สืบค้นงานวิจัย
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการและการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายของปูวงศ์ Portunidae
เลิศลักษณ์ เงินศิริ, ประดิษฐ์ แสงทอง, สนธยา กูลกัลยา - มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ชื่อเรื่อง: การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการและการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายของปูวงศ์ Portunidae
ชื่อเรื่อง (EN): Phylogenetic analysis and molecular marker of swimming crabs (the family Portunidae)
บทคัดย่อ: ปูชนิดต่างๆ จากวงศ์ Portunidae ประกอบด้วย Scylla olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, Portunus pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator, Charybdis feriatus, C. natator, Thalamita crenata, and Podophthalamus vigil ถูกรวบรวมจากบริเวณชายฝั่งทะเลต่างๆ ในประเทศไทยเพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน Cytochrome b, 28sRNA, 16SrRNA และ 12SrRNA ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้จะถูกนำไปใช้เป็นข้อมูลในการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อการระบุชนิดและการวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ เครื่องหมายโมเลกุลจำนวน 8 เครื่องหมาย อันประกอบด้วยเครื่องหมายที่ใช้เทคนิค multiplex PCR จำนวน 1 เครื่องหมายซึ่งสามารถระบุชนิดของปูทั้ง 4 ชนิดในสกุล Scylla ส่วนเครื่องหมาย species-specific primer อีก 7 คู่ ซึ่งเครื่องหมายที่พัฒนาขึ้นนี้สามารถระบุชนิดของปูตัวอย่างอีก 7 ชนิดที่เหลือ เครื่องหมายทั้งหมดที่พัฒนาขึ้นจะถูกทดสอบความแม่นยำโดยใช้ตัวอย่างปูจากวงศ์ Portunidae จำนวน 212 ตัวอย่างเป็นตัวทดสอบ ซึ่งผลการทดสอบแสดงให้เห็นความเครื่องมีความแม่นยำและน่าเชื่อถือในการระบุชนิดปูตัวอย่างที่รวบรวมได้ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการโดยใช้ข้อมูลจากลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของยีน 16SrRNA และ 12SrRNA และลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของยีน tRNAVal ซึ่งกำหนดรหัสโดยชิ้นดีเอ็นเอ 16sRNA-tRNAVal-12SrRNA ผลการวิเคราะห์ที่ได้พบว่า ภาพ phylogenetic tree แสดงให้เห็นจุดกำหนดของปูวงศ์ Portunidae ว่าเป็น monophyletic origin อย่างชัดเจน และยังแสดงให้เห็นว่าภายในวงศ์ Portunidae แบ่งสายวิวัฒนาการออกเป็น 3 สาย คือ Clade A เป็นสายวิวัฒนาการของสกุล Thalamita คือ T. crenata อีกสายวิวัฒนาการคือ Clade B เป็นสายวิวัฒนาการของสกุล Charybdis คือ C. feriatus และ C. natator สายวิวัฒนาการสุดท้ายที่พบคือ Clade C ประกอบด้วยปูจาก 3 สกุล คือ Scylla, Portunus และ Podophthalamus ประกอบด้วย S. olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, P. pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator และ P. vigilปูชนิดต่างๆ จากวงศ์ Portunidae ประกอบด้วย Scylla olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, Portunus pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator, Charybdis feriatus, C. natator, Thalamita crenata, and Podophthalamus vigil ถูกรวบรวมจากบริเวณชายฝั่งทะเลต่างๆ ในประเทศไทยเพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน Cytochrome b, 28sRNA, 16SrRNA และ 12SrRNA ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้จะถูกนำไปใช้เป็นข้อมูลในการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อการระบุชนิดและการวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ เครื่องหมายโมเลกุลจำนวน 8 เครื่องหมาย อันประกอบด้วยเครื่องหมายที่ใช้เทคนิค multiplex PCR จำนวน 1 เครื่องหมายซึ่งสามารถระบุชนิดของปูทั้ง 4 ชนิดในสกุล Scylla ส่วนเครื่องหมาย species-specific primer อีก 7 คู่ ซึ่งเครื่องหมายที่พัฒนาขึ้นนี้สามารถระบุชนิดของปูตัวอย่างอีก 7 ชนิดที่เหลือ เครื่องหมายทั้งหมดที่พัฒนาขึ้นจะถูกทดสอบความแม่นยำโดยใช้ตัวอย่างปูจากวงศ์ Portunidae จำนวน 212 ตัวอย่างเป็นตัวทดสอบ ซึ่งผลการทดสอบแสดงให้เห็นความเครื่องมีความแม่นยำและน่าเชื่อถือในการระบุชนิดปูตัวอย่างที่รวบรวมได้ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการโดยใช้ข้อมูลจากลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของยีน 16SrRNA และ 12SrRNA และลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของยีน tRNAVal ซึ่งกำหนดรหัสโดยชิ้นดีเอ็นเอ 16sRNA-tRNAVal-12SrRNA ผลการวิเคราะห์ที่ได้พบว่า ภาพ phylogenetic tree แสดงให้เห็นจุดกำหนดของปูวงศ์ Portunidae ว่าเป็น monophyletic origin อย่างชัดเจน และยังแสดงให้เห็นว่าภายในวงศ์ Portunidae แบ่งสายวิวัฒนาการออกเป็น 3 สาย คือ Clade A เป็นสายวิวัฒนาการของสกุล Thalamita คือ T. crenata อีกสายวิวัฒนาการคือ Clade B เป็นสายวิวัฒนาการของสกุล Charybdis คือ C. feriatus และ C. natator สายวิวัฒนาการสุดท้ายที่พบคือ Clade C ประกอบด้วยปูจาก 3 สกุล คือ Scylla, Portunus และ Podophthalamus ประกอบด้วย S. olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, P. pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator และ P. vigil
บทคัดย่อ (EN): Eleven species of the family Portunidae, Scylla olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, Portunus pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator, Charybdis feriatus, C. natator, Thalamita crenata, and Podophthalamus vigil, were collected from seacoast of Thailand. Partial nucleotide sequences of Cytochrome b, 28sRNA, 16SrRNA and 12SrRNA genes were determined from some specimens of each species for species-specific markers and phylogenetic analysis. Eight different markers were successfully developed including a multiplex-PCR primer set and seven pairs of PCR primers. A multiplex-PCR marker which composed eight PCR primers was designed to distinguish four Scylla species. The seven pairs of species-species PCR primers were developed for identification the seven remained species. Specificities determinations of all developed markers which were tested with 212 portunid specimens showed results that all markers provided high accuracy and reliability for species identifications of portunid crabs. Phylogenetic relationship of the family Portunidae was reconstructed based on partial nucleotide sequence of 16SrRNA, 12SrRNA and complete nucleotide of tRNAval which were encoded by 16SrRNA-tRNAVal-12SrRNA DNA fragement. Phylogenetic tree clearly showed monophyletic origin which subdivided into three evolutionary lineages. Clade A consists of only species for the genus Thalamita, T. crenata. Clade B consists of crab from the genus Charybdis including C. feriatus and C. natator. Clade C consists of three genus, Scylla, Portunus, and Podophthalamus, including S. olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, P. pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator and P. vigil. Eleven species of the family Portunidae, Scylla olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, Portunus pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator, Charybdis feriatus, C. natator, Thalamita crenata, and Podophthalamus vigil, were collected from seacoast of Thailand. Partial nucleotide sequences of Cytochrome b, 28sRNA, 16SrRNA and 12SrRNA genes were determined from some specimens of each species for species-specific markers and phylogenetic analysis. Eight different markers were successfully developed including a multiplex-PCR primer set and seven pairs of PCR primers. A multiplex-PCR marker which composed eight PCR primers was designed to distinguish four Scylla species. The seven pairs of species-species PCR primers were developed for identification the seven remained species. Specificities determinations of all developed markers which were tested with 212 portunid specimens showed results that all markers provided high accuracy and reliability for species identifications of portunid crabs. Phylogenetic relationship of the family Portunidae was reconstructed based on partial nucleotide sequence of 16SrRNA, 12SrRNA and complete nucleotide of tRNAval which were encoded by 16SrRNA-tRNAVal-12SrRNA DNA fragement. Phylogenetic tree clearly showed monophyletic origin which subdivided into three evolutionary lineages. Clade A consists of only species for the genus Thalamita, T. crenata. Clade B consists of crab from the genus Charybdis including C. feriatus and C. natator. Clade C consists of three genus, Scylla, Portunus, and Podophthalamus, including S. olivacea, S. paramamosain, S. transquebarica, S. serrata, P. pelagicus, P. sanguinolentus, P. gladiator and P. vigil.
ภาษา (EN): th
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
คำสำคัญ:
เจ้าของลิขสิทธิ์: สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง


TARR Wordcloud:
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการและการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายของปูวงศ์ Portunidae
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
30 กันยายน 2552
การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลช้างด้วย เครื่องหมายดีเอ็นเอ การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของฟักทองไทย 29 สายพันธุ์ด้วยเครื่องหมายดีเอ็นเอ AFLP การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลม้าวิ่งในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่างโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ การจัดจำแนกและศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของบัวสาย (Nymphaea L.) ในประเทศไทย โดยเทคนิคทางชีววิทยาโมเลกุล การศึกษาความหลากหลายและความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของพืชสกุลคราม (Indigofera L.) ด้วยเทคนิคเครื่องหมายโมเลกุล ความหลากหลายทางชีวภาพของปูบริเวณหมู่เกาะมัน จังหวัดระยอง กายวิภาคในการก่อโรคข้าวใบหงิกและความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ rice ragged stunt virus กายวิภาคในการก่อโรคข้าวใบหงิกและความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ Rice ragged stunt virus การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอในการคัดเลือกและปรับปรุงพันธุ์ปลาหางนกยูงเพื่อการค้า การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของหม่อนพันธุ์อนุรักษ์ด้วยลายพิมพ์ดีเอ็นเอ จากเทคนิค SSR
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก