สืบค้นงานวิจัย
การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์ - สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
ชื่อเรื่อง: การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
ชื่อเรื่อง (EN): Development of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: วราพงษ์ ชมาฤกษ์
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
บทคัดย่อ: การวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมได้ทำการทดสอบประสิทธิภาพของเอนไซม์ตัดจำเพาะที่ใช้ในการเตรียมห้องสมุดดีเอ็นเอเพื่อการถอดรหัสพันธุกรรมข้าวด้วยเทคโนโลยีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ยุคใหม่ ผลการทดลองพบว่า (1) เอนไซม์ตัดจำเพาะสองชนิดร่วมกันระหว่าง HindIII + TaqI ทำให้ค้นพบความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าวแต่ละสายพันธุ์โดยเฉลี่ยมากที่สุด รองลงมาคือ ApeKI จึงเลือกใช้เอนไซม์ตัดจำเพาะ 2 กลุ่มนี้สำหรับเตรียมห้องสมุดดีเอ็นเอ ทำการถอดรหัสพันธุกรรมจากข้าวพันธุ์พื้นเมืองและข้าวพันธุ์ดีเด่นของกรมการข้าวจํานวน 100 สาย ได้จำนวนลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมด 72,720,019,025 bp จากนั้นนำลำดับ นิวคลีโอไทด์ของข้าว 100 สายพันธุ์ที่ได้มาทำการวางตำแหน่ง (map) เข้ากับข้อมูลจีโนมของข้าวพันธุ์ Oryza sativa Indica โดยใช้โปรแกรม Tmap Software Version 4.0.6 สามารถ map เข้ากับข้อมูลจีโนมของข้าว โดยเฉลี่ย 97.97 % หลังจากนี้จะทำการค้นหาตําแหน่งของเครื่องหมายโมเลกุล SNPs ซึ่งจะถูกนำไปสร้างเป็นฐานข้อมูลเพื่อใช้ประโยชน์ต่อไป ในส่วนของการวิเคราะห์ข้อมูลทางลักษณะปรากฏที่สำคัญได้วิเคราะห์คุณภาพเมล็ดข้าวหลายลักษณะได้แก่ (1) ทำการสกัดโปรตีนจากเมล็ดข้าวจำนวน 100 ตัวอย่างเชื้อพันธุ์ จากนั้นนำมาวิเคราะห์แบบแผนโปรตีนของข้าวแต่ละเชื้อพันธุ์ด้วยเทคนิค SDS-PAGE พบว่า แบบแผนโปรตีนในเมล็ดข้าวแต่ละเชื้อพันธุ์มีความแตกต่างกัน โดยเฉพาะแถบโปรตีนขนาด 14, 22-25, 32, 44 และ 50 กิโลดาลตัน (2) ทำการสกัดโปรตีนจากรำข้าวเพื่อคัดเลือกหาพันธุ์ข้าวไทยที่เมล็ดให้เปปไทด์ที่มีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญของแบคทีเรียก่อโรค และเซลล์มะเร็งตับและกระเพาะอาหาร เมื่อตรวจสอบตัวอย่างโปรตีนสกัดจากเมล็ดข้าวพันธุ์ไทยด้วยเทคนิค SDS polyacrylamide gel electrophoresis พบว่าโปรตีนสกัดได้มีรูปแบบที่คล้ายคลึงกัน อย่างไรก็ตามปริมาณของโปรตีนแต่ละชนิดอาจมีความแตกต่างกัน สังเกตจากความแตกต่างของความเข้มของแถบโปรตีน (3) ทำการวิเคราะห์หาปริมาณสารเมแทบอไลท์ 3 ชนิดในเมล็ดข้าวได้แก่ สารหอม 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) กรดเฟอรูลิก (Ferulic acid) และแอนโทไซยานิน (Anthocyanins) ผลการวิจัยพบว่า ปริมาณ 2AP มีค่าตั้งแต่ไม่สามารถตรวจพบ (nd) ถึงปริมาณสูงสุดคือ 3.17? 0.16 ไมโครกรัม/กรัมของข้าวในพันธุ์ข้าวหอม ปริมาณ ferulic acid มีค่าตั้งแต่ไม่สามารถตรวจพบ (nd) ถึงปริมาณสูงสุดคือ 5.99 ? 0.42 ไมโครกรัม/กรัมของข้าวในพันธุ์หอมลาว ปริมาณ anthocyanins ในรูปของ C3G มีค่าตั้งแต่ไม่สามารถตรวจพบ (nd) ถึงปริมาณสูงสุดคือ 1,294.54 ? 84.37 ไมโครกรัม/กรัมของข้าวในพันธุ์กล่ำหอม และปริมาณ anthocyanins ในรูปของ P3G มีค่าตั้งแต่ไม่สามารถตรวจพบ (nd) ถึงปริมาณสูงสุดคือ 379.95 ? 28.74 ไมโครกรัม/กรัมของข้าวในพันธุ์กล่ำหอม
บทคัดย่อ (EN): Out of a total of 400 accessions, 223 accessions were grown. Major agronomic characteristics were recorded. Sufficient amount of grains were obtained for further grain quality analyses. For the genotypic analysis, the most suitable restriction enzymes were tested for a DNA library preparation, which will be used for the next generation sequencing technique. The results showed that the most suitable restriction enzymes were (1) a combination of HindIII + TaqI and (2) ApeKI, which could detect a high genetic diversity among rice accessions being analyzed. These enzymes were, therefore, selected for a DNA library preparation. The DNA sequences of 100 accessions were analyzed and a total of 72,720,019,025 bp were obtained. Those sequences were mapped with the genome database of Oryza sativa Indica, using the program Tmap Software Version 4.0.6. The results showed that 97.97% of the sequences were mapped onto the reference genome database. The SNP markers will be identified and compiled into a database for later use. For the phenotypic analyses, various traits related to grain qualities were evaluated, such as; (1) protein contents in rice grains from 100 accessions were analyzed. Protein banding patterns were studied using a SDS-PAGE technique. The results showed that there was a variation in the protein banding patterns among different rice accessions, especially the protein bands with the molecular weight of 14, 22—25, 32, 44 and 50 KDa. (2) protein contents in rice bran of rice accessions were evaluated in order to identify those peptides that have some properties of inhibiting growth of some bacteria cells and cancer cells. The results showed that those proteins extracted from rice grains, using a SDS polyacrylamide gel electrophoresis technique, had similar banding patterns. However, there was a variation in their concentrations among different samples as reflected by the intensity of each band. (3) contents of 3 major metabolites; 2AP, Ferulic acid and Anthocyanin, were evaluated. It was found that the contents of 2AP were ranging from non-detectable (nd) to 3.17 ? 0.16 ?g/gm in the cultivar ‘Khao Hawm’, the contents of ferulic acid were ranging from non-detectable (nd) to 5.99 ? 0.42 ?g/gm in the cultivar ‘Hawm Lao’, the contents of anthocyanin (in the form of C3G) were ranging from non-detectable (nd) to 1,294.54 ? 84.37 ?g/gm in the cultivar ‘Glam Hawm’, and the contents of anthocyanin (in the form of P3G) were ranging from non-detectable (nd) to 379.95 ? 24.74 ?g/gm in the cultivar ‘Glam Hawm’.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
คำสำคัญ: ฐานข้อมูลรูปแบบความแปรผันของลำดับนิวคลีโอไทด์
คำสำคัญ (EN): stratification
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2558

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2558. Print.



TARR Wordcloud:
การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์
สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
30 กันยายน 2558
แป้งข้าวก่ำดัดแปรและผลิตภัณฑ์จากข้าวก่ำเพื่อประโยชน์ด้านสุขภาพ เชิงป้องกัน ข้าวให้พลังงานผสานคุณค่าอาหาร การจัดทำฐานข้อมูลความแปรปรวนของลำดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตำแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย การพัฒนากระบวนการต้นแบบในการทดสอบพันธุ์ข้าวลูกผสม การติดตามตรวจสอบสารกลุ่มโพลีไซคลิกอะโรมาติกไฮโดรคาร์บอนในอากาศริมถนนโดยใช้ใบไม้ในเขตจังหวัดนนทบุรี การพัฒนาฐานข้อมูลทรัพยากรพันธุกรรมข้าวเพื่อการอนุรักษ์และการปรับปรุงพันธุ์ ความสัมพันธ์ของพันธุ์ข้าวส่งเสริมบางพันธุ์ต่อปริมาณประชากรของ โครงการพัฒนาฐานข้อมูลข้าวเหนียวเพื่อความมั่นคงทางอาหาร คุณภาพเมล็ดข้าวเมื่อปลูกในดินเค็มและน้ำกร่อยที่ระดับความอุดมสมบูรณ์ต่างกัน ผลการตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่นที่เกิดจากความเค็มในสายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวไทย
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair