulina researches in the future.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ: การวิเคราะห์จีโนม
คำสำคัญ (EN): Platform
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

วารุณี แก้วงาม. "การพัฒนาแพลตฟอร์มเพื่อการวิเคราะห์สไปรูลิน่าจีโนมAn integrated platform for Spirulina genomics analysis". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2554

วารุณี แก้วงาม. "การพัฒนาแพลตฟอร์มเพื่อการวิเคราะห์สไปรูลิน่าจีโนมAn integrated platform for Spirulina genomics analysis". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2554. Print.



TARR Wordcloud:
การพัฒนาแพลตฟอร์มเพื่อการวิเคราะห์สไปรูลิน่าจีโนม
วารุณี แก้วงาม
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
30 กันยายน 2554
โครงการ พัฒนาเยาวชนบนพื้นที่สูง การพัฒนา N P K มิเตอร์เพื่อตรวจวิเคราะห์ N P K ในดิน การใช้ประโยชน์จากข้อมูลจีโนมของสไปรูลิน่าเพื่อการศึกษากระบวนการถ่ายทอดยีนเพื่อประโยชน์ในการพัฒนาสายพันธุ์และอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ การวิเคราะห์จีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของแก่นตะวัน (Helianthus tuberosus L.) โดยใช้ ISSR markers การพัฒนาวิธีแยกสารสกัดโพลีแซคคาไรด์เพื่อการขยายขนาดการผลิต การพัฒนาปุ๋ยชีวภาพจากผลผลิตทางการเกษตรในท้องถิ่น เพื่อสนองแนวทางพระราชดำริเศรษฐกิจพอเพียง การสำรวจและวิเคราะห์ เพื่อส่งเสริมพัฒนาผลิตภัณฑ์โครงการแปรรูปอาหาร การเปรียบเทียบค่ามาตรฐานและวิธีการวิเคราะห์อมิโลสในข้าวไทย งานวิจัยพืชอาหารสัตว์กับการพัฒนาโคนมไทย การวิเคราะห์ผลการค้นคว้าวิจัยพัฒนาและส่งเสริมการป้องกันและกำจัดหนูศัตรูพืชในประเทศไทย
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair