สืบค้นงานวิจัย
การจัดทําฐานข้อมูลความแปรปรวนของลําดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตําแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์ - สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
ชื่อเรื่อง: การจัดทําฐานข้อมูลความแปรปรวนของลําดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตําแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
ชื่อเรื่อง (EN): Development of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: วราพงษ์ ชมาฤกษ์
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. กรมการข้าว
บทคัดย่อ: ทำการวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมเพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของตัวอย่างพันธุ์ข้าวพื้นเมืองและพันธุ์ ข้าวรับรองจำนวน 100 พันธุ์/สายพันธุ์ สามารถวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ได้ทั้งสิ้น 72,720,019,025 bp และเมื่อนำไปวางตำแหน่งเข้ากับข้อมูลจีโนมของข้าว สามารถวางตำแหน่งได้คิดเป็นร้อยละ 97.34 จากนั้น ข้อมูลถูกนำไปวิเคราะห์หาตำแหน่งเครื่องหมายโมเลกุลชนิดสนิปส์ (SNPs) สามารถค้นหาเครื่องหมายสนิปส์ ได้จำนวน 446,339 ตำแหน่ง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเครื่องหมายสนิปส์ชนิด transition SNPs คิดเป็นร้อยละ 72.28 และเครื่องหมายสนิปส์ที่มีตำแหน่งบริเวณที่เป็นยีนของข้าวจาปอนิกามีอยู่จำนวน 67,366 ตำแหน่งที่วาง ตำแหน่งตรงบริเวณยีนจำนวน 18,038 ยีน พันธุ์ข้าวที่มีจำนวนเครื่องหมายสนิปส์มากที่สุดคือพันธุ์พานเงิน ซึ่งมีเครื่องหมายสนิปส์จำนวน 85,538 ตำแหน่ง ส่วนพันธุ์ข้าวที่พบเครื่องหมายสนิปส์น้อยที่สุดคือพันธุ์เจ๊ก กระโดด ที่พบเครื่องหมายสนิปส์จำนวน 25,028 ตำแหน่ง เมื่อทำการสกัดโปรตีนด้วยเทคนิค Lowry จากตัวอย่างข้าวจำนวน 100 พันธุ์/สายพันธุ์พบว่าปริมาณโปรตีนที่สกัดได้จะแตกต่างกันในช่วงระหว่าง 0.18- 0.77 เปอร์เซ็นต์โดยน้ำหนัก โดยพันธุ์ข้าวที่มีปริมาณโปรตีนสูงสูดคือพันธุ์เหลืองตา ส่วนพันธุ์/สายพันธุ์ข้าวที่มี ปริมาณโปรตีนน้อยที่สุดคือ ขาวแตงโม IR9764-45-2-2 และพิษณุโลก 60-2 จากนั้นทำการย่อยตัวอย่าง โปรตีนด้วยเอนไซม์ทริปซินแล้วนำเอาเปบไทด์มาวิเคราะห์เพื่อทำนายลำดับกรดอะมิโนและระบุชนิดของ โปรตีนด้วยเทคนิค shortgun proteomics พบว่ามีโปรตีนทั้งสิ้นจำนวน 408 ชนิดในข้าวไทยทั้ง 100 พันธุ์/ สายพันธุ์ซึ่งโปรตีนส่วนใหญ่จะทำหน้าที่เกี่ยวข้องกับกลไกภายในเซลล์และเมตาบอริซึมของเซลล์ ในการศึกษาเปบไทด์ที่มีฤทธิ์ต้านแบคทีเรียและต้านมะเร็งได้ทำการสกัดโปรตีนจากตัวอย่างเมล็ดข้าวไทย จำนวน 120 พันธุ์/สายพันธุ์ จากนั้นทำการย่อยโปรตีนด้วยเอนไซม์เปบซินและทริปซินได้เป็นโปรตีนไฮโดรไล เสท แล้วทำการทดสอบฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งด้วยโปรตีนไฮโดรไลเสทจากตัวอย่างข้าว 10 พันธุ์ ผลการทดสอบในเบื้องต้นยังไม่พบว่าสารละลายโปรตีนไฮโดรไลเสทในอัตราความเข้มข้นที่ใช้ทดสอบจะมี ผลต่ออัตราการรอดชีวิตของเซลล์มะเร็ง สำหรับการศึกษาเมแทบอไลต์ออกฤทธิ์ทางชีวภาพในเมล็ดข้าวไทย ได้ทำการวิเคราะห์หาปริมาณสารหอม 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) ปริมาณกรดเฟอรูลิก ปริมาณสาร แอนโทไซยานิน ปริมาณสารแกมม่าออไรซานอล ปริมาณวิตามินอีปริมาณสารประกอบฟีนอลิกอย่างง่ายและ สเตอรอลบางชนิด ในตัวอย่างข้าวจำนวน 120 พันธุ์/สายพันธุ์ พบว่ามีสารหอม 2AP ในข้าวเพียง 33 พันธุ์/ สายพันธุ์จากทั้งหมด 120 พันธุ์/สายพันธุ์ที่นำมาวิเคราะห์ โดยปริมาณสาร 2AP มีความแตกต่างกันระหว่าง 0.07-3.17 µg/g โดยพันธุ์ที่มีปริมารสารหอม 2AP สูงสุดคือพันธุ์ข้าวหอม ปริมาณสารแอนโทไซยานินที่พบใน ตัวอย่างพันธุ์/สายพันธุ์ข้าวที่นำมาวิเคราะห์มีเพียง 3 พันธุ์เท่านั้นคือ พันธุ์ข้าวกล่ำหอม ก่ำเลี้ยว และ ขาวคัด โดยมีปริมาณสารแอนโทไซยานิน 1,674.49 832.46 และ 16.82 µg/g ตามลำดับ ปริมาณกรดเฟอรูลิกใน ตัวอย่างข้าวที่นำมาวิเคราะห์จะอยู่ระหว่าง 0.96-6.63 µg/g โดยพันธุ์ที่มีปริมาณกรดเฟอรูลิกสูงสุดคือข้าว พันธุ์ขาวคัด ปริมาณวิตามินอีรวมที่พบในตัวอย่างข้าวจะอยู่ระหว่าง 20.61-169.34 µg/g โดยพบมากที่สุดใน ข้าวพันธุ์เม็ดมะเขือ ปริมาณสารแกมม่าออไรซานอลที่พบจะอยู่ระหว่าง 542.12-2,111.66 µg/g โดยพบมาก ที่สุดในข้าวพันธุ์หมากบิด สารประกอบ ฟีนอลิกอย่างง่ายที่พบและทราบโครงสร้างแน่นอนมีจำนวน 11 สารแต่ที่พบในข้าวเกือบทุกพันธุ์/สายพันธุ์คือ 2-methoxy-4-vinylphenol ซึ่งมีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระ นอกจากนี้ ในรำข้าวเกือบทุกพันธุ์จะพบสารสเตอรอลที่ทราบโครงสร้างแน่นอนจำนวน 5 ชนิด แต่ที่พบมากที่สุดคือสาร y-sitosterol
บทคัดย่อ (EN): Genotypic analysis has been conducted in order to identify nucleotide sequences of 100 lines/varieties of Thai traditional and recommended rice varieties. The total of 72,720,019,025 bp of nucleotide sequences had been identified and mapped onto the japonica genome, which is accountable for 97.34 percent. This data was analyzed for SNP markers and 446,339 SNPs were found. Most of these SNPs were identified as transition SNPs, which is accountable for 72.28 percent. There were 67,366 SNPs that located on 18,038 genes of japonica background. The variety that has the highest SPNs is Pahn Ngern, which contains 85,538 SPNs. On the other hand, the variety Jek Gradod contains the lowest number of 25,028 SNPs. The total protein extraction using Lowry technique in 100 lines/varieties found that the amount of extractable proteins was ranging from 0.18 to 0.77 percent by weight. The variety that has the highest amount of protein is Leuang Tah Nuan. On the other hand, there are 3 lines/varieties that contain the lowest amount of protein, which include Khao Taeng Mo, IR9764-45-2-2 and Phitsanulok 60-2. Those protein samples were, later, digested using enzyme trypsin, the resulting peptide products were analyzed for amino acid sequences and the types of proteins were then identified, using the shotgun proteomics technique. The total of 408 types of proteins were identified from 100 lines/varieties of Thai rice. The majority of proteins found in Thai rice were responsible for cellular processes and metabolic processes. For the studyof antibacterial and anticancer peptides, proteins were extracted from 120 lines/varieties of Thai rice. Those protein samples were then digested using pepsin and trypsin enzymes. The resulting protein hydrolysates were then tested for their action on cancer cell growth. The preliminary results of anticancer effects of 10 protein hydrolysate samples from 10 lines/varieties showed no significant effects on cancer cell survival. This may be due to the doses being tested were too low to have any effects on cancer cell growth. For the study of bioactive metabolites from 120 lines/varieties, the contents of 7 metabolites were analyzed, which included; 2-acetyl-1-pyrroline (2AP), ferulic acid, anthocyanin, -oryzanol, vitamin E, simple phenolic compounds and phytosterol. Among 120 lines/varieties being tested, there were only 33 lines/varieties that had been found containing 2AP, ranging from 0.07-3.17 µg/g. The variety that contain the highest amount of 2AP is Khao Hawm. There were only 3 varieties that found containing anthocyanin. Those varieties included; Glam Hawm, Gam Liaw and Khao Kad, which contain anthocyanin of 1,674.49, 832.46 and 16.82 µg/g, respectively.The contents of ferulic acid from those Thai rice varieties being tested were ranging from 0.96 to 6.63 µg/g. It was found that the variety Khao Kad had the highest content of ferulic acid. The contents of total vitamin E found in those Thai rice varieties being tested were ranging from 20.61 to 169.34 µg/g, and the variety Med Mah Keua had the highest content of total vitamin E. The contents of -oryzanol from those Thai rice varieties being tested were ranging from 542.12 to 2,111.66 µg/g, and the variety Mahk Bid had the highest content of -oryzanol. There were 11 compounds of simple phenolic compounds with known structures found in those Thai rice varieties being tested. However, 2-methoxy-4-vinylphenol, an anti-oxidant, was the most commonly found compound in almost all varieties being tested. Furthermore, 5 phytosterol compounds with known structures were found in rice bran of almost all rice varieties being tested, but the most commonly found compound was y-sitosterol.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
คำสำคัญ: เมล็ดข้าวไทย
เจ้าของลิขสิทธิ์: กรมการข้าว
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทําฐานข้อมูลความแปรปรวนของลําดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตําแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2558

วราพงษ์ ชมาฤกษ์. "การจัดทําฐานข้อมูลความแปรปรวนของลําดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตําแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทยDevelopment of SNP database for Identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Associated with Major Seed Proteins and Bioactive Compounds in Thai Rice". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2558. Print.



TARR Wordcloud:
การจัดทําฐานข้อมูลความแปรปรวนของลําดับนิวคลีโอไทด์ระดับจีโนมเพื่อค้นหาตําแหน่งสนิปส์ที่สัมพันธ์กับปริมาณโปรตีนหลักและสารออกฤทธิ์ในเมล็ดข้าวไทย
วราพงษ์ ชมาฤกษ์
สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
2558
การศึกษาประสิทธิภาพของยาสมุนไพรแก้ไข้ 5 ตํารับ ต่อการยับยั้งโปรตีนตัวรับชนิด CD147 และการค้นหาสารออกฤทธิ์ด้วยเทคนิคการคัดสรรเสมือนจริง ฤทธิ์ของสารสกัดจากใบกฤษณาต่อการแสดงออกของโปรตีน Glial fibrillary acidic protein (GFAP) ในตับอ่อนและไตของหนูที่ถูกเหนี่ยวนําให้เกิดโรคเบาหวาน การค้นหาตำรับยาแผนไทยที่มีศักยภาพในการบรรเทาอาการโรคโควิด-19 ผ่านการวิเคราะห์ตามทฤษฎีทางการแพทย์แผนไทย การเปรียบเทียบเทียบความเหมือนของสารออกฤทธิ์ที่เคยศึกษามาก่อน การใช้คอมพิวเตอร์โมเดลและการศึกษาฤทธ การพัฒนาวิธีตรวจหาซีรัมนิวทรัลไลซิงแอนติบอดีต่อไวรัสพีพีอาร์ด้วยเทคนิคซูโดไทป์ การระบุเครื่องหมายพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับกลไกทางชีวภาพที่ตอบสนองต่อสภาพอากาศร้อนจัดเนื่องจากภาวะแล้งด้วยเทคนิคทรานสคริปโตมเพื่อใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ไก่เนื้อ ระบบการจําแนกจระเข้โดยใช้ปัญญาประดิษฐ์ การค้นหาเครื่องหมายพันธุกรรมในการคัดเลือกลักษณะทางเศรษฐกิจเพื่อเพิ่มสมรรถภาพการผลิตโคไทยบราห์มัน การพัฒนาตํารับยาห้ารากชนิดสกัดเพื่อรักษาโรคลัมปีสกินในโค-กระบือ โครงการที่ 4 การควบคุมคุณภาพและการพัฒนาตํารับยาศุขไสยาศน์ยาสําราญนิทราและน้ํามันกัญชาเพื่อการศึกษาทางคลินิก โครงการที่ 1 การศึกษาสภาวะการปลูก การเก็บเกี่ยวกัญชาและการปลูกกัญชาสําหรับการพัฒนาตํารับ ยาศุขไสยาศน์และสําราญนิทรา
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair