สืบค้นงานวิจัย
การพัฒนาวิธีการมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่เข้าทำลาย มะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงในประเทศไทย
แสงสูรย์ เจริญวิไลศิริ - สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ชื่อเรื่อง: การพัฒนาวิธีการมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่เข้าทำลาย มะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงในประเทศไทย
ชื่อเรื่อง (EN): Development of multiplex PCR assay for the identification of begomoviruses infecting tomato, pepper and cucurbits in Thailand
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: แสงสูรย์ เจริญวิไลศิริ
คำสำคัญ:
  1. บีโกโมไวรัส
  2. การตรวจวินิจฉัย
  3. มัลติเพล็กซ์พีซีอาร์
  4. มะเขือเทศ
  5. พริก
  6. พืชตระกูลแตง
คำสำคัญ (EN):
  1. begomovirus
  2. diagnosis
  3. multiplex PCR
  4. tomato
  5. pepper
  6. cucurbits
บทคัดย่อ: เชื้อบีโกโมไวรัส (Begomovirus) เป็นกลุ่มของเชื้อไวรัสก่อโรคในพืชที่สร้างความเสียหายต่อพืชเศรษฐกิจที่สำคัญของประเทศไทยได้แก่ มะเขือเทศ พริก และพืชตระกูลแตง ข้อมูลความหลากหลายของเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในพืชแต่ละชนิด รวมถึงการพัฒนาวิธีการตรวจวินิจฉัยที่สามารถตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสได้อย่างถูกต้องแม่นยำ นับว่ามีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการการวางแผนจัดการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อบีโกโมไวรัส ที่ผ่านมาคณะผู้วิจัยได้ทำการศึกษาชนิดและความหลากหลายของเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในแหล่งปลูกมะเขือเทศ พริก และพืชตระกูลแตง ในภูมิภาคต่างๆของประเทศไทย (P14-50802) และพบว่าเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในพืชเศรษฐกิจดังกล่าวมีความหลากหลายมากกว่าที่เคยมีรายงานมาก่อนหน้านี้ โดยในมะเขือเทศ (n=53) มีการตรวจพบเชื้อบีโกโมไวรัส 10 สปีชี่ส์ ได้แก่ Tomato yellow leaf curl Thailand virus (TYLCTHV), Ageratum yellow vein virus (AYVV), Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV), Tobacco leaf curl Thailand virus (TbLCTHV), Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV), Pepper yellow leaf curl Thailand virus (PepYLCTHV), Tobacco leaf curl Yunnan virus (TbLCYnV), Tobacco curly shoot virus (TbCSV), Mimosa yellow lef curl virus (MiYLCV), และ Ludwigia yellow mosaic virus (LuYVV) ในพริก (n=51) ตรวจพบเชื้อบีโกโมไวรัส 7 สปีชี่ส์ ได้แก่ PepYLCTH, Pepper leaf curl virus (PepLCV), Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PepYLCIV), TYLCKaV, ToLCNDV, Chili leaf curl Pakistan virus (ChiLCPkV) และ AYVV ในพืชตระกูลแตง (n=89) ตรวจพบเชื้อบีโกโมไวรัส 3 สปีชี่ส์ ได้แก่ ToLCNDV, Squash leaf curl China virus (SLCCNV) และ Squash leaf curl Yunnan virus (SLCuYV) นอกจากนี้ยังพบการติดเชื้อในลักษณะ mixed infection ทั้งในตัวอย่างมะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงอีกด้วย ข้อมูลความหลากหลายของเชื้อบีโกโมไวรัสดังกล่าวข้างต้น แสดงให้เห็นถึงความจำเป็นในการพัฒนาวิธีการตรวจวินิจฉัยที่สามารถจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในพืชแต่ละชนิดดังกล่าวได้อย่างจำเพาะเจาะจง เพื่อการเฝ้าระวังและจัดการควบคุมโรคได้อย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งในปัจจุบันยังไม่มีการพัฒนาวิธีการตรวจสอบที่ครอบคลุมเชื้อบีโกโมไวรัสที่มีรายงานดังกล่าว<br />โครงการวิจัยนี้มีจุดประสงค์ที่จะพัฒนาวิธีการตรวจวินิจฉัยเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในมะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงของประเทศไทย โดยใช้เทคนิค multiplex PCR ซึ่งมีข้อดีคือเป็นวิธีการที่มีความไวและความจำเพาะเจาะจงสูง สามารถตรวจจำแนกเชื้อได้หลายสปีชี่ส์ภายในปฏิกิริยาเดียว ช่วยให้ประหยัดเวลา ค่าใช้จ่าย รวมถึงปริมาณตัวอย่างตรวจ โดยเสนอจะทำการพัฒนาชุดไพรเมอร์และวืธีการ multiplex PCR สำหรับตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัส จำนวน 4 ชุด แบ่งตามข้อมูลความหลากหลายของเชื้อบีโกโมไวรัสที่ได้จากโครงการที่ผ่านมา โดยชุดที่ 1 เป็นชุดไพรเมอร์สำหรับตรวจจำแนกเชื้อที่พบเฉพาะในมะเขือเทศ ได้แก่ TYLCTHV, TbLCTHV, TbLCYnV และ TbCSV ชุดที่ 2 สำหรับตรวจจำแนกเชื้อที่พบเฉพาะในพริก ได้แก่ PepLCV, PepYLCIV และ ChiLCPkV ชุดที่ 3 สำหรับตรวจจำแนกเชื้อที่พบได้ทั้งในมะเขือเทศและพริกได้แก่ PepYLCTHV, AYVV, ToLCNDV และ TYLCKaV และชุดที่ 4 สำหรับจำแนกเชื้อที่พบในพืชตระกูลแตง ได้แก่ ToLCNDV, SLCCNV และ SLCuYV โดยอาศัยข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณยีนที่ควบคุมการสร้าง coat protein (CP) และ replication associated protein (Rep) ของเชื้อบีโกโมไวรัสไอโซเลทต่างๆที่ได้จากโครงการก่อนหน้านี้รวมถึงข้อมูลจาก GenBank database ในการออกแบบไพรเมอร์ และทำการตรวจสอบประสิทธิภาพของวิธีที่พัฒนาขึ้นในแง่ความไว ความจำเพาะ และความสามารถในการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสในตัวอย่างพืชที่เก็บจากแปลงปลูกจริง วิธีการ multiplex PCR ที่พัฒนาขึ้นนี้จะช่วยให้การศึกษาระบาดวิทยาของเชื้อบีโกโมไวรัสที่พบในแปลงพืชเศรษฐกิจที่สำคัญของประเทศไทยในแต่ละช่วงเวลา เป็นไปอย่างถูกต้องแม่นยำยิ่งขึ้น และยังสามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการตรวจคัดเลือกพันธุ์พืชต้านทาน รวมถึงการตรวจยืนยันชนิดของเชื้อบีโกโมไวรัสในพืชที่นำมาใช้ในงานวิจัย ซึ่งจะนำไปสู่การจัดการและการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อบีโกโมไวรัสได้อย่างมีประสิทธิภาพต่อไป</p>
บทคัดย่อ (EN): Begomovirus is a genus of plant virus that causes significant yield losses in various economically important crops in Thailand such as tomato, pepper and cucurbits. Information regarding the distribution and diversity of begomovirues as well as the development of diagnostic assays for begomovirus identification are very crucial for effective disease management. Our previous study on the distribution and diversity of begomoviruses infecting tomato, pepper and cucurbits in Thailand (P14-50802) has shown that the diversity of begomoviruses in these crops was higher than previously reported. For tomato (n=53), 10 begomovirus species were identified namely Tomato yellow leaf curl Thailand virus (TYLCTHV), Ageratum yellow vein virus (AYVV), Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV), Tobacco leaf curl Thailand virus (TbLCTHV), Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV), Pepper yellow leaf curl Thailand virus (PepYLCTHV), Tobacco leaf curl Yunnan virus (TbLCYnV), Tobacco curly shoot virus (TbCSV), Mimosa yellow lef curl virus (MiYLCV), and Ludwigia yellow mosaic virus (LuYVV). For pepper, 7 begomovirus species were identified including PepYLCTH, Pepper leaf curl virus (PepLCV), Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PepYLCIV), TYLCKaV, ToLCNDV, Chili leaf curl Pakistan virus (ChiLCPkV), and AYVV. For cucurbits, 3 begomovirus species were identified, namely ToLCNDV, Squash leaf curl China virus (SLCCNV) และ Squash leaf curl Yunnan virus (SLCuYV). Mixed infections of begomoviruses were also observed in several tomato, pepper and cucurbit samples. The high diversity of begomoviruses observed in these economic crops suggests that begomovirus infections in different host plants and locations need to be clearly identified in order to develop an effective disease management. To date, there has been no report on diagnostic assays that cover this set of begomoviruses.<br />This study proposes to develop multiplex PCR assay for the identification of begomoviruses infecting tomato, pepper and cucurbit crops in Thailand. Multiplex PCR platform allows sensitive, specific and simultaneous detection of multiple begomoviruses in one PCR reaction thus saving time, cost and amount of samples used. Four primer sets for multiplex detection of 1) begomoviruses infecting tomato (TYLCTHV, TbLCTHV, TbLCYnV, TbCSV), 2) begomoviruses infecting pepper (PepLCV, PepYLCIV, ChiLCPkV), 3) begomoviruses infecting both tomato and pepper (PepYLCTHV, AYVV, ToLCNDV, TYLCKaV) and 4) begomoviruses infecting cucurbits (ToLCNDV, SLCCNV, SLCuYV) will be designed based on nucleotide sequences of coat protein (CP) and replication-associated protein (Rep) gene of begomoviruses isolated from our previous study as well as from GenBank database. The sensitivity, specificity and efficiency of the newly developed multiplex PCR assays to identify begomoviruses in field-collected samples will then be investigated. The multiplex PCR assays developed in this study will serve as useful tools for accurate epidemiological study, basic research, as well as for screening of resistant cultivars that will eventually lead to better disease management.</p>
ปีเริ่มต้นงานวิจัย: 2561
ปีสิ้นสุดงานวิจัย: 2562
ลิขสิทธิ์: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-อนุญาตแบบเดียวกัน 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-SA 3.0 TH)
เผยแพร่โดย: สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

แสงสูรย์ เจริญวิไลศิริ. "การพัฒนาวิธีการมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่เข้าทำลาย มะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงในประเทศไทยDevelopment of multiplex PCR assay for the identification of begomoviruses infecting tomato, pepper and cucurbits in Thailand". สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ. 2562

แสงสูรย์ เจริญวิไลศิริ. "การพัฒนาวิธีการมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่เข้าทำลาย มะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงในประเทศไทยDevelopment of multiplex PCR assay for the identification of begomoviruses infecting tomato, pepper and cucurbits in Thailand". สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ. 2562. Print.



TARR Wordcloud:
การพัฒนาวิธีการมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อการตรวจจำแนกเชื้อบีโกโมไวรัสที่เข้าทำลาย มะเขือเทศ พริก และ พืชตระกูลแตงในประเทศไทย
แสงสูรย์ เจริญวิไลศิริ
สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
2562
ฐานข้อมูลจีโนไทป์ของเชื้อพันธุกรรมพืชตระกูลแตง วิสาสาเหตุของโรคพริกไทยในประเทศไทย จำแนก และคัดเลือกโปรโมเตอร์จากพืชโดยเฉพาะตระกูล Poaceae เพื่อใช้ในการเพิ่มประสิทธิภาพการแสดงออกของยีนเป้าหมายในระบบท่อลำเลียงของอ้อย การศึกษา Subtype ของเชื้อไวรัสAvian Influenza A จากสัตว์ปีกในประเทศไทย พีซีอาร์ ประสิทธิภาพของเชื้อแอกติโนไมซีสต์ในการควบคุมเชื้อรา Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici การตรวจสอบแบคทีเรียในน้ำนมโคด้วยวิธีมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์ อนุกรมวิธานของฟิล์มมี่เฟิร์นสกุล Hymenophyllum s.l. (Hymenophyllaceae) ในประเทศไทย การผลิตโมโนโคลนอลแอนติบอดีและการพัฒนาวิธีการทางอิมมูโนวิทยาเพื่อใช้ตรวจวินิจฉัยเชื้อไวรัสและแบคทีเรียก่อโรคพืชที่สำคัญในพืชเศรษฐกิจ (ปีที่ 2) การประยุกต์เทคนิคมัลติเพล็กซ์พีซีอาร์เพื่อตรวจสอบแบคทีเรียในอาหารทะเลแช่แข็ง

แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-อนุญาตแบบเดียวกัน 3.0 ประเทศไทย (CC BY-NC-SA 3.0 TH)
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair