สืบค้นงานวิจัย
แบบจำลองคอมพิวเตอร์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งโปรตีนที่มีผลต่อการก่อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา สายพันธุ์ใหม่ SARS-CoV-2 ด้วยอนุพันธ์ของสารสกัดจากกระชายขาว
ธนา สุทธิบัทม์พงศ์ - สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
ชื่อเรื่อง: แบบจำลองคอมพิวเตอร์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งโปรตีนที่มีผลต่อการก่อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา สายพันธุ์ใหม่ SARS-CoV-2 ด้วยอนุพันธ์ของสารสกัดจากกระชายขาว
ชื่อเรื่อง (EN): Computational model to study the inhibition mechanism of target proteins resposible for COVID-19 infection by derivatives of compounds from Boesenbergia rotunda (fingerroot) extract
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: ธนา สุทธิบัทม์พงศ์
หน่วยงานสังกัดผู้แต่ง:
  1. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
บทคัดย่อ: Panduratin A จากกระชายขาว (Boesebergia rotunda) ได8รับการรายงานว่าเป็นสารสกัดที่มี ศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของไวรัส SARS-CoV-2 ในการเกิดโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา COVID-19 แต่กลไก การยับยังในเชิงโมเลกุลที่สำคัญและเปbาหมายในการยับยั้งของ panduratin A นั้นยังคงไม่ชัดเจน ในโครงการนี้ จึงได8ใช8การจำลองการจับกันของโมเลกุล (Molecular docking) ระหว่าง panduratin A กับโปรตีนเปbาหมายที่ สำคัญ 5 ชนิด ได้แก่ main protease (Mpro), papain-like protease (PLpro), receptor binding domain (RBD) ของ Spike protein, RNA-dependent-RNA-polymerase (RdRp), และ 2’-O-methyltransferase (MTase) ซึ่งแบบจำลองจะมีการประมาณค่าพลังงานพันธะอิสระสำหรับการจับของลิแกนด|คือ Panduratin A กับโปรตีนเปbาหมายรวมทั้งเครือข่ายของอันตรกิริยาชนิดต่างๆ ที่บ่งชี้ว่า MTase เป็นเปbาหมายที่เป็นไปได้สำหรับ การยับยั้งด้วย panduratin A จากนั้น ผู้วิจัยได้ทำการตรวจสอบกลไกเชิงโมเลกุลเพิ่มเติมด้วยดารจำลองพลวัต โมเลกุล (Molecular Dynamics (MD)) และการคำนวณพลังงานพันธะอิสระสำหรับคอมเพล็กซ|ระหว่าง Panduratin A - MTase แล้วเปรียบเทียบกับคอมเพล็กซ| MTase ที่ยึดจับกับ sinefungin ซึ่งมีฤทธิ์เป็นยาและ เป็นตัวควบคุมเชิงบวก (positive control) จากการเปรียบเทียบการมีส่วนร่วมในการยึดจับกับ MTase ของ โมเลกุลสารทั้งคู่ พบว่าโมเลกุลของสารทั้ง 2 สามารถจับกับตำแหน่งจับ (Binding pocket) ของ S-Adenosyl methionine (SAM) และขัดขวางไม่ให้ SAM เข้าสู่การเป็นสารตั้งต้นร่วม (co-substrate) ซึ่งอาจทำให้การ ทำงานของ MTase ถูกหยุดได้ในที่สุด แม้ว่าจะมีพลังงานพันธะอิสระที่อ่อนกว่าเล็กน้อย แต่การเข้ายึดจับใน ตำแหน่งที่มีความสมดุลของ panduratin A นั้นพบได้ในระยะทางที่ใกล้กับบริเวณเร่ง (Active site) มากกว่า sinefungin ดังนั้น การศึกษาครั้งนี้จึงได้เสนอให้ MTase เป็นโปรตีนเป้าหมายที่เป็นไปได้ของ panduratin A รวมไปถึงนำเสนอกลไกการยับยั้งของสารชนิดนี้ นอกจากนั้นผู้วิจัยไดทำการศึก ษาเพิ่มเติมเกี่ยวกับความเป็นไปได้ ในการจับ MTase ของสารประกอบที่มีความใกล้เคียงกับ panduratin A แล้วพบว่า panduratin F และ panduratin G สามารถจับกับ MTase ด้วยกลไกที่ใกล้เคียงกับ panduratin A แต่มีค่าพลังงานอิสระในการจับ MTase ที่สูงกว่า จึงสามารถสรุปได้ว่าสมุนไพรใดๆ ก็ตามที่ประกอบด้วยสารประกอบที่กล่าวมาอาจมีศักยภาพ ในการพัฒนาต่อยอดสู่การเป็นตัวยาทางเลือกสำหรับการป้องกันการติดเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ได้ต่อไป
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
คำสำคัญ: แบบจำลองคอมพิวเตอร์
คำสำคัญ (EN): computer simulations
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

ธนา สุทธิบัทม์พงศ์. "แบบจำลองคอมพิวเตอร์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งโปรตีนที่มีผลต่อการก่อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา สายพันธุ์ใหม่ SARS-CoV-2 ด้วยอนุพันธ์ของสารสกัดจากกระชายขาวComputational model to study the inhibition mechanism of target proteins resposible for COVID-19 infection by derivatives of compounds from Boesenbergia rotunda (fingerroot) extract". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2566

ธนา สุทธิบัทม์พงศ์. "แบบจำลองคอมพิวเตอร์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งโปรตีนที่มีผลต่อการก่อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา สายพันธุ์ใหม่ SARS-CoV-2 ด้วยอนุพันธ์ของสารสกัดจากกระชายขาวComputational model to study the inhibition mechanism of target proteins resposible for COVID-19 infection by derivatives of compounds from Boesenbergia rotunda (fingerroot) extract". สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) . 2566. Print.



TARR Wordcloud:
แบบจำลองคอมพิวเตอร์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งโปรตีนที่มีผลต่อการก่อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา สายพันธุ์ใหม่ SARS-CoV-2 ด้วยอนุพันธ์ของสารสกัดจากกระชายขาว
ธนา สุทธิบัทม์พงศ์
สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)
2566
การค้นหาสมุนไพรยับยั้งการทำงานของโปรตีน protease จาก COVID-19 โดยใช้โคโรนาไวรัส จากแมวเป็นต้นแบบในการยับยั้งและต้านการอักเสบ การพัฒนาสายพันธุ์ปลานิลให้มีการเจริญเติบโตดีและทนทานต่อโรคสเตรปโตคอคโคซิสด้วยระบบอินทรีย์ การศึกษาประสิทธิผลของสารสกัดย่านางแดงในการลดสารพิษในเลือดของเกษตรกรผู้ได้รับสัมผัสสารเคมีกําจัดศัตรูพืชกลุ่มออร์กาโนฟอสเฟตและคาร์บาเมต การวิเคราะห์ความเสี่ยงโรคอหิวาต์แอฟริกาในสุกรเพื่อการกลับมาเลี้ยงใหม่ การใช้เทคโนโลยีการเตรียมความงอกเมล็ดพันธุ์เพื่อการยกระดับความแข็งแรงของเมล็ดพันธุ์ดาวเรือง การพัฒนาเพื่อยกระดับการผลิตกาแฟและผลิตภัณฑ์จากกาแฟของกลุ่มผู้ปลูกโรบัสต้าพันธุ์พื้นเมืองในเขตพื้นที่อำเภอธารโต จังหวัดยะลา การพัฒนาแบบจำลองปัญญาประดิษฐ์สำหรับการพยากรณ์ดัชนีความแห้งแล้งและระบบสนับสนุนการตัดสินใจการเพาะปลูกพืชเศรษฐกิจในจังหวัดเชียงใหม่
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair