สืบค้นงานวิจัย
การรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุลจากเทคนิค RAPD เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ในจีนั
สุรัชฎา คงสัตย์ - มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
ชื่อเรื่อง: การรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุลจากเทคนิค RAPD เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ในจีนั
ชื่อเรื่อง (EN): Collection of RAPD markers for biodiversity assessmem of endophytic fungi in the genera Acremonium, Aspergillus, Curvularia. Drechslera and Penicillium
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ: สุรัชฎา คงสัตย์
ผู้แต่ง / หัวหน้าโครงการ (EN): Suratchada Kongsat
บทคัดย่อ: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ที่จะศึกษาและรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุล เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ของข้าวและหญ้าจำนวน 44 ไอโซเลท ที่อยู่ใน จีนัส Acremonium, Aspergillus, Curvularia, Drechslera และ Penicillium โดยใช้เทคนิค Random Amplified Polymorphic DNC (RAPD) ทำการทดลอง RAPD ไพร์เมอร์ ทั้งหมด 20 ไพร์เมอร์ พบว่าไพร์เมอร์ PR01, PR02, PR08, PR11, PR14, PR15, PR19, และ PR20 มีคุณสมบัติที่เหมาะสมในการนำมาใช้สร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอเพื่อหาเครื่องหมาย โมเลกุลชนิดต่างๆ โดยใช้ความเข้มข้นของแม่แบบดีเอ็นเอ 30 นาโนกรัมและ MgCl2 2.5 มิลลิโมลาร์ สร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอได้ทั้งหมด 352 ลายพิมพ์ เมื่อพิจารณาโดยรวมพบว่า ลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่ได้จากแต่ละไพร์เมอร์มีระดับของ Polymorphic เป็น 100% จำนวนแถบดีเอ็นเอส่วนใหญ่อยู่ระหว่าง 2-13 แถบดีเอ็นเอ การวิเคราะห์ค่าทางสิถติ เพื่อศึกษา ความหลากหลายของรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ ที่ได้จากแต่ละไพร์เมอร์ โดยใช้ค่า Shannon's Enthalpy (H') ความหลากหลายของรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ และความสามารถใน การจำแนกความแตกต่าง (discriminatory power) ของทั้ง 8 ไพร์เมอร์ไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ เมื่อจัดกลุ่มรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอโดยการเปรียบเทียบความคล้ายกันของ ลายพิมพ์สามารถจัดได้เป็น 2 ลักษณะ คือ กลุ่ม (group) และ คลัสเตอร์ (cluster) โดยการจำแนกในลักษณะกลุ่มแบ่งได้เป็น 2 ประเภท คือ กลุ่มที่มีรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ เหมือนกันมากกว่า 80% ขึ้นไป (กลุ่ม homogeneous) และกลุ่มของลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่มีความคล้ายกันน้อยหรือไม่คล้ายกันเลย (กลุ่ม heterogeneous) และไอโซเลทใดที่มีรูปแบบ ของลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่เหมือนกันทุกประการจะจัดให้อยู่ในคลัสเตอร์เดียวกัน พบว่าในแต่ละกลุ่มย่อยของกลุ่ม homogeneous ประกอบไปด้วยไอโซเลทที่จัดอยู่ในจีนัสเดียวกัน ผลจากการวิเคราะห์รูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอทั้งหมดพบว่า ในกลุ่มราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวอาจมีอนุรักษ์ในระดับพันธุกรรม และทำให้เห็นถึงแบบจำเพาะทาง พันธุกรรม ของราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวหอมมะลิ KDML105 และของราเอนโดไฟต์ในจีนัส Aspergillus ของหญ้า Erianthus aruntinaceum และยังอาจบ่งบอกถึง กลุ่มพืชเจ้าบ้านของราเอนโดไฟต์ในจีนัส Penicillium ที่มีรูปแบบจำเพาะทางพันธุกรรมที่คล้ายกัน นอกจากนี้การจัดกลุ่มในรูปแบบของคลัสเตอร์ยังอาจบอกได้ว่า ราเอนโดไฟต์ ที่อยู่ในคลัสเตอร์เดียวกันน่าจะเป็นราสายพันธุ์เดียวกัน ได้แก่ ไอโซเลท ACR09 และ ACR10 ที่แยกมาจากข้าวหอมะลิ KDML 105 ไอโซเลท PEN08 และ PEN09 ที่แยกมาจาก หญ้า Brachiaria mutica ไอโซเลท ASP04 และ ASP05 ที่แยกมาจากหญ้า Erianthus aruntinaceum ซึ่งราในแต่ละคู่จะมีลักษณะทางสัณฐานวิทยาคล้ายคลึงกันมากเช่นเดียวกัน การจัดกลุ่มดังกล่าวนี้ สามารถจำแนกเครื่องหมายโมเลกุลแบบต่างๆที่เป็นประโยชน์ต่อการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาและความสัมพันธ์เชิงนิเวศน์วิทยาระหว่างพืช เจ้าบ้านและราเอนโดไฟต์ทั้ง 5 จีนัส ได้แก่ เครื่องหมายโมเลกุลสำหรับจำแนกราเอนโดไฟต์และราที่ไม่ใช่เอนโดไฟต์ในจีนัส Acremonium สำหรับบ่งบอกราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวหมอมะลิและข้าวชนิดอื่นๆ บ่งบอกราเอนโดไฟต์จีนัส Penicillium ของหญ้า Brachiaria spp. จำแนกราที่มีความสามารถในการสร้างสารหมอในจีนัส Aspergillus จำแนกราเอนโดไฟต์ Curvularia ที่มีความสามารถสร้างสารเมตาบอไลต์ที่มีสีเหลืองบนอาหารแข็ง PDA และพบเครื่องหมายโมเลกุลที่อาจนำมาใช้ในการศึกษา ความหลากหลายของราเอนโดไฟต์ในแต่ละจีนัส
บทคัดย่อ (EN): The objective of this study is to establish a collection of molecular markers for the assessment of biodiversity of 44 isolates of endophytic fungi of rice and grasses belonging to the genera Acremonium, Aspergillus, Curvularia, Drechslera and Penicillium using random amplified polymorphic DNA (RAPD). Eight out of 20 RAPD primers were selected as the efficient primers for production of reproducible RAPD profiles. These primers were primer PR01, PR02, PR08, PR11, PR14, PR15, PR19, and PR20. Optimum concentration of DNA templates and MgCh used in this study was 30 ng and 2.5 mM, respectively. A total of 352 profiles were generated from all 8 prirr.rs and 100% polymorphic level across all RAPD profiles was obtained regardless of primers used. The average number of bands produced by each primer ranged from 2-13 bands. Diversity of banding patterns generated by each primer determined by the Shannon's Enthalpy (H') was insignificant difference indicating a similarity in a discriminatory power of all primers used. All profiles produced by each primer were analyzed in two ways which were group and cluster. In terms of group. RAPD profiles were arranged into either homogeneous or heterogeneous group. Homogeneous group was designated to a group of isolates exhibiting 80% of shared bands. (common bands) among RAPD banding patterns across all isolates while heterogeneous group is designated to a population of an individual exhibiting a unique RAPD pattern with low percentage of shared bands across all isolates. On the other hand, cluster comprised any isolates exhibiting identical RAPD pattern. As a result of grouping and clustering of RAPD profiles, genetic conservation of Acremonium endophytes and specific genotype of Acremonium endophytes of aromatic rice variety, KDMLl 05 and Aspergillus endophytes of grass, Erianthus aruntinaceum, could be identified. Host range of Penicillium endophytes may be indicated from the analyses as well. Clustering of RAPD profiles of 44 fungal isolates revealed a pair of isolates which could be designated as the same strain provided that their morphological characteristics were identical. Pairs of isolates that could be the same strains were ACR09 and ACR10 from aromatic rice, KDMLI05, PEN08 and PEN09 from the grass Brachiaria mutica and ASP04 and ASP05 from the grass Erianthus aruntinaceum. Extensive data analyses of all RAPD profiles finally yielded a collection of molecular markers potentially useful for biodiversity study and ecological relationship study between host and endophytic fungi belonging to the 5 genera. Those markers were markers for differentiation between endophytic and non-endophytic strains of Acremonium spp., markers for differentiating Acremonium endophytes of KDMLI05, group-specific markers for Penicillium endophytes of Brachiaria spp., markers for potential identification of aroma-producing Aspergillus endophytes, markers for identification of Curvularia endophytes capable of producing certain metabolites on PDA, and markers for studying diversity of endophytic fungi belonging to 5 genera used in this study.
บทคัดย่อ: ไม่พบข้อมูลจากหน่วยงานต้นทาง
ภาษา (EN): th
เอกสารแนบ: http://dcms.thailis.or.th/dcms/dccheck.php?Int_code=54&RecId=12793&obj_id=36596
เผยแพร่โดย: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
คำสำคัญ (EN): Acremonium
เจ้าของลิขสิทธิ์: มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
รายละเอียด: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ที่จะศึกษาและรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุล เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ของข้าวและหญ้าจำนวน 44 ไอโซเลท ที่อยู่ใน จีนัส Acremonium, Aspergillus, Curvularia, Drechslera และ Penicillium โดยใช้เทคนิค Random Amplified Polymorphic DNC (RAPD) ทำการทดลอง RAPD ไพร์เมอร์ ทั้งหมด 20 ไพร์เมอร์ พบว่าไพร์เมอร์ PR01, PR02, PR08, PR11, PR14, PR15, PR19, และ PR20 มีคุณสมบัติที่เหมาะสมในการนำมาใช้สร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอเพื่อหาเครื่องหมาย โมเลกุลชนิดต่างๆ โดยใช้ความเข้มข้นของแม่แบบดีเอ็นเอ 30 นาโนกรัมและ MgCl2 2.5 มิลลิโมลาร์ สร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอได้ทั้งหมด 352 ลายพิมพ์ เมื่อพิจารณาโดยรวมพบว่า ลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่ได้จากแต่ละไพร์เมอร์มีระดับของ Polymorphic เป็น 100% จำนวนแถบดีเอ็นเอส่วนใหญ่อยู่ระหว่าง 2-13 แถบดีเอ็นเอ การวิเคราะห์ค่าทางสิถติ เพื่อศึกษา ความหลากหลายของรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ ที่ได้จากแต่ละไพร์เมอร์ โดยใช้ค่า Shannon's Enthalpy (H') ความหลากหลายของรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ และความสามารถใน การจำแนกความแตกต่าง (discriminatory power) ของทั้ง 8 ไพร์เมอร์ไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ เมื่อจัดกลุ่มรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอโดยการเปรียบเทียบความคล้ายกันของ ลายพิมพ์สามารถจัดได้เป็น 2 ลักษณะ คือ กลุ่ม (group) และ คลัสเตอร์ (cluster) โดยการจำแนกในลักษณะกลุ่มแบ่งได้เป็น 2 ประเภท คือ กลุ่มที่มีรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอ เหมือนกันมากกว่า 80% ขึ้นไป (กลุ่ม homogeneous) และกลุ่มของลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่มีความคล้ายกันน้อยหรือไม่คล้ายกันเลย (กลุ่ม heterogeneous) และไอโซเลทใดที่มีรูปแบบ ของลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่เหมือนกันทุกประการจะจัดให้อยู่ในคลัสเตอร์เดียวกัน พบว่าในแต่ละกลุ่มย่อยของกลุ่ม homogeneous ประกอบไปด้วยไอโซเลทที่จัดอยู่ในจีนัสเดียวกัน ผลจากการวิเคราะห์รูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอทั้งหมดพบว่า ในกลุ่มราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวอาจมีอนุรักษ์ในระดับพันธุกรรม และทำให้เห็นถึงแบบจำเพาะทาง พันธุกรรม ของราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวหอมมะลิ KDML105 และของราเอนโดไฟต์ในจีนัส Aspergillus ของหญ้า Erianthus aruntinaceum และยังอาจบ่งบอกถึง กลุ่มพืชเจ้าบ้านของราเอนโดไฟต์ในจีนัส Penicillium ที่มีรูปแบบจำเพาะทางพันธุกรรมที่คล้ายกัน นอกจากนี้การจัดกลุ่มในรูปแบบของคลัสเตอร์ยังอาจบอกได้ว่า ราเอนโดไฟต์ ที่อยู่ในคลัสเตอร์เดียวกันน่าจะเป็นราสายพันธุ์เดียวกัน ได้แก่ ไอโซเลท ACR09 และ ACR10 ที่แยกมาจากข้าวหอมะลิ KDML 105 ไอโซเลท PEN08 และ PEN09 ที่แยกมาจาก หญ้า Brachiaria mutica ไอโซเลท ASP04 และ ASP05 ที่แยกมาจากหญ้า Erianthus aruntinaceum ซึ่งราในแต่ละคู่จะมีลักษณะทางสัณฐานวิทยาคล้ายคลึงกันมากเช่นเดียวกัน การจัดกลุ่มดังกล่าวนี้ สามารถจำแนกเครื่องหมายโมเลกุลแบบต่างๆที่เป็นประโยชน์ต่อการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาและความสัมพันธ์เชิงนิเวศน์วิทยาระหว่างพืช เจ้าบ้านและราเอนโดไฟต์ทั้ง 5 จีนัส ได้แก่ เครื่องหมายโมเลกุลสำหรับจำแนกราเอนโดไฟต์และราที่ไม่ใช่เอนโดไฟต์ในจีนัส Acremonium สำหรับบ่งบอกราเอนโดไฟต์ Acremonium ของข้าวหมอมะลิและข้าวชนิดอื่นๆ บ่งบอกราเอนโดไฟต์จีนัส Penicillium ของหญ้า Brachiaria spp. จำแนกราที่มีความสามารถในการสร้างสารหมอในจีนัส Aspergillus จำแนกราเอนโดไฟต์ Curvularia ที่มีความสามารถสร้างสารเมตาบอไลต์ที่มีสีเหลืองบนอาหารแข็ง PDA และพบเครื่องหมายโมเลกุลที่อาจนำมาใช้ในการศึกษา ความหลากหลายของราเอนโดไฟต์ในแต่ละจีนัส
หากไม่พบเอกสารฉบับเต็ม (Full Text) โปรดติดต่อหน่วยงานเจ้าของข้อมูล

การอ้างอิง

สุรัชฎา คงสัตย์. "การรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุลจากเทคนิค RAPD เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ในจีนัCollection of RAPD markers for biodiversity assessmem of endophytic fungi in the genera Acremonium, Aspergillus, Curvularia. Drechslera and Penicillium". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2548

สุรัชฎา คงสัตย์. "การรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุลจากเทคนิค RAPD เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ในจีนัCollection of RAPD markers for biodiversity assessmem of endophytic fungi in the genera Acremonium, Aspergillus, Curvularia. Drechslera and Penicillium". มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี. 2548. Print.



TARR Wordcloud:
การรวบรวมเครื่องหมายโมเลกุลจากเทคนิค RAPD เพื่อใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีววิทยาของราเอนโดไฟต์ในจีนั
สุรัชฎา คงสัตย์
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี
2548
สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพของราเอนโดไฟต์ที่แยกจากพลู Piper betle Linn สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจากราเอนโดไฟต์ที่แยกจากเปล้าใหญ่ Croton oblongifilius จังหวัดฉะเชิงเทรา สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพของราเอนโดไฟต์ที่แยกจากเปล้าใหญ่ Croton oblongifolius ในจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย การวิเคราะห์ความหลากหลายของประชากรจุลินทรีย์ในถังปฏิกรณ์อีจีเอสบีโดยใช้เทคนิค PCR-DGGE ผลของเชื้อราอาบัสคูลาร์ไมคอร์ไรซาและแบคทีเรียเอนโดไฟต์ชนิดตรึงไนโตรเจนต่อการเจริญเติบโตของปทุมมา การแสดงออกทางพันธุกรรมของโปรตีนติดตามเพื่อการประยุกต์ใช้ทางภูมิคุ้มกันวิทยาและการศึกษาทางชีววิทยาระดับโมเลกุล การศึกษาคุณลักษณะการดื้อยาในระดับโมเลกุลและความหลากหลายทาง การตรวจสอบการปนเปื้อน Escherichia coli และ Salmonella spp. ในการผลิตผักส่งออกโดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยา การเก็บรวบรวมและการแยกราเมือกบางชนิด การศึกษาความเป็นไปได้ในการใช้น้ำล้างมันฝรั่งเลี้ยงรา
คัดลอก URL
กระทู้ของฉัน
ผลการสืบค้นทั้งหมด โพสต์     เรียงลำดับจาก
พัฒนาระบบโดยศูนย์ความรู้เฉพาะด้านวิศวกรรมความรู้และวิศวกรรมภาษาDeveloped by Center of Excellence for Unified Knowledge and Language Engineering
สนับสนุนโดยสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน)Supported by the Agricultural Research Development Agency (Public Organization)
แบบสำรวจความพึงพอใจQuestionair