สืบค้นงานวิจัย
เมตาจีโนมิคส์ของจุลินทรีย์ดินเพื่อการประยุกต์ใช้ทางการเกษตรอุตสาหกรรม และการแพทย์
ศิริพร วิหคโต - มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ชื่อเรื่อง: เมตาจีโนมิคส์ของจุลินทรีย์ดินเพื่อการประยุกต์ใช้ทางการเกษตรอุตสาหกรรม และการแพทย์
ชื่อเรื่อง (EN): Metagenomics of soil microbiota for agricultural, industrial and medical application
บทคัดย่อ: metagenomics เป็นการศึกษาความหลากหลายของประชากรจุลินทรีย์ในธรรมชาติในระดับจีโนม โดยไม่จำเป็นต้องเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์ในห้องปฏิบัติการ ซึ่งในการวิจัยนี้มุ่งศึกษาถึง metagenomics ของจุลินทรีย์ดินในพื้นที่เกษตร 3 พื้นที่ คือ ดินบ่อเลี้ยงกุ้ง ดินนาข้าว และดินเค็ม ภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยนำจีโนมดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ดินที่สกัดได้มาเตรียม metagenomic library ด้วยการตัดต่อดีเอ็นเอเข้ากับดีเอ็นเอพาหะ pUC18 และ pGEM7Zf หรือ ด้วย CopyControlTM Fosmid Library Production Kit (Epicentre, USA) และคัดเลือก positive clone ที่มีกิจกรรมของเอนไซม์ amylase, cellulose, lipase, protease หรือphosphate-solubilizing จาก metagenomic library ที่เตรียมได้จากการตัดต่อดีเอ็นเอเข้ากับดีเอ็นเอพาหะ pUC18 และ pGEM7Zf รวมทั้งหมด 30,157 โคลน พบว่า มีเพียงโคลนรหัส PFUB5-5524 จาก metagenomic library ของดินนาข้าว ที่สามารถย่อยสลายฟอสเฟต (phosphate-solubilizing activity) ได้เพียงเล็กน้อย อย่างไรก็ตามเมื่อศึกษาถึงลำดับเบสของชิ้นดีเอ็นเอที่โคลนได้จาก โคลนรหัส PFUB5-5524 พบว่าบางส่วนมีลำดับเบสคล้ายกับยีนของเอนไซม์ transposase และไม่มีส่วนที่คล้ายกับยีนของเอนไซม์ pyrrolquinoline quinone (PQQ) synthase ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายฟอสเฟต ส่วนการคัดเลือก fosmid library ของดินเค็ม โดยการตรวจหายีนของเอนไซม์ amylase, endoglucanase และ PQQ synthase ด้วยตัวตรวจจับที่ออกแบบจากลำดับกรดอะมิโนในส่วนอนุรักษ์ของเอนไซม์แต่ละชนิด สามารถตรวจพบ positive clone ของเอนไซม์ endoglucanase จำนวน 8 โคลน แต่ positive clone เหล่านี้ไม่แสดงกิจกรรมของเอนไซม์ และเมื่อตรวจสอบชิ้นดีเอ็นเอส่วนที่ให้ positive signal พบว่าเป็นส่วนของยีนชนิดอื่น เช่น ยีน aldehyde dehydrogenase ของ Bacillus weihenstephanensis KBAB4 ยีน alpha-tubulin ของ Phytophthora cinnamomi ยีน ATP binding protein ของ Bacillus thuringiensis BMB171 เป็นต้น metagenomics เป็นการศึกษาความหลากหลายของประชากรจุลินทรีย์ในธรรมชาติในระดับจีโนม โดยไม่จำเป็นต้องเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์ในห้องปฏิบัติการ ซึ่งในการวิจัยนี้มุ่งศึกษาถึง metagenomics ของจุลินทรีย์ดินในพื้นที่เกษตร 3 พื้นที่ คือ ดินบ่อเลี้ยงกุ้ง ดินนาข้าว และดินเค็ม ภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยนำจีโนมดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ดินที่สกัดได้มาเตรียม metagenomic library ด้วยการตัดต่อดีเอ็นเอเข้ากับดีเอ็นเอพาหะ pUC18 และ pGEM7Zf หรือ ด้วย CopyControlTM Fosmid Library Production Kit (Epicentre, USA) และคัดเลือก positive clone ที่มีกิจกรรมของเอนไซม์ amylase, cellulose, lipase, protease หรือphosphate-solubilizing จาก metagenomic library ที่เตรียมได้จากการตัดต่อดีเอ็นเอเข้ากับดีเอ็นเอพาหะ pUC18 และ pGEM7Zf รวมทั้งหมด 30,157 โคลน พบว่า มีเพียงโคลนรหัส PFUB5-5524 จาก metagenomic library ของดินนาข้าว ที่สามารถย่อยสลายฟอสเฟต (phosphate-solubilizing activity) ได้เพียงเล็กน้อย อย่างไรก็ตามเมื่อศึกษาถึงลำดับเบสของชิ้นดีเอ็นเอที่โคลนได้จาก โคลนรหัส PFUB5-5524 พบว่าบางส่วนมีลำดับเบสคล้ายกับยีนของเอนไซม์ transposase และไม่มีส่วนที่คล้ายกับยีนของเอนไซม์ pyrrolquinoline quinone (PQQ) synthase ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายฟอสเฟต ส่วนการคัดเลือก fosmid library ของดินเค็ม โดยการตรวจหายีนของเอนไซม์ amylase, endoglucanase และ PQQ synthase ด้วยตัวตรวจจับที่ออกแบบจากลำดับกรดอะมิโนในส่วนอนุรักษ์ของเอนไซม์แต่ละชนิด สามารถตรวจพบ positive clone ของเอนไซม์ endoglucanase จำนวน 8 โคลน แต่ positive clone เหล่านี้ไม่แสดงกิจกรรมของเอนไซม์ และเมื่อตรวจสอบชิ้นดีเอ็นเอส่วนที่ให้ positive signal พบว่าเป็นส่วนของยีนชนิดอื่น เช่น ยีน aldehyde dehydrogenase ของ Bacillus weihenstephanensis KBAB4 ยีน alpha-tubulin ของ Phytophthora cinnamomi ยีน ATP binding protein ของ Bacillus thuringiensis BMB171 เป็นต้น
บทคัดย่อ (EN): Metagenomics have been studied to explore the application of microbial in nature especially the unculturable microbes. Therefore, metagenomic libraries were constructed in this study from 3 soil samples (shrimp pond, paddy field and saline soil) collected at Kasetsart University, Kamphaeng Sean Campus by ligating the extracted genomic DNAs with pUC18 and pGEM7Zf (+). Total 30,157 metagenomic clones were obtained and named as SHUB1-1 – SHUB1-10586 for the clones from shrimp pond, PFUB5-1 – PFUB5-9524 for the clones from paddy field and SAGB9-1 – SAGB9-10047 for the clones from saline soil. The metagenomic clones were functionally screened for amylase, cellulose, lipase, protease and phosphate-solubilizing enzymes as well as antibacterial activity and the clone PFUB5-5524 showing phosphate-solubilizing activities were obtained. However, the nucleotide sequence alignment analysis revealed that the cloned DNA carried by PFUB5-5524 was not related to the genes coding for pyrrolquinoline quinone (PQQ) synthase but similar to the gene sequences coding for transposase. In addition, fosmid library of saline soil was constructed by using CopyControlTM Fosmid Library Production Kit (Epicentre, USA) in order to select the genes coding for amylase, endoglucanase and PQQ synthase. The specific DNA probe for each gene was designed from the conserved amino acid sequences and ENG1, the probe for endoglucanase, could detect 8 positive clones from the library. However, the endoglucanase activities of these clones were not observed and their sequences given the positive signal were found to be the sequences of the other genes such as aldehyde dehydrogenase gene of Bacillus weihenstephanensis KBAB4, alpha-tubulin gene of Phytophthora cinnamomi and gene coding for ATP binding protein of Bacillus thuringiensis BMB171. Metagenomics have been studied to explore the application of microbial in nature especially the unculturable microbes. Therefore, metagenomic libraries were constructed in this study from 3 soil samples (shrimp pond, paddy field and saline soil) collected at Kasetsart University, Kamphaeng Sean Campus by ligating the extracted genomic DNAs with pUC18 and pGEM7Zf (+). Total 30,157 metagenomic clones were obtained and named as SHUB1-1 – SHUB1-10586 for the clones from shrimp pond, PFUB5-1 – PFUB5-9524 for the clones from paddy field and SAGB9-1 – SAGB9-10047 for the clones from saline soil. The metagenomic clones were functionally screened for amylase, cellulose, lipase, protease and phosphate-solubilizing enzymes as well as antibacterial activity and the clone PFUB5-5524 showing phosphate-solubilizing activities were obtained. However, the nucleotide sequence alignment analysis revealed that the cloned DNA carried by PFUB5-5524 was not related to the genes coding for pyrrolquinoline quinone (PQQ) synthase but similar to the gene sequences coding for transposase. In addition, fosmid library of saline soil was constructed by using CopyControlTM Fosmid Library Production Kit (Epicentre, USA) in order to select the genes coding for amylase, endoglucanase and PQQ synthase. The specific DNA probe for each gene was designed from the conserved amino acid sequences and ENG1, the probe for endoglucanase, could detect 8 positive clones from the library. However, the endoglucanase activities of these clones were not observed and their sequences given the positive signal were found to be the sequences of the other genes such as aldehyde dehydrogenase gene of Bacillus weihenstephanensis KBAB4, alpha-tubulin gene of Phytophthora cinnamomi and gene coding for ATP binding protein of Bacillus thuringiensis BMB171.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
คำสำคัญ: การแพทย์
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ศิริพร วิหคโต. "เมตาจีโนมิคส์ของจุลินทรีย์ดินเพื่อการประยุกต์ใช้ทางการเกษตรอุตสาหกรรม และการแพทย์Metagenomics of soil microbiota for agricultural, industrial and medical application". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2552

ศิริพร วิหคโต. "เมตาจีโนมิคส์ของจุลินทรีย์ดินเพื่อการประยุกต์ใช้ทางการเกษตรอุตสาหกรรม และการแพทย์Metagenomics of soil microbiota for agricultural, industrial and medical application". มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์. 2552. Print.



TARR Wordcloud:
เมตาจีโนมิคส์ของจุลินทรีย์ดินเพื่อการประยุกต์ใช้ทางการเกษตรอุตสาหกรรม และการแพทย์
ศิริพร วิหคโต
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
30 กันยายน 2552
การประยุกต์ใช้ซีรัมน้ำยางพาราให้เกิดประโยชน์ทางด้านการแพทย์ การเกษตร และการอุตสาหกรรมยาง ศึกษาความเป็นไปได้ของการใช้ยางพาราในอุตสาหกรรมวัสดุอุปกรณ์ทางการแพทย์และสุขภาพ วว.โดย ศูนย์นวัตกรรมหัวเชื้อจุลินทรีย์เพื่ออุตสาหกรรม 2บริการผลิตสารชีวภัณฑ์ ..เพื่อใช้ในทางการเกษตร การวิจัยและพัฒนาศักยภาพ การใช้ประโยชน์และการจัดการของเสียชุมชนและอุตสาหกรรมการเกษตร เพื่อการฟื้นฟูและแก้ไขปัญหาทรัพยากรที่ดินและการเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร ในพื้นที่ลุ่มน้ำพอง การคัดแยกและวิเคราะห์ลักษณะของเอนโดไฟติกแอคติโนมัยซีทีท จากพื้นที่ชายฝั่งทะเลในภาคตะวันออกของประเทศไทยเพื่อใช้ประโยชน์ทางการแพทย์และการเกษตร การคัดแยกจุลินทรีย์ดินผลิตเอนไซม์ไลเปสเพื่อการอุตสาหกรรม แนวทางการพัฒนาสูตรอาหารจากวัสดุเหลือทิ้งทางการเกษตร เพื่อเป็นแหล่งผลิตสารเสริมชีวนะในอุตสาหกรรมอาหารสัตว์ การพัฒนาสื่อการเรียนรู้ด้วยตนเองสำหรับอุตสาหกรรมแปรรูปผลผลิตทางการเกษตรด้วยแนวคิดแบบวิศวกรรมองค์ความรู้ ศึกษาแนวทางการพัฒนาอุตสาหกรรมการเกษตรในพื้นที่จังหวัดปัตตานี เพื่อให้สอดคล้องกับโครงการ “สามเหลี่ยม มั่นคง มั่งคั่ง ยั่งยืน” การเสริมวัสดุเหลือใช้จากอุตสาหกรรมการเกษตรตามฤดูกาลเลี้ยงโคลูกผสมบราห์มัน-พื้นเมืองเพศผู้
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair